신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 보이고, 종전 국세청 질의회신 내용이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 표명하고 있지 아니하므로 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙을 위배한 것으로 보기도 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1999.3.11 OOO동 1682 외 1필지 OOO아파트 5동 307호(이하 ‘종전주택’이라 한다)을 취득한 후, 종전주택에 대한 재건축사업에 따라 2003.5.10.(사용승인일) 같은 곳 1682 외 1필지 OOO아파트 104동 1705호(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하였으며, 2006.11.9. 신축주택을 OOO백만원에 양도하고 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세 특례를 적용하여 양도소득세 OOO천원에 대해 전액 감면신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건은 종전 해석(서면4팀 2109, 2005.11.8.)과 달리, 납세의무 성립일(2006.11.9. 양도) 이후 생산된 새로운 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)에 근거하여 경정결정한 것으로서, (종전) 국세청 예규(서면4팀 2109, 2005.11.8.) 등에 따라 신축주택 감면 소득과 관련하여 종전주택 취득분부터 새로운 주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면된다는 세법해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 후에 새로운 해석·관행에 의하여 소급과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배되고, 또한 청구인은 과세관청의 감면소득에 관한 공적인 견해표시를 신뢰한 상태에서 부동산을 양도하였는바 과세관청의 당초의 해석에 반하는 새로운 해석으로 인해 재산상 중대한 손실이 발생한 점으로 보아 신의성실의 원칙에 위배되므로 이건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 재건축에 따른 양도소득금액 전체에 대해 감면 신고하였으나, 종전 국세청질의회신에서 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례대상 양도소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다는 회신을 한바 없고, 오히려 ‘신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도한 양도소득금액만을 감면’한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있으므로 이들과의 과세형평에 비추어 당초 양도소득세 과세는 정당하다. 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면에 있어 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 또한 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도할 때까지 전기간에 걸쳐 발생한 소득으로 확대해석할 수 없는바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액의 경우 동 규정에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청의 「 조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도 소득세 감면세액 산정(종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면 배제)이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 조세특례제한법 제40조 (구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(5) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시하는 서면4팀-2109(2005.11.8)의 질의회신 내용을 보면 「조세특례제한법」 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 되어 있고, 재산세과-227(2009.1.20.)의 질의회신 내용에 의하면 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 자기가 건설한 신축주택(재건축·재개발을 포함)의 경우 종전 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 「조세특례제한법」 제99조의3 의 감면소득에 해당하지 않는다고 되어 있다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 양도소득세 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미하는 것으로 보이는바, 처분청이 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 보이고[조심 2012서83(2012.3.13.), 조심2012서121(2012.2.23.) 등 참조], 또한 종전 국세청 질의회신(서면4팀-2109, 2005.11.8.) 내용이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 표명하고 있지 아니하는 등, 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙을 위배한 것으로 보기도 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.