청구인이 임대사업자 지위를 승계받았으므로 종전 임대사업자의 임대개시일을 청구인의 임대개시일로 보아 조특법 제97조 ‘장기임대주택에 대한 양도소득세 감면’ 규정을 적용할 수 있는지 여부 등

「조세특례제한법」 제97조 에서 “2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대 후 양도하는 경우”만을 감면요건으로 정하고 있는 것으로 보아 법인사업자가 영위하던 임대사업을 승계받았다고 하여 임대기간도 법인사업자의 임대기간부터 기산하는 것으로 해석하는 것은 특례규정의 엄격해석의 원칙에 반하는 것인 점, 쟁점임대주택이 1999.8.20. 이전부터 주민등록 전입신고가 되어 있음이 ◎◎시의 회신공문, 임대인이 임대아파트로 사용하고 있던 정황, 관련자들의 진에서 확인되므로 쟁점임대주택은 “1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택”에 해당한다고 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.11.20. 주택임대사업자로 사업자등록을 하고, 2001.3.28. OOO건설 주식회사로부터 경상남도 창원시 대방동 OOOOOO임대아파트 90세대를 취득하여 OOO 주식회사(상호 변경전OOO, 이하 “OOO”이라 한다) 등에게 임대하여 오다가, 아래 <표1>과 같이 그 중 16호(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 양도한 후, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제97조 ‘장기임대주택에 대한 양도소득세감면’ 및 제97조의2 ‘신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례’를적용하여 양도소득세 2015년 귀속분 OOO원 및 2016년 귀속분 OOO원의 감면을 신청하였다.

<표1> 쟁점임대주택 명세

번호

신축일자

취득일자

양도일자

동

호수

면적(㎡)

1

1996.6.15.

2001.3.28.

2015.5.22.

2

1906

39.715

2

2015.8.18.

2

1703

3

2015.8.20.

2

1707

4

2015.10.5.

2

2005

5

2015.10.20.

2

1801

6

2015.10.30.

2

1902

7

2015.11.10.

2

1704

8

2015.11.27.

3

1603

9

2015.12.10.

3

1803

10

2015.12.18.

2

1805

11

2016.1.17.

3

1801

12

2016.1.20.

3

1604

13

2016.2.19.

3

1507

14

2016.2.29.

3

1704

15

2016.2.29

2

1808

16

2016.4.29.

3

1605

OOO나. 처분청은 2016년 중 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 쟁점임대주택이조특법 제97조‘장기임대주택에 대한 양도소득세 감면’ 및 제97조의2 ‘신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례’에 따른 양도소득세 감면 대상이 아니라고 보아 2016.11.9. 청구인에게 양도소득세 2015년 귀속분 OOO원 및2016년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점임대주택 취득(임대) 경위는 다음과 같다.OOO기업 주식회사(이하 “OOO기업”이라 한다)는 경상남도 창원시 대방동에 장기임대아파트 834세대(이하 “OOO임대아파트”라 한다)를 1996.6.15. 신축하고, 일부 세대를 창원시 소재 일부 기업의 기숙사로 제공하기 위해 임대계약을 체결하였으나, 1997년IMF 외환위기 전후 기업들의 줄도산과 대규모 감원으로 기업들이임차한 아파트에 대부분 입주하지 못하게 되었고, 성원기업 또한1998.7.15. 부도가 발생하면서 1999.9.17. OOO건설이 OOO임대아파트를인수하였으나, OOO건설 또한 2000년 2월 화의인가 결정되었다.이에 OOO건설은 창원시의 허가를 받아 2001.3.28. OOO에게 임대한 90세대(쟁점임대주택 포함) 및 기타 기업(OOO자동차, OOO)에게 임대한 115세대를 청구인에게 양도하게 되었고, 청구인은 「임대주택법 시행령」(2000.7.22. 대통령령 제16910호로 일부개정된 것) 제9조 제3항에 따라 당초 임대아파트 건설사업자인 OOO건설로부터 임대사업자로서의 모든 지위를 승계받게 된 것이다.

(2) 청구인은 OOO건설로부터 임대사업자의 지위를 승계받았으므로 쟁점임대주택은 “2000.12.31. 이전에 임대 개시”한 것으로 보아조특법 제97조의 감면 규정을 적용하여야 한다.청구인이 비록 쟁점임대주택을 2001.3.28. 취득하여 임대를 개시하기는 하였으나, 1996.6.15. OOO기업(이후 OOO건설이 인수)이 신축한 OOO임대아파트를 부도로 불가피하게 매각할 수밖에 없는 상황에서 청구인은「임대주택법 시행령」 제9조제3항에 따라 OOO건설로부터 임대사업자로서의 모든 지위를 승계받아 쟁점임대주택을 취득하였는바, 임대기간도 승계하는 것으로 보아 OOO기업이 신축하여 임대를 개시한 1996.6.15.을 청구인의 임대개시일로 보는 것이조특법 제97조의 입법취지에 부합한다.

