비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제할 수 있는지 여부(기각)

건축물대장 및 농지용도변경승인서에 의하더라도 양도일 현재 농지가 아닌 대지로 사용한 것으로 보이는 점, 등기접수일 현재 대지로 사용한 쟁점토지에 대하여 당해 규정을 적용하여 비사업용토지에서 제외하기는 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.12.8. OOO OOO OOO OOO OOOOOOO 대지 225㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은 리 156-155 도로 7㎡를 이OO 소유의 같은 리 156-153 대지 133㎡와 교환하고 2010.1.31. 양도한 2필지에 대하여 비사업용토지로서 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 30,443,760원을 납부세액으로 하여 2009년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. 청구인은 2010.4.15. 처분청에 쟁점토지가 20년 이상 자경한 농지로서 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2010.6.21. 이를 거부처분하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.13. 이의신청을 거쳐 2010.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인이 교환직전 쟁점토지의 지목을 대지로 변경하였으므로 교환당시 지목이 대지라고 하나, 쟁점토지의 지목 변경자는 청구인이 아니고 쟁점토지의 취득자인 이OO임이 농지용도변경승인서에서 입증되며, 이OO이 쟁점토지 상에 자기 소유건물의 건축허가를 받은 날이 2008.1.9.이므로 쟁점토지의 취득일은 적어도 건축허가일인 2008.1.9. 이전일수밖에 없으며, 더욱이 처분청이 처분근거로 하는 등기신청시 첨부된 교환계약서를 보아도 교환계약일이 2009.12.1.이나 “소유권등기이전 신청은 2009.10.30.까지 당사자가 법무사사무실에 출석하여 실행한다”고 하여 실지 계약일은 그 이전임을 알 수 있다. OOOO이 통보한 2009년도 토지분 정기과세내역서에서도 쟁점토지는 「소득세법」제104조의3 제1항 제4목 나호의 재산세별도합산과세대상 으로 통보한 사실이 나타나며, 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제2호는 비사업용토지 제외요건을 ‘2006.12.31.이전에 20년 이상 소유한 농지 로서 2009.12.31.까지 양도하는 토지’로 하고 있으며, 양도일 현재 농지 이어야 한다는 규정이 없는 바, 조세법규의 해석은 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석은 허용되지 아니하므로(OOO OOOOOOOOO, 2004.3.22.) 양도일 현재 지목이 변경되었음을 이유로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인이 제기한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 건축허가(2009.1.9.) 및 농지용도변경승인서(2009.10.25.) 신청인이 거래상대방인 이OO임을 사유로 이 때 교환이 이루어진 것이며, 교환계약서는 형식적으로 작성되었다고 주장하고 있으나, 교환시기를 입증할 만한 객관적인 증빙이 없으므로 등기접수일인 2009.12.8.을 양도일로 보는 것이 타당하며 농지전용 최초신고일자는 2005.11.28.로 쟁점토지는 교환 전 이미 농지전용이 완료된 상태로 쟁점토지를 비사업용으로 보아 경정청구를 기각한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

가. 관련법령

(1) 소득세법 (2009.12.31, 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산( 제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다 )으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략) 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의

7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

(2) 소득세법 시행령 제168조의 14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의 3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2009.12.1. 자신 소유의 OOO OOO OOO 소재 쟁점토지 및 같은 리 156-155 도로 7㎡와 이OO 소유의 OOO OOO OOO OOOOOOO 대지 133㎡에 대하여 교환계약을 체결한 후 2009.12.8. 소유권등기 이전하고 2010.1.31. 양도한 2필지에 대하여 비사업용토지로서 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 30,443,760원을 납부세액으로 하여 2009년 귀속 양도소득세를 신고한 후 2010.4.15. 처분청에 쟁점토지가 20년 이상 자경한 농지로서 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였는데, 이에 대하여 처분청은 2010.6.21. 거부통지하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지에 대하여 20년 이상 청구인이 자경한 농지로서 대지로 지목변경한 자는 매수인이며, 설령 지목이 변경되었다하더 라도 양도당시 농지이어야 한다는 규정이 없으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제시하고 있다. (가) 쟁점토지와 OOO OOO OOO OOO OOOOOOOO 등 2필지에 함께 신축된 OOOOO(근린생활시설) 176.1㎡의 건축물대장에 의하면 건축주는 이OO(쟁점토지 매수자)이며, 허가일자는 2008.1.9., 착공일자는 2008.8.1., 사용승인일은 2009.8.7.로 기재되어 있고, 2009.9.7. 소유권보존된 것으로 나타난다. (나) OO OO이 2009.10.20. 승인한 ‘농지용도변경승인서’에 의하면 쟁 점토지를 포함한 3필지에 대하여 용도변경승인 신청자가 이OO으로 기재되어 있으며, 농지용도변경승인서의 허가신고협의일자는 2005.11.28.(OOOOOOOOOOOO)로 기재된 사실이 나타난다. (다) 청구인과 이OO이 2009.12.1. 작성한 것으로 기재된 토지교환계약서에 의하면 제4조에서 “교환물건의 소유권이전등기신청은 2009.10.30.까지 당사자가 법무사 사무실에 출석하여 실행한다”라고 기재된 사실이 나타나며, 이에 대하여 청구인은 제4조에서 2009.10.30. 등기이전하기로 한 사실로 볼 때, 2009.12.1.로 기재된 작성일은 등기이전을 위하여 형식적으로 기재된 것임을 입증하는 증빙이라고 주장한다. (라) OO OO이 청구인에게 통보한 2009년도 토지분 정기과세내역서에서도 쟁점토지는 재산세별도합산과세대상으로 통보한 사실이 나타난다.

(3) 쟁점토지 등기부등본에 의하면 청구인은 쟁점토지를 1974.4.3. 원인일로, 1983.10.4. 등기접수하여 취득한 사실이 나타나며, 2009.12.1. 교환을 원인으로 2009.12.8. 이OO에게 소유권등기 이전된 사실이 나타나며, 2009.10.20. 당초 지목이 전에서 대지로 변경된 사실이 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지에 대하여 20년 이상 청구인이 자경하였고 대지로 지목변경한 자는 매수인이며, 설령 지목이 변경되었다하더 라도 양도당시 농지이어야 한다는 규정이 없으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점토지가 교환계약일 현재 농지라고 주장할 뿐 이를 입증할 구체적 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 쟁점토지의 소유권등기를 2009.10.30.에 하도록 기재되어 있어 실제 교환일은 2009.10.30. 이전이라고 주장할 뿐 실제 교환일을 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 못하는 점, 쟁점토지의 소유권이전 등기접수일인 2009.12.8. 현재 쟁점토지 지목이 대지일 뿐만 아니라 건축물대장 및 농지용도변경승인서 등에 의하더라도 양도일 현재 농지가 아닌 대지로 사용한 것으로 보이는 점, 설령 청구인이 농지인 상태로 20년 이상 보유하다가 매수자가 양도일 이전부터 농지를 전용하여 대지로 사용하였다 하더라도 비사업용 토지로 보지 아니하는 부득이한 사유를 규정한 「소득세법 시행령」제168조의 14 중 제3항 제2호에서 “20년 이상을 소유한 농지·임야·목장용지”로 규정하고 있어 소유권이전 등기접수일 현재 대지로 사용한 쟁점토지에 대하여 당해 규정을 적용하여 비사업용토지에서 제외하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지가 비사업용토지에서 제외되어야 한다는 취지로 제기한 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.