농업인이 농지를 그에 담보된 채무를 승계시키는 조건으로 농업회사법인에 현물출자한 경우, 「조세특례제한법」 제68조 제2항에 따른 양도소득세 감면세액 산정시 전체 양도가액 중 채무 상당액을 감면대상에서 제외하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

양도소득금액에서 채무에 해당하는 부분을 제외하여 감면세액을 산정하는 것으로 규정하고 있지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 「조세특례제한법」제68조 의 감면대상인 “현물출자함으로써 발생하는 소득”을 양도소득금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 경정ㆍ고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2015.1.6. OOO(이하 “쟁점농지”라 한다)를 농업회사법인 OOO 유한회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 현물출자(자산평가액 OOO원)한 후, 쟁점농지의 담보채무 OOO원(이하 “쟁점채무”라 한다)을 제외한 순자산가액 OOO원에 해당하는 출자좌수 OOO를 수령하였으며, 2015.3.1. 양도소득세 예정신고 및 2016.5.10. 확정신고시「조세특례제한법」 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) 규정에 따라 양도소득세 산출세액을 100% 감면하여 신고하였다.

나. 처분청은「조세특례제한법」 제68조의 감면대상인 “현물출자함으로써 발생하는 소득”을 양도소득금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액으로 보아 2021.2.17. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정 전, 이하 같다) 제68조 제2항은 농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 감면세액 산정시 현물출자함으로써 발생한 소득에 채무를 차감하여 양도소득세를 계산한다는 규정은 없음에도 처분청이 법규정과 달리 “현물출자함으로써 발생하는 소득”을 “양도소득금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액”으로 보아 양도소득세 감면세액을 산정한 것은 위법하다(OOO 같은 뜻임). (가)「조세특례제한법」제32조, 같은 법 시행령 제29조 제5항에 따라 사업용 고정자산에서 사업용 부채를 차감한 순자산가액을 출자한 경우에 양도소득세 이월과세를 적용하는데, 이 경우에도 양도소득세 과세표준에 양도소득세율을 적용한 양도소득산출세액을 이월과세하는 것이지 양도소득금액에 양도가액에서 부채를 차감한 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱한 금액으로 하지 아니하는바, 동일하게 현물출자를 하여 발생한 소득에 대해 농업회사법인에 대한 감면과 법인전환에 따른 이월과세를 다르게 해석할 여지가 없다. (나) 농업회사법인에 대한 과세특례를 도입한「조세특례제한법」 제68조의 입법목적은 농촌지역의 생산인력 부족현상 심화에 따른 문제점을 보완하고자 협업적ㆍ기업적 농업경영을 할 수 있도록 농업회사법인의 설립ㆍ육성을 적극적으로 지원하는 것으로, 현물출자시 순자산가액에 대한 대금을 주식으로 받아야 하는데 현금 수입 없이 채무에 대한 양도소득세를 부과한다면 세금만 내게 되어 현물출자를 할 수 없게 만드는 것인바, 이는 입법취지에 어긋난다.

(다) 과세당국은 이와 같은 문제점을 인식하여 2019.12.31.「조세특례제한법」 제68조제2항을 개정하여 현물출자와 관련하여 농업회사법인이 인수한 채무가액에 상당하는 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다고 규정하였는바, 동 개정법률은 부칙에서 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하여야 한다고 명백히 규정하고 있으므로 2015.1.6. 양도한 쟁점농지에 대해서는 적용할 수 없다. 결론적으로 처분청의 처분은 2019.12.31. 개정법률을 적용하여 과세한 것으로서 소급과세금지원칙에 위배된다.

