청구인이 양도한 쟁점아파트의 취득가액으로 등기부등본에 기재된 금액이 아닌 처분청이 확인한 실지거래가액을 적용한 처분의 당부 등

① 처분청이 제시한 청구인의 분양대금 계좌 이체내역에서 쟁점분양가액과 거의 유사한 금액이 분양회사 등의 계좌로 이체된 사실이 나타나고, 쟁점아파트에 대한 입주대금 납부서상 쟁점아파트의 공급금액 합계액이 쟁점분양가액과 일치하므로 청구인이 쟁점아파트를 취득하면서 실제 분양대금으로 납입한 금액은 쟁점분양가액으로 보이는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

② 양도소득세 과소 신고·납부의 책임은 청구인에게 있는 것으로 보이는 점 등에 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 인천광역시 OOO 아파트(전용면적 102.62㎡로 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 A㈜로부터 분양받아 2014.7.31. 소유권보존등기를 하고, 2020.5.29. B에게 쟁점아파트를 OOO원에 매도한 후, 2020.7.20. 쟁점아파트의 취득가액을 청구인의 취득 등기시 등기부등본에 등재된 거래가액 OOO원(이하 “쟁점등기가액”이라 한다)으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 국세청장으로부터 통보받은 ‘할인분양 취득자 중 취득가액 과다신고 혐의자’에 대한 과세자료를 점검한 결과, 청구인이 쟁점아파트를 분양받으면서 실제 납입한 분양대금은 OOO원(이하 “쟁점분양가액”이라 한다)으로 보아 쟁점분양가액을 쟁점아파트의 취득가액으로 하여 2025.8.7. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(일반과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.25. 이의신청을 거쳐, 2026.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 객관적인 증빙 없이 법적 추정력이 있는 쟁점아파트의 등기부등본상 쟁점등기가액을 실제 거래가액으로 인정하지 아니하였으므로, 이 건 처분은 부당하다. (가) 부동산등기부의 거래가액 기재 제도는 부동산 거래의 투명성을 확보하기 위한 것이므로, 등기부에 기재된 거래가액은 특별한 사정이 없는 한 실지거래가액으로 추정된다(대법원 1993.5.11. 선고 92다46059 판결). 처분청은 국가가 관리하는 공적 장부인 등기부등본에 기재된 청구인의 취득 당시 거래가액(쟁점등기가액)을 별다른 이유 없이 실제 거래가액으로 인정하지 않았다. (나) 처분청은 이 건 과세처분 당시 무려 11년 전에 청구인과 쟁점아파트를 거래한 전소유자가 제출한 서류를 근거로 쟁점분양가액(OOO원)을 청구인의 실제 취득가액으로 보았으나, 청구인과 이해관계가 상충하는 전소유자가 제출한 서류는 객관적인 증거가 될 수 없다. 처분청에서 쟁점등기가액을 청구인의 취득 당시 실제 거래가액이 아닌 것으로 보려면 처분청에서 쟁점아파트의 취득 등기시 제출된 계약서보다 거래가액을 낮춘 다운계약서나 금융조사 결과 등을 제시하였어야 함에도, 이러한 사실이 없는바, 처분청은 입증책임을 다하지 못하였다. (다) 청구인은 2014년 쟁점아파트의 취득시 법무법인 C에게 취득 등기 업무 일체를 위임하였고, 청구인은 법무법인 직원(D)이 작성해 준 취득세 영수증을 신뢰하여 취득세 등을 납부하였다.

만일, 청구인의 쟁점아파트 취득 당시 거래가액이 실제보다 낮게 등기부등본에 기재되었다면, 이는 법무법인 C 직원(D)이 청구인을 기망하여 차액을 편취한 ‘사기 및 횡령’ 사건에 해당하는데, 이에 청구인은 법무법인 C 측에 직원 D의 연락처 등을 수차례 요청하였으나, 법무법인 C측은 D가 법무법인에서 근무한 것은 맞으나 개인정보는 줄 수 없다며 청구인의 요청을 거절하였다. (라) 청구인이 쟁점아파트를 취득한 것은 이 건 과세처분일로부터 11년 전인바, 이와 같이 오랜 기간의 경과로 납세자가 취득대금의 지급내역 등을 확인할 수 있는 증빙 자료를 제시하기 어려운 경우에는 과세관청이 과세근거를 더욱 엄격하게 입증해야 한다.