(3) 쟁점임대주택은 1999.8.20. 현재 및 취득 당시 입주한 사실이 없는 주택에 해당하고, 1999.8.20. 이후 취득한 매입임대주택으로 5년 이상 임대하였으므로조특법 제97조의2규정의 양도소득세 면제 요건을 모두 충족한다.조특법 제97조의2‘신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례’에서는 “1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택에 대한 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 있다.청구인은 2000.11.20. 사업자등록을 한 주택임대사업자이고, 쟁점임대주택은 2001.3.28. 청구인이 OOO건설로부터 매입한 것으로 「민간임대주택에 관한 특별법」(구 임대주택법)에 따른 매입임대주택에 해당한다.OOO건설은 1996.6.15. 쟁점임대주택에 대해 소유권보존등기 후 1996년 7월 OOO과 임대차계약을 체결(쟁점임대주택 포함 90세대)한 바 있으나, 당시 금융위기가 시작되고 1997년 IMF사태가 발생하면서 기업들의 줄도산과 대기업의 대규모 종업원 감원으로 대부분 입주되지 않았고 청구인이 매입할 당시에도 미입주 상태에 있었다.처분청은 쟁점임대주택을 포함하여 90세대에 대한 임대보증금을청구인이 승계하였으므로 감면대상이 아니라고 주장하나, OOO건설이청구인에게 양도하기 전 임대 계약한 사실이 있다는 점만으로 이를 쟁점임대주택이 모두 입주된 사실이 없는 주택에 해당하지 아니한다고 간주하는 것은 타당하지 아니하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2000.12.31. 이전에 쟁점임대주택의 임대를 개시하지 아니하였으므로조특법 제97조의 감면 대상에 해당하지 아니한다.2001.3.28. 청구인과 OOO건설은 OOO이 임차인인 쟁점임대주택에 대하여 매매계약을 체결하였는데, 이에 따르면 청구인이 OOO건설로부터 임대사업자로서의 지위를 승계하고 임대인으로서의 제반 의무를 진다는 내용이 확인된다.조특법 제97조는 국민주택을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 감면을 허용하고 있는데, 청구인은 이미 임대주택사업을 하고 있던 OOO건설로부터 2001.3.28. 쟁점임대주택을 매입하여 임대인의 지위를 승계하였고, 임대인의 지위를 승계하였다 하여 임대기간이 승계되는 것은 아니므로 쟁점임대주택은 감면대상에 해당하지 않는다.

(2)쟁점임대주택은 1999.8.20. 현재 및 취득 당시 이미입주한 사실이 있는 주택에 해당하기에조특법 제97조의2에 따른 감면 대상에 해당하지 아니한다. 당시 OOO은 쟁점임대주택뿐만 아니라 창원시 성산구 가음정동 OOO아파트도 사원아파트로 임차하고 있었는데, 처분청이 OOO을 방문하여 확인하였을 때 담당자는 “당시 자료는 없으나 필요한 사원아파트의 수는 정해져 있어 불필요하게 많은 아파트를 임차할 이유도 없고, 애초부터 비워둘 아파트라면 임대차계약을 체결하지도 않았을 것이며, 5년간 쟁점임대주택이 공가 상태였다면 아마 그 전에 해약을 하였을 것”이라고 진술한 바 있다. 또한 처분청이 2000년 당시 OOO 근로자로서 쟁점임대주택에 거주했던 사람들에게 문의한바, “창원시 반송동 OOO주공아파트를 사원아파트로 사용하던 중 OOO주공아파트가 재개발됨에 따라 쟁점임대주택으로 옮겼으며, 쟁점임대주택 일부는 1개호에 몇 명씩 생활하였고, 일부는 가족단위로 거주하여 주민등록을 이전하지 아니하고 거주한 사람이 많았고, 비어 있는 아파트는 없었다”고 진술하였다. 청구인은 쟁점임대주택이 1996년 신축 이후 2001.4.6.까지 공가 상태라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 관리비 및 전기요금 등 증빙서류를 전혀 제출하지 않아 처분청이 OOO과 2001.3.31.에 추가로 계약한 표준임대계약서상 25호에 대해 주민등록 전입세대 확인을 실시한바, 입주사실이 확인되어 그 내용을 청구인에게 알려 주었고 청구인은 이를 인정하여 2016.11.2. 세무조사결정통지에 대해 조기결정을 신청한 사실이 있다.

