청구인들이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면, 투기 목적이 없거나 일시적으로 3주택을 소유한 경우라 하여 위 규정의 적용을 배제하라는 명문규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인 AAA와 그의 배우자 BBB(이하 “청구인들”이라 한다)은 2009.7.31. 공동으로 취득(각 1/2지분)한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2018.11.30. OOO원에 CCC에게 양도하고, 1세대 1주택 고가주택의 양도로 보아 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고.납부하였다.

나. 처분청은 청구인들이 쟁점주택 양도일 현재 OOO(이하 “대체주택”이라 한다), OOO(이하 “임대주택”이라 한다)를 보유하여 1세대 3주택에 해당하는 것으로 보아 9억 초과 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20% 가산)을 적용하여 2020.11.13. 및 2020.11.16. 청구인들에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점주택의 양수인인 CCC은 전세를 주고 쟁점주택을 매입하려는 자로서 전세 세입자가 2018.11.30. 입주할 수 있다고 하여 청구인들에게 잔금일자를 15일 미루어줄 것을 요청하였고, 청구인들은 이에 따라 계약일자를 2018.11.30.로 늦추게 된 것으로, 청구인들은 대체주택의 잔금을 CCC의 2차 중도금 OOO원(2차 중도금은 당초 매매계약서에는 없으나 청구인의 부담을 덜어주고자 CCC이 지급한 것임), 금융기관 담보대출 OOO원, 청구인들의 근무회사로부터 일시대여금 OOO원, 지인으로부터 차입금 OOO원 등으로 지급하였다.

(2) 청구인들은 일시적으로 15일 동안 1세대 3주택자가 된 것으로 이는 쟁점주택의 양도 및 대체주택을 취득하는 과정에서 불가피하게 잔금일자의 차이가 발생한 것이며, 이 기간 동안 주택가격의 상승을 노린 투기목적이 있다고 볼 수 없으므로 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제98조및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 부동산 양도시기를 원칙적으로 잔금청산일로 규정하고 있고, 매수인의 사정으로 인한 잔금 수령 지연이 세법상 규정된 양도시기를 달리 판단할 사유가 될 수 없으며, 청구인들은 쟁점주택 양도 당시 쟁점주택, 대체주택, 임대주택을 합하여 총 3채를 보유하고 있고, 3주택 모두 수도권 및 광역시에 소재하는 주택으로 조세법문의 해석상 투기목적과 상관없이 중과대상에 해당(조심 2020중2779, 2020.11.6. 외 다수)한다고 볼 수 있으므로 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31., 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제104조(양도소득세의 세율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2020.2.11., 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)제154조(1세대 1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」 제63조의2제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.제155조(1세대 1주택의 특례)

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택[같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다] 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것(후단 생략)제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).(단서 생략)

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다.(가) 청구인들의 주택보유 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구인 세대 주택보유 현황OOO* 2018.3.26. 주택임대사업자 등록(나) 청구인들의 쟁점주택 양도 및 대체주택 취득 계약내용은 아래 ＜표2＞와 같고, 이에 대한 증빙으로 쟁점주택 및 대체주택의 매매계약서, 대금수취내역에 대한 증빙으로 AAA 계좌의 금융거래내역, 쟁점주택의 매수인인 CCC은 확인서를 제출한바, 확인서에는 당초 매매계약을 체결할 당시에는 2018.11.15.에 잔금을 지급하기로 하였으나, 쟁점주택에 전세로 입주할 임차인의 자금사정으로 2018.11.30. 최종 잔금을 지급하는 것으로 매매계약서를 작성한 사실이 있는 것으로 기재되어 있다.

＜표2＞

청구인의 2019년 귀속 양도소득세 경정청구 내역(단위 : 천원)OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주택 매수인의 사정으로 부득이하게 단기간에 3주택을 소유하게 되었고, 대체주택을 투기 목적으로 취득한 것이 아니므로 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하는 것이 부당하다고 주장하나,「소득세법」 제98조및 같은 법 시행령 제162조에서 부동산의 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있으며, 양수인의 사정으로 인한 잔금수령 지연이 세법상 규정된 양도시기를 달리 판단할 사유가 될 수 없는바(조심 2013구4165, 2013.12.12. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인들은 쟁점주택의 잔금지급일(2018.11.30.) 기준으로 쟁점주택과 대체주택, 임대주택을 보유하고 있으므로「소득세법」제104조제7항 제3호에 따른 조정대상지역에서 1세대 3주택 이상 보유한 사실이 확인되는 점, 쟁점주택의 잔금지급일이 최초 2018.11.15.이었다는 청구인들의 주장을 입증할 객관적인 증빙자료는 제출되지 않은 점,「소득세법」 제95조제2항 및 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면, 투기 목적이 없거나 일시적으로 3주택을 소유한 경우라 하여 위 규정의 적용을 배제하라는 명문규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.