조특령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산정한 것이 적법한지 여부

조특령 제40ㆍ

① 산식에서 분자의 “취득당시 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가로, 분모의 “취득당시 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 쟁점주택의 감면대상 소득금액을 계산하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1992.6.1. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하고 보유하던 중, 종전주택이 주택재건축사업(사업승인일 2000.9.6.)에 의하여 재건축됨에 따라 2004.11.26. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 이OOO과 공동으로 취득하였고, 2007.12.14. 신축주택을 OOO원에 양도하였다. 청구인은 신축주택의 양도에 대해 2008.2.28. 양도소득세 예정신고를 하면서 종전주택 취득이후 발생한 양도소득금액 전체가조세특례제한법」제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 감면대상에 해당하는 것으로 하여 양도소득세 OOO원(감면율 100%)에 대해 감면신청하였다.

나. 처분청은「조세특례제한법」제99조의3신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2013.4.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3신축주택 감면의 취지는 일정기간 내에취득한 주택은 준공후 5년간의 발생한 소득에 대해 양도소득세를 감면한다는 것으로, 5년 이후 양도시에는 5년간 발생한 소득을 계산하기 위해「조세특례제한법 시행령」제40조제1항을 적용하여야 하나,청구인의 경우 5년 이내 양도하였으므로「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 적용대상에 해당하지 아니하고, 가사「조세특례제한법 시행령」제40조제1항을 적용한다 하더라도 조세감면규정은 문언대로 엄격하게 해석하여야 할 것이나, 취득 당시의 기준시가를 분모에는 종전주택의 취득당시 기준시가, 분자에는 신축주택의 기준시가를 적용하는 것으로 법문을 자의로 해석하여 준공전의 양도소득에 대해 감면을 배제하는 것은 납세자의 권리를 부당하게 침해하는 것이다.「소득세법 시행령」제166조에서는 관리처분계획인가일 전과 후의 양도소득금액을 구분하여 산정하도록 하고 있음에도 이를 합하여「조세특례제한법 시행령」제40조제1항을 적용하는 것은 당해 규정을 오해하여 납세자에게 일방적으로 불리하게 법령을 적용하는 것으로, 청구인의 경우 관리처분계획인가전·후로 나누어 관리처분계획인가후의 양도소득금액 전액을 감면대상으로 보는 것이「조세특례제한법」제99조의3의 입법취지에 부합하는 것이다.과세관청의 주장대로 신축주택에 대해서는 감면을 하더라도, 종전주택의 부수토지는 체비지로 건축비에 충당되었으므로 환지처분 또는 체비지로 충당된 경우 양도로 보지 아니한다는「소득세법」제88조제2항의 규정에 따라 전액 비과세 및 감면되어야 하므로 결과적으로 준공후 5년 이내 양도시에는 전액 비과세 및 감면함이 타당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 말하는 것으로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니하므로 이를 감면대상에서 배제한 처분은 정당하다. 「소득세법」제88조제2항은 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로 재건축아파트의 종전주택분 양도소득이「소득세법」제88조제2항의 환지에 해당하여 비과세에 해당한다는 청구주장은 당해 법규정을 잘못 해석한 주장이다. 「조세특례제한법」제99조의3의 규정을 적용함에 있어 신축주택의 취득일로부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액이라고 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로볼 수 없으며, 당해 규정의 전체문언을 고려할 때, 감면대상 양도소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하는 것이지, 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지의 전 기간에 발생한 양도소득으로 보는 것은 지나친 확대해석이다.

재건축주택의 양도차익 계산시「소득세법 시행령」제166조에 따라관리처분계획인가일 전·후의 양도차익을 각각 계산하도록 되어 있으나,「조세특례제한법」제99조의3은 감면대상 소득금액을「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식을 적용하여 산정하도록 규정하고 있고, 만약 조합원의 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득을 감면대상으로 한다면, 구주택을 소유한 적이 없는 일반분양자와 형평이 맞지 않는 결과를 초래하여 일반분양자와 조합원의 형평성을 저해한다는 청구인의 주장은 논리가 맞지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 취득자의 양도소득세 감면 범위

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.2.28. 신축주택의 양도에 대해 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득금액 OOO원 전액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는 것으로 하여(감면율 100%) 양도소득세 감면신청을 하였다.

(1) 청구인은 2008.2.28. 신축주택의 양도에 대해 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득금액 OOO원 전액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는 것으로 하여(감면율 100%) 양도소득세 감면신청을 하였다.

(2)처분청의 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 검토서에 의하면, 처분청은 신축주택의 전체 양도소득금액에 신축주택 양도일까지의 기준시가에서 신축주택 취득일 당시의 기준시가가 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 감면대상 양도소득금액으로 보아 양도소득세 과세표준에서 당해 감면대상 양도소득금액이 차지하는 비율에 양도소득세 산출세액을 곱하여 감면세액으로 산정한 사실이 나타난다.

(3)신축주택의 아파트매매계약서에는 청구인이 2007.11.24. 신축주택을 매수인 하OOO와 OOO원에 양도하기로 계약한 사실이 나타나고, 신축주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인과 이OOO은 2004.11.26. 각 신축주택의 지분 1/2을 소유권보존등기하였고, 2007.11.24. 매매를 원인으로 2007.12.14. 신축주택의 소유권을 하OOO에게 이전한 것으로 확인된다.

(4)OOOO이 발행한 신축주택의 분담금 납부확인서 등에 의하면, 청구인은 신축주택과 관련하여 분담금 OOO원을 납부한 사실이 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하다.

따라서 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득시기까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.