비거주자의 1세대 1주택 양도에 대하여 소득세법 제95조 제2항 단서 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

소득세법 시행령 제159조의2 및 제154조 제1항에서 거주자를 전제로 1세대를 규정하고 있는 점, 소득세법 제95조 제2항 단서 표2의 장기보유특별공제율 입법취지 등에 비추어, 비거주자에게는 이를 적용하기 어려움

1. 처분 개요

가.비거주자인청구인은 2008.8.22. 서울특별시 OOO(이하 ‘쟁점아파트’라 한다)를 양도하고 2008.8.31. 동 아파트의 양도차익 OOO에 대해 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 예정신고·납부하였다.

나. 그 후 청구인은 대법원 판결(2001.7.14. 2009두21147)에 따라 청구인이 비거주자라 하더라도 1세대1주택 양도의 경우 장기보유특별공제에 있어「소득세법」제95조제2항 단서의 80% 공제율을 적용하여 이미 신고·납부한 양도세액에서 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2011.9.19. 청구인의 경정청구를 거부처분 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2011.7.14. 대법원 판결(2009두21147)은 비거주자라 하더라도 장기보유특별공제율을「소득세법」제95조제2항 단서가 적용된다고 판결하였으므로, 비거주자인 청구인이 양도한 쟁점아파트도 거주자와 같이 동일하게 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

2009.12.31.까지 비거주자의 부동산 양도소득금액 산정에 있어서「소득세법」제95조제2항 단서조항이 거주자의 경우에만 적용됨을 전제로 한 납세자의 경정청구거부처분이 위법하다는 대법원 판결이 있으나 비거주자인 청구인에게는「소득세법」제95조제2항 단서조항을 적용함에 있어 거주자와 달리 적용하지 아니하는 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점장기보유특별공제에 있어 ‘비거주자’의 1세대 1주택 양도의 경우에도 거주자와 같이「소득세법」제95조제2항 단서(표2)가 적용되는지

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 이전의 것)제1조【납세의무】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

④ 제1항에 규정하는 주소ㆍ거소와 거주자ㆍ비거주자의 구분은 대통령령이 정하는 바에 의한다.제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득제95조【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.[표1]

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

4년 이상 5년 미만

100분의 12

5년 이상 6년 미만

100분의 15

6년 이상 7년 미만

100분의 18

7년 이상 8년 미만

100분의 21

8년 이상 9년 미만

100분의 24

9년 이상 10년 미만

100분의 27

10년 이상

100분의 30

[표2]

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상

100분의 80

(2) 소득세법 시행령제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(이하 생략)제159조의2【장기보유특별공제】법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은장기보유특별공제에 있어 비거주자의 1세대 1주택 양도의 경우에도 거주자와 같이「소득세법」제95조제2항 단서가 적용되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청의 과세기록에 의하면, 청구인은 쟁점아파트를 1978.12.6. 취득하여 2008.8.31. OOO에 양도하였다.

(2)「소득세법」제95조제2항은 장기보유특별공제액은 당해 자산의 보유기간이 3년이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고, 그 단서는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2를 적용하도록 규정하고 있다. 또한 전항 단서의 위임을 받은「소득세법 시행령」제159조의2는 “1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있으며,「소득세법 시행령」제154조제1항은, ‘1세대’를 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’로 정의하고 그 괄호에서 “이하 1세대”라 한다고 규정하고 있어「소득세법 시행령」제159조의2의 “1세대” 역시 제154조제1항의 ‘1세대’를 의미한다고 할 것이다.

(3) 법리를 살피건대,「소득세법」제95조제2항 단서는 장기보유특별공제액 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’ 해당하는 경우에는 특별히 표2의 공제율을 적용하도록 하고, 여기서 ‘1세대’는 앞서 검토한 바와 같이「소득세법 시행령」제159조의2및 제154조제1항에 따라 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것이므로 비거주자인 청구인에게는「소득세법」제95조제2항 단서가적용되지 아니하는 것으로 해석된다(조심 2011서1375, 2011.10.28. 참조).더하여,「소득세법」의 1세대 1주택 비과세특례규정은 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제면에서 지원하는 규정이므로 이와 같이 해석함이 입법취지에도 부합한다.그렇다면, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.