(2) (예비적 청구) 청구인이 양도소득세를 신고한지 무려 4년이 지나 과세하면서 납부불성실가산세를 OOO원을 과세하는 것은 지나치게 가혹한 처분이다. 본세가 OOO원인데 납부불성실가산세를 무려 본세의 47.6%인 OOO원으로 고지한다는 것은 일반인의 상식으로 이해하기 어렵고, 신고 후 과소신고된 것으로 검토되었다면 즉시 과세를 하여야 함에도 정상신고로 방치하여 두다가 4년이 지난 지금에서야 법률을 개정하여 과세하는 것은 처분청의 책임이므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구에 대하여)「조세특례제한법」 제68조제2항은 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 「농지법」에 따른 농업회사법인에 현물출자 함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는바, 농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자하면서 농지가 담보하고 있는 채무를 함께 농업회사법인에 승계시키는 경우「조세특례제한법」 제68조제2항의 양도소득세 감면적용대상인 “현물출자함으로써 발생하는 소득”은 “양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을「소득세법」제95조제1항에 따른 양도소득금액에 곱하여 산정한 가액”으로 하는 것이다.이 건의 경우 청구외법인의 정관에 따르면 현물출자 가액은 쟁점농지 감정가액에서 쟁점채무를 차감한 순자산가치이므로 쟁점채무는 현물출자 가액으로 볼 수 없는 점, 국세청은 이 사건 처분 관련 과세기준자문 외에도 다수의 예규를 통해 감면대상금액에서 채무가액을 제외하여야 한다는 일관된 해석을 하고 있는 점, 2019.12.31.「조세특례제한법」 제68조가 채무상당액을 감면대상에서 제외하는 것으로 감면대상금액을 명확히 하여 개정된 점 등을 감안하면 처분청이 양도소득세 면제세액을 양도가액에서 쟁점채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율로 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) (예비적 청구에 대하여) 납부불성실가산세는 납부기한 내 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있는 점, 처분청이「국세기본법」 제26조의2규정에 따른 부과제척기간 이내에 정당하게 과세한 점, 처분청의 결정지연이 청구인이 납세의무를 이행하지 아니한 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점을 비추어 보면 납부불성실가산세를 가산하여 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 농업인이 농지를 그에 담보된 채무를 승계시키는 조건으로 농업회사법인에 현물출자한 경우,「조세특례제한법」 제68조제2항에 따른 양도소득세 감면세액 산정시 전체 양도가액 중 채무 상당액을 감면대상에서 제외하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 납부불성실가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인의 정관에 의하면 청구인은 쟁점농지의 감정평가액 OOO원에서 쟁점농지를 담보로 제공한 차입금 OOO원을 제외한 OOO원을 출자하여 청구외법인으로부터 OOO의 출자좌수를 수령한 것으로 나타나는바, 그 내용은 다음과 같다.

(2) 처분청은 농업회사법인에 농지 등을 현물출자하여 양도소득세 면제규정을 적용받을 때 관련 채무도 승계하는 경우 감면소득 범위에 대하여 과세기준자문을 신청하였고, 국세청 법령해석과는 “농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자하면서 농지가 담보하고 있는 채무를 함께 농업회사법인에 승계시키는 경우 감면대상은 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 양도소득금액에 곱하여 산정함”이라고 회신OOO하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정 전, 이하 같다) 제68조 제2항은 농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있을 뿐, 양도소득금액에서 채무에 해당하는 부분을 제외하여 감면세액을 산정하는 것으로 규정하고 있지 아니하는 점(OOO 참조), 2019.12.31.「조세특례제한법」 제68조제2항 개정으로 “현물출자함으로써 발생하는 소득”에서 “현물출자와 관련하여 농업회사법인이 인수한 채무가액에 상당하는 대통령령으로 정하는 소득”은 제외하는 것으로 규정하였으나, 부칙에서 동 개정규정의 적용시점을 2020.1.1.로 명확히 규정하였으므로 2015.1.6. 현물출자가 이루어진 이 건에 대해서는 위 개정규정이 적용될 수 없음은 법문상 명확해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이「조세특례제한법」 제68조의 감면대상인 “현물출자함으로써 발생하는 소득”을 양도소득금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액으로 보아 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세를 경정ㆍ고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정 전)제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)

⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. ＜개정 2014.12.23.＞

⑥ 제4항에 따라 감면받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다. ＜개정 2014.12.23.＞

⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. ＜개정 2013.1.1., 2015.6.22., 2015.12.15.＞

⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 제66조제5항ㆍ제6항 및 제8항을 준용한다. ＜개정 2013.1.1., 2014.12.23., 2015.12.15.＞

(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것)제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2021년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득(현물출자와 관련하여 농업회사법인이 인수한 채무가액에 상당하는 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다)에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.부칙 ＜법률 제16835호, 2019.12.31.＞제2조(일반적 적용례)

③ 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정 전)제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)

④ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항 전단에서 “대통령령으로 정하는 농업인”이란 각각 「농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법」 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산(이하 이 조에서 “농지등”이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」 제15조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조 제7항 및 제68조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 농업인”이란 각각 「농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법」 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구, 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. ＜개정 2005.2.19., 2008.2.22., 2009.11.26., 2010.2.18., 2013.2.15., 2014.2.21., 2015.2.3., 2015.12.22.＞

(4) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정된 것)제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등)

⑦ 법 제68조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음의 계산식에 따른 금액을 말한다. ＜신설 2020.2.11.＞