복수의 감면대상 사업을 겸영하는 경우 그 중 한 사업만을 선택하여 중소기업특별세액 감면신청을 할 수 있는지 여부(기각)

복수의 감면대상 사업을 겸영하는 경우 각각의 사업에서 발생한 소득을 더하여 소득금액을 계산하여 중소기업특별세액 감면신청을 하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.3.27.부터 현재까지 제조업(반도체장비)과 도소매업(무역, 전자부품) 및 부동산임대업을 영위하고 있는 법인 으로, 2007사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」 제7조에 따른 OOO에 대한 특별세액감면과 관련하여 감면대상사업인 제조업과 도소매업 중 결손이 발생한 도소매업을 제외하고 제조업 부분에 대하여만 감면신청을 하였다.

나. OOO국세청장이 2009년 6월 처분청에 대한 종합감사시, 청구법인이 감면세액 계산시 감면소득을 제조업 소득과 도소매업 소득(결손금)을 통산하여 계산하였어야 함에도, 도소매업 소득을 제외함으로써 감면세액이 과다계상 되었다는 감사지적과 함께 감면세액을재계산하여 신고오류에 대한 시정지시를 하였고, 처분청은 청구법인의감면세액을 재계산하여 2009.11.12. 청구법인에게 2007사업연도 법인세9,467,500원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「조세특례제한법」제7조및 제143조를 보면, OOO에 대한 특별세액감면을 적용받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 구분경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제136조 제2항에서 같은 법제143조에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은「소득세법」제19조를 준용하여 소득유형별로 제조업 소득금액, 도매업 소득금액을 계산 하고 감면세액은「조세특례제한법」제7조에서 규정한 감면업종의 소득금액에 감면율을 적용하도록 규정하고 있을 뿐, 일부 감면사업 에서 결손금 발생시 타 감면사업소득과 통산하여야 한다는 규정은 세법 어디에도 없고, 감면소득의 통산여부와 관련한 예규에 의하면, 2008년 이전까지는 예규OOO와 심사결정OOO에서 통산한다고 해석하고 있는 점 등으로 볼 때, 2008년 이후 생산된 새로운 예규는 일방적인 과세관청의 예규변경으로서 일반적으로 납세자에게 받아들여질 정도로 공표된 것은 아니라 할 것이어서 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제143조에서 같은 법 제7조에 의한 OOO에 대한 특별세액감면을 적용받는 사업과 기타사업을 겸영하는 경우 구분 경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제136조의 구분경리 방법은「법인세법」 제113조의 규정을 준용하도록 규정하고 있으며, 같은 조 및 같은 법 시행령 제156조, 같은 법 시행규칙 제75조에서 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 영위하는 제조업과 도매업은 모두「조세특례제한법」 제7조에 따른 중소기업특별세액공제가 적용되는 사업으로 같은 법 제143조에 따라 과세사업과 구분하여 경리하여야 함에도, 청구법인은 일부 감면사업에서 발생한 결손금을 타 감면사업 소득과 통산하지 아니하고 감면소득을 계산하여 결과적으로 감면사업에서 발생한 결손금을 과세사업에서 차감하는 효과가 나 감면사업과 무관한 과세사업 소득이 감소하게 되었으며,이는 「조세특례제한법」제143조의 규정에 의한 과세사업과 감면사업을구분 경리하여야 한다는규정에 부합되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2개 이상의 감면대상 사업을 겸영하는 경우 그 중 한 사업만을 선택하여 중소기업특별세액 감면신청을 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2007.12.31, 법률 제8827호, 개정되기 이전의 것)제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호 에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종가. 제조업사. 도매업

2. 감면비율가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업 등을 영위하는 사업장 : 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권 안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.제143조【구분경리】

① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항，제33조의2, 제55조의2 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조，제68조, 제102조, 제121조의2, 제121조의4,제121조의8，제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제122조, 제122조의2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 영위하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

(2)조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】

① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」제19조의 규정을 준용하여 계산한다.

(3)법인세법 제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

(4)법인세법 시행령 제156조【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(5)법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 복수의 감면대상 사업을 겸영하는 경우 그 중 한 사업만을선택하여 감면신청을 할 수 없는 것으로 보아 청구법인에게 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 선택하여 감면신청을 할 수 있다고 주장 하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 청구법인은 2000.3.27.부터 현재까지 제조업, 도소매업 및 부동산업을 영위하는 OOO으로서, 2007사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 OOO 감면소득을 산정함에 있어 2개의 감면사업소득(제조업, 도소매업)과 비감면사업소득(부동산임대업) 중 제조업 부문에 대해서만 감면신청을 하여 감면세액을계산하였고, 처분청은 청구법인의 도소매업 부문에서 발생한 결손금을다른 감면사업소득에서 차감하여 감면소득과 감면세액을 재계산하여 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

(2)「조세특례제한법」제7조제1항에서 규정하고 있는 OOO등에 대한 특별세액감면은 위 규정에서 열거하고 있는 업종에서 발생한소득에 대하여 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면하여 줌으로써 관련산업을 정책적으로 육성ㆍ발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로, 위 관련법에 열거된 사업을 겸영하는 사업자는어떤 사업을 임의로 선택하여 감면받을 수 없고 해당되는 사업 모두를감면되는 사업으로 분류하여 소득금액을 계산하는 것이 타당하다 할 것이다.

(3) 한편, 청구법인은 국세청의 예규OOO와 같이「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면은 감면대상사업별로 계산하여야하는 것이므로 결손금을 통산하지 아니하고 각 사업 연도 소득금액범위내 금액을 감면대상소득금액으로 하여 특별세액감면을 계산하여야한다고 주장하나, 위 국세청의 예규 및 심사결정례는감면율이서로 다른 2개 이상의 감면사업을 영위하고 별도의 과세소득이발생한법인에 대해 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 1개 감면사업에서 결손이 발생한 경우 당해 결손금을 다른 감면사업의소득 에서 공제하지 아니하고 감면소득과 감면세액을 계산하여야 한다는것으로 보이고(다른 감면소득의 결손금을 통산하지 아니하고 소득이 발생한 감면사업소득에 대하여만 감면을 적용), 그 후 국세청의 예규OOO는 이 건 과세처분과 같이 감면사업에서 발생한 결손금을 다른 감면소득에서 공제하는 것이 타당하다는 것으로 해석한 사실이 있다.

(4) 따라서, 청구법인의 경우처럼 비록 제조업 부문과 도소매업 부문의 사업장이 별도로 있고 구분경리를 하였다 하더라도, 각각의 사업에서 발생한 소득을 더하여 소득금액을 계산하여 감면신청을 하는 것이 타당하다고 보이는 바, 사업장별로 청구법인이 유리하다고 판단되는 사업장에 대한 소득은 감면신청을 하고 불리하다고 판단되는 사업장에 대한 소득은 감면신청을 하지 아니하여도 된다는 취지로보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 제조업에서 발생한소득과 도소매업에서 발생한 소득을 더하여 청구법인의 감면세액을계산한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다OOO

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.