(2) 설령, 이 건 양도소득세 부과가 적법하다고 하더라도, 가산세는 취소되어야 한다.(가) 앞서 살펴본 바와 같이 청구인은 등기업무를 대행한 법무법인 C에서 작성한 서류와 쟁점아파트의 등기부등본에 기재된 거래가액을 신뢰하여 쟁점등기가액을 쟁점아파트의 취득가액으로 하여 양도소득세를 신뢰하였다.(나) 청구인은 쟁점아파트 취득 등기 이후 10년이 넘게 쟁점아파트 등기부등본에 기재된 거래가액이 잘못되었다는 사실을 통보받지 못하였으므로, 청구인으로서는 쟁점등기가액이 쟁점아파트의 실제 취득가액이라고 믿을 수밖에 없었다.(다) 따라서, 청구인이 쟁점아파트의 취득가액을 실제 거래가액보다 과다하게 신고하여 결과적으로 양도소득세를 과소하게 신고·납부하였다고 하더라도, 청구인이 납세의무를 정상적으로 이행하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 양도가액에서 공제되는 취득가액이란 실제 취득가액을 의미하는바, 쟁점아파트의 등기부동본에 기재된 가액이 아닌 쟁점분양가액을 쟁점아파트의 실제 취득가액으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.(가) 청구인은 쟁점아파트를 A㈜로부터 OOO원에 분양받기로 분양계약을 체결하였으나, 실제로는 할인 분양을 받아 OOO원(쟁점분양가액)을 지급한 사실이 아래와 같은 증빙에서 확인되었다.

1) A㈜가 제출한 청구인의 분양대금 납부서를 보면 납입금액의 합계액(OOO원)이 쟁점분양가액과 일치하였다.

2) 청구인은 쟁점아파트에 대한 취득세 신고시 취득세 과세표준액을 OOO원으로 신고하였는데, 이 금액에 건물분 부가가치세를 더하면 쟁점분양가액과 일치한다.

3) 청구인이 제출한 쟁점아파트 분양대금 계좌이체 내역을 보면 총 OOO원이 A㈜에게 이체된 것으로 나타나는데, 이 금액에 계약금 OOO원을 더하면 쟁점분양가액과 거의 일치한다.(나) 청구인은 쟁점아파트의 취득세 신고시에는 할인된 분양가액으로 기재하고, 양도소득세 신고시에는 취득가액을 원래의 분양가액으로 기재하는 등 모순적인 행위를 하였다.(다) 자료보존 기간이 경과하였다는 이유만으로 실질과세원칙의 적용을 배제하거나 청구인의 입증책임이 면제된다고 볼 수 없고, 처분청은 국세부과제척기간(5년) 내에 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(2) 청구인이 쟁점아파트의 취득가액을 과다하게 신고한 것은 세법에서 정한 의무를 위반한 것이고, 이러한 행위에 정당한 사유가 존재하지 아니하므로 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 청구인이 양도한 쟁점아파트의 취득가액으로 쟁점등기가액(OOO원)이 아닌 처분청이 확인한 쟁점분양가액(OOO원)을 적용한 처분의 당부

② (예비적) 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 양측이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 확인된다.(가) 청구인은 2014.7.31. 분양으로 소유권을 취득한 쟁점아파트를 2020.5.29. 매도하였는데, 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역을 비교하면 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

양도소득세 신고내역 및 경정내역 비교OOO(나) 쟁점아파트의 등기부등본은 아래 ＜표2＞와 같은데, 이에 의하면 청구인이 2014.7.31. 쟁점아파트의 소유권이전등기를 접수할 당시의 거래가액은 OOO원(쟁점등기가액)으로 기재되어 있다.

＜표2＞

쟁점아파트의 등기부등본OOO

(2) 처분청은 쟁점아파트의 실제 취득가액은 쟁점분양가액(OOO원)이라는 의견으로 다음과 같은 증빙을 제출하였다.(가) 청구인과 쟁점아파트 분양계약을 체결한 A㈜에서 발급한 ‘아파트 분양대금 정산 및 입주대금 납부서’에 의하면 분양대금 납입금액의 합계액은 OOO원인 것으로 나타난다.(나) 처분청은 청구인으로부터 제출받은 분양대금 이체내역을 제시하였는데, 이에 의하면 처분청은 E(처분청의 의견에 따르면 최초 분양자)의 계좌로 계약금 OOO원(총 분양대금의 5%), A㈜의 계좌로 잔금 OOO원 등 총 OOO원(쟁점분양가액은 OOO원임)이 이체된 사실이 나타난다.(다) 청구인의 쟁점아파트에 대한 취득세 납부내역에 의하면 취득세 과세표준액은 OOO원인데, 처분청은 취득세 과세표준에서 제외되는 쟁점아파트 건물분 부가가치세(OOO원)를 OOO원과 합하면 쟁점분양가액과 동일한 OOO원이라는 의견이다.

