비거주자에게도 1세대 1주택에 따른 장기보유특별공제(표2)를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

소득세법§95?

②?단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대’ 1주택‘에 해당하는 경우에 표2의 장기보유특별공제율을 적용하도록 규정하고, 대통령령은 ‘1세대’를 거주자 및 그 배우자가 함께 구성하는 1세대로 규정하고 있으므로, 비거주자에게는 표2의 장기보유특별공제율을 적용하기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 비거주자로 2009.9.25. 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 2009.7.5.「소득세법」 제95조제2항에서 규정하고 있는「표1」의 장기보유특별공제율인 100분의 30을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2011.11.7.「소득세법」 제95조제2항 단서에서 규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율인 100분의 80을 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 내용으로 경정청구를 하였다.

나.처분청은 2011.12.22. 청구인이 비거주자이므로「소득세법」 제95조제2항 단서에서 규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

대법원에서 비거주자도 그 요건을 갖추면 거주자와 같이「소득세법」 제95조제2항 단서에서 규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있다고 판시(대법원2009두21147, 2011.7.14. 선고)한 바 있으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행령」제154조제1항 및 제159조의2에서 “1세대 1주택”에서 1세대라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것이고, 이는「소득세법」제95조제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 않도록 규정한 같은 법 제121조 제2항의 개정취지(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것)가 거주자의 주거생활 안정을 위하여 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명확히 한다고 되어 있으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비거주자에게「소득세법」제95조제2항 단서에서 규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 1988.9.19. 매매를 원인으로 쟁점주택의 소유권을 취득하였다가 2009.9.25. 거래가액을 OOO원으로 하여 타인에게 소유권을 이전한 사실이 쟁점주택의 부동산등기부등본에 의해 확인된다.

(2)「소득세법」제95조제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하여 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제2항 본문은 장기보유특별공제액을 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 양도차익에 「표1」의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 하고, 같은 항 단서는 대통령령으로 정하는 1세대1주택(부수되는 토지 포함)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 「표2」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 종전의 「소득세법」제121조 제2항은 국내에 소재한 토지, 건물 등의 양도소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정하였다가, 비거주자에게는「소득세법」 제95조제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 아니하는 것으로 2009.12.31. 법률 제9897호로 일부 조문이 개정되었고, 동 규정의개정과 관련하여「소득세법」 제95조제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 아니하는 비거주자는「소득세법」제1조의2제1항 제2호의 비거주자를 말한다는 내용으로 2010.2.18. 신설된「소득세법 시행령」제180조의2의 개정이유에 대하여 기획재정부 발간 “2009 간추린 개정세법”에는 “기획재정부의 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 1세대1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여, 비거주자에게는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화하기 위한 것”으로 되어있는 사실이 나타난다.

(4)위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 「소득세법」의 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이고,「소득세법」 제95조제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”에 해당하는 경우 「표2」의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였다 하더라도 양도당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은「소득세법」 제95조제2항 단서 규정상 1세대1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문 「표1」의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서1340, 2012.6.22. 등 다수 참고).

따라서, 처분청에서「소득세법」제95조제2항 단서에 따른 「표2」의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.