신고하지 아니한 면세농산물 등에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

부가가치세 신고시 증명서류와 함께 면세매입금액에 대하여 신고하지 않았고 원재료 구매와 공급 형태 등에 비추어 면세농산물을 신고누락하였다고 볼 수 없어 의제매입세액공제를 적용할 수 없음

1. 처분개요

청구인은 1998.12.10.부터 OO특별시 O구 OO동 1-170번지에서 ‘OOOOO’이라는 상호로 음식점업(뷔페, 경양식)을 경영하고 있는 사업자로, OO지방국세청장이 2008.3.18.～2008.5.28. 기간동안 청구인을 조사한 결과, 2004년 1기부터 2007년 2기까지 공급가액 3,963,181,363원(2004년 1기 730,118,586원, 2004년 2기 941,572,390원, 2005년 1기 738,116,403원, 2005년 2기 607,975,060원, 2006년 1기 514,921,477원, 2006년 2기 194,065,880원, 2007년 1기 33,031,259원, 2007년 2기 203,380,308원) 상당의 매출을 누락한 것으로 확인하여 처분청에 과세자료로 통보하였다. 이에, 처분청은 OO지방국세청장의 과세자료에 의해 2008.7.11. 청구인에게 부가가치세 570,724,710원(2004년 1기 111,788,450원, 2004년 2기 138,966,660원, 2005년 1기 104,930,620원, 2005년 2기 83,179,180원, 2006년 1기 67,562,840원, 2006년 2기 24,497,330원, 2007년 1기 5,030,270원, 2007년 2기 34,769,360원)을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.1. 이 건 심판청구를 제기하였다 .

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OO지방국세청장은 청구인 사업장의 부가가치세 세무조사에서 청구인이 신고누락한 면세농산물 등의 매입액을 확인하였으면서도 의제매입세액공제를 적용하지 아니하여 이 건을 과세하였 으나, 매입계산서(추후 제출) 등에 의하여 확인되는 면세농산물 등의 매입금액에 대해서 의제매입세액을 공제함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인의 사업장별 식자재는 청구인이 설립한 주식회사 OOOOOOOO에서 일괄 구매하여 각 사업장별로 배송하는 방식으로 공급하고 있어 각 사업장별로 면세농산물 등의 매입누락이 발생할 여지가 없고, 매입누락한 식자재 매입자료와 장부를 제출한 사실이 없을 뿐 아니라, 부가가치세법시행령 제62조 제3항의 규정(의제매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표 또는 신용카드 매출전표등 수취명세서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다)에 비추어 볼 때, 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부가가치세 신고시 증명서류와 함께 신고하지 아니한 면세농산물 등의 매입금액에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지 여부.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29. 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ 수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물 등”이라 한다)을 원재료로하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우(제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세 면제를 받지 아니하기로 하고, 제11조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

④ 제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

(2) 부가가치세법시행령 제62조 【의제매입세액계산】

① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물 (제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것, 동조 제2항 각호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할세무서장에게 제출 (국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제조업을 영위하는 사업자가 농ㆍ어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액공제신고서만을 제출한다.

1. 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표

2. 재정경제부령이 정하는 신용카드매출전표등수취명세서

④ 제3항 단서의 규정에 의한 농ㆍ어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업중 작물재배업, 축산업, 작물재배 및 축산복합농업에 종사하거나 어업에 종사하는 개인을 말한다.

(3) 부가가치세법시행규칙 제19조 【의제매입세액계산】

① 영 제62조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 율”이라 함은 102분의 2(음식점업의 경우에는 103분의 3)를 말한다. 다만, 음식점업자가 2006년 12월 31일까지 공급받는 영 제62조 제1항의 규 정에 의한 면세농산물등(이하 “면세농산물등”이라 한다)에 대하여는 105분의 5를 적용한다.

③ 수입되는 면세농산물등에 대하여 영 제62조 제1항의 규정에 의하여 의제매입세액을 계산함에 있어서의 그 수입가액은 관세의 과세가격으로 한다.

④ 영 제62조 제3항에 의한 의제매입세액공제신고서는 별지 제11호의 2 서식에 의하고, 동항 제2호의 규정에 의한 신용카드매출전표등수취명세서는 별지 제13호서식 및 별지 제13호의 2 서식에 의한다.

⑤ 영 제62조의 규정을 적용함에 있어서 과세사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 영 제61조의 규정을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 매출금액을 신고누락한 것으로 보아 이 건을 처분한 데 대하여, 청구인은 매입신고를 누락한 면세농산물 등에 대하여 의제매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제17조 제3항에 “사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”고 규정하고 있고, 제4항에는 “제3항의 규정은 사업자가 제18조【예정신고와 납부】및 제19조【확정신고의 납부】의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있다. (나) 청구인은 위의 규정에 의해 의제매입세액을 확정 또는 예정신고(매입처벌계산서합계표와 의제매입세액공제신청서 등)한 사실이 없고, 청구인이 매입누락하였다고 주장하는 식자재의 매입자료와 장부를 제출하지 못하고 있을 뿐 아니라, 청구인이 지배·경영하고 있는 주식회사 OOOOOOOO가 청구인의 각 사업장에서 필요한 원재료 등을 일괄 구매하여 각 사업장에 배송하는 방식으로 공급하고 있는 것으로 보아 각 사업장별 면세농산물 등의 매입누락이 발생할 여지가 없어 보인다.

(2) 위의 내용을 종합하면, 사업자가 면세농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우 의제매입세액을 공제받기 위해서는 부가가치세 확정 또는 예정신고와 함께 의제매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표(신용카드매출전표등수취명세서 포함) 등의 증명서류를 제출하여야 하나, 청구인은 당초 신고시 위의 자료를 제출한 사실이 없고, 관련장부도 제시하지 못하고 있으며, 청구인의 원재료 구매와 공급 형태 등에 비추어 볼 때, 청구인이 면세농산물 등을 신고누락하였다고 보기 어려우므로, 처분청이 청구인의 주장을 받아들이지 아니하고 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.