(3) 국세청에서 2025년 4월 처분청에 통보한 ‘할인분양 취득자 중 취득가액 과다신고 혐의자’에 대한 과세자료의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같은바, 처분청은 점검대상 중 16건은 쟁점아파트와 동일 단지 내의 다른 아파트로, 처분청은 청구인 외의 다른 사람들은 취득가액 경정에 따른 과세처분에 대해 불복을 제기하지 아니하였다는 의견이며, 할인에 대한 약정서는 제시되지 아니하였다.

＜표3＞

국세청이 통보한 과세자료의 주요 내용OOO

(4) 청구인은 2014.7.31. 쟁점아파트의 등기부등본에 기재된 쟁점등기가액(OOO원)이 쟁점아파트의 취득가액이라고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제출하였다.(가) 청구인이 A㈜와 체결한 ‘OOO 아파트 공급계약서’에 의하면 아파트 공급대금이 OOO원으로 기재된 사실이 나타난다.(나) 청구인의 쟁점아파트 취득 등기를 대행한 법무법인 C은 소유권 등기이전 비용 영수증을 청구인에게 발급하였는데, 이에 의하면사건명에 ‘소유권이전 OOO원’(쟁점등기가액)이 기재된 사실이 나타난다.(다) 청구인이 쟁점아파트의 취득과 관련하여 2014.6.27. 인천 경제자유구역청장에게 제출한 부동산거래계약신고필증에 의하면 대상 거래금액이 OOO원(쟁점등기가액)으로 기재되어 있다.(라) 청구인은 법무법인 C의 직원인 D(매니저)의 명함을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「소득세법」제97조 제1항 제1호 단서에서 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액을 취득가액으로 하도록 규정하여 양도한 부동산의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 실지거래가액을 우선 적용하도록 규정하고 있다. 이 건의 경우 처분청이 제시한 청구인의 분양대금 계좌 이체내역에서 쟁점분양가액(OOO원)과 거의 유사한 금액(OOO원)이 분양회사인 A㈜ 등의 계좌로 이체된 사실이 나타나고, A㈜가 발행한 쟁점아파트에 대한 입주대금 납부서상 쟁점아파트의 공급금액 합계액이 쟁점분양가액과 일치하므로 청구인이 쟁점아파트를 취득하면서 실제 분양대금으로 납입한 금액은 쟁점분양가액으로 보이는 점, 국세청이 처분청에 통보한 과세자료에 의하면 쟁점아파트와 동일 단지 내 다른 아파트의 소유자들 16명도 당초의 분양계약금액보다 할인된 금액에 아파트를 취득한 것으로 확인되어 양도소득세가 부과되었음에도 불복을 제기하지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 쟁점아파트에 대한 등기부등본, 소유권 등기이전 영수증 등만으로는 청구인이 쟁점아파트를 취득하기 위해 실제 지출한 금액을 확인할 수 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점아파트의 취득가액으로 쟁점분양가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 앞서 쟁점①에서 살펴본바와 같이 청구인은 분양회사와 계약한 금액보다 더 작은 금액을 분양대금으로 지급함으로써 청구인의 쟁점아파트 취득 등기시 제출된 계약서는 결과적으로 실제 거래대금보다 높은 금액이 기재된 계약서에 해당함에도, 청구인은 양도소득세 신고시 해당 계약서를 근거로 쟁점아파트의 취득가액을 기재하였으므로 양도소득세 과소 신고·납부의 책임은 청구인에게 있는 것으로 보이는 점, 설령 청구인이 법무법인 직원을 신뢰하여 쟁점아파트의 등기부등본에 기재된 가액을 실제 취득금액으로 알았다고 하더라도, 청구인이 분양회사에 분양대금으로 지급한 금액이 얼마인지를 확인하여 쟁점아파트의 취득가액을 적정하게 기재하였어야 하므로 청구인이 법무법인 직원을 신뢰하였다는 사정만으로는 신고·납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 양도소득세 경정시 청구인에게 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법률

(1) 소득세법제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.제97조【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

(2) 국세기본법제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "가산세"(加算稅)란 이 법 및 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다.제6조【천재 등으로 인한 기한의 연장】관할 세무서장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출 또는 통지를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.제47조【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액제47조의4【납부지연가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율제48조【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우제85조의3【장부 등의 비치와 보존】

① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

(3) 지방세법제10조【과세표준】

① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제6조에 따라 검증이 이루어진 취득