위와 같이 청구인은 쟁점임대주택이 공가 상태인 것을 전혀 입증하지 못하고 있고, OOO 담당자의 진술 및 당시 쟁점임대주택 입주자의 진술, 주민등록 전입세대 확인을 통해 쟁점임대주택은 공가상태가 아님이 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 임대사업자 지위를 승계받았으므로 종전 임대사업자의 임대개시일을 청구인의 임대개시일로 보아조특법 제97조‘장기임대주택에 대한 양도소득세 감면’ 규정을 적용할 수 있는지 여부

② 청구인이 쟁점임대주택을 매입할 당시 공가 상태이므로조특법 제97조의2‘신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면’을 적용할 수 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택②「소득세법」 제89조제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택나. 제1호 나목에 해당하는 주택

② 신축임대주택에 관하여는 제97조 제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】

① 법 제97조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

(3) 임대주택법(2000.1.12. 법률 제6167호로 일부개정된 것)제12조【임대주택의 매각제한】임대주택은 대통령령이 정하는 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다)이 경과하지 아니하면 이를 매각할 수 없다. 다만, 임대사업자 간의 매매등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 임대주택법 시행령제9조【임대주택의 임대의무기간등】

① 법 제12조 본문에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각호의 기간을 말한다.

1. 공공건설임대주택 중 국가 또는 지방자치단체의 재정으로 건설하는 임대주택 또는 국민주택기금에 의한 자금을 지원받아 영구적인 임대의 목적으로 건설한 임대주택은 당해 임대주택의 임대개시일부터 50년

2. 공공건설임대주택 중 국가 또는 지방자치단체의 재정 및 국민주택기금에 의한 자금을 지원받아 건설되는 임대주택은 임대개시일부터 30년의 범위내에서 임대주택의 규모와 입주대상자 등의 구분에 따라 건설교통부령이 정하는 기간

3. 제1호 및 제2호외의 공공건설임대주택과 민간건설임대주택은 당해 임대주택의 임대개시일부터 5년

4. 매입임대주택은 당해 임대주택의 임대개시일부터 3년

② 법 제12조 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 다른 임대사업자에게 매각하는 경우

2. 임대사업자가 파산하거나 기타 경제적 사정등으로 임대를 계속할 수 없어 다음 각목의 구분에 따른 허가를 받은 경우가. 국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 임대하는 임대주택의 경우에는 건설교통부장관의 허가나. 가목외의 임대주택의 경우에는 당해 임대주택의 소재지를 관할하는 시장·군수 또는 구청장의 허가

3. 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 임대주택으로서 임대개시후 당해 주택의 임대의무기간의 2분의 1(매입임대주택의 경우에는 임대개시후 최초로 체결한 임대차계약기간)이 경과된 경우로서 임대사업자와 임차인(무주택자인 경우에 한한다. 이하 이 호에서 같다)이 당해 임대주택의 매매에 합의하여 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대사업자가 시장·군수 또는 구청장에게 신고한 후 임차인에게 매각하는 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의하여 임대주택을 매각하는 매매계약서에는 임대주택을 매입하는 자가 임대주택을 매각하는 자의 임대사업자로서의 지위를 승계한다는 뜻을 명시하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 2000.11.20. 주택임대사업자로 등록을 하였고,2001.3.28. OOO건설로부터 쟁점임대주택(16세대)을 포함한 OOO임대아파트 90세대를 취득하였는바, 일련의 사실관계는 <표2>와 같다.OOO

(2) 조사청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인은 2016.10.28. 처분청의 ‘세무조사 결과 통지’에 대해2016.11.2. 즉시 결정·고지하여 달라는 취지로 ‘조기결정신청서’를 제출한 사실이 있다.(나) 처분청은 창원시에 1996.1.1.～2001.12.31. 기간 중 OOO임대아파트 주민등록 전출입자 명단 조회를 요청하였고, 창원시의 회신에 따르면 쟁점임대주택 16호 중 1999.8.20. 이전 주민등록전입신고가 되어 있던 주택은 다음 <표3>과 같이 9세대인 것으로 확인된다.

OOO(다) 처분청의 ‘양도소득세 조사종결복명서’에 따르면, 처분청이 확인 방문시 OOO테크윈 담당자는 “당시 자료는 없으나 비워둘 아파트라면 임대차계약을 하지도 않았을 뿐만 아니라, 준공 후 임대차계약을 했더라도 계약 만료 전 해약을 하지 5년간이나 방치하지는 않았을 것”이라고 진술하였다는 내용 및 2000년 당시 OOO테크윈 근로자로서 OOO임대아파트에 거주했던 사람에게 문의한바, “먼저 창원시 반송동 OOO주공아파트를 사원아파트로 임차하였으나 재개발 등으로 OOO임대아파트로 옮겼으며, 필요한 수요만큼 임차하였으므로 비어있는 아파트는 없었고, 1996년 완공 후 바로 임차하여 입주하였으며 임차아파트의 일부는 기숙사로 1개호에 수 명씩 생활하였고, 일부는 사원아파트로 가족단위로 거주하였으며, 주민등록을 이전하지 아니하고 거주한 사람이 많았을 것”이라고 진술하였다는 내용이 기재되어 있다.

(3) 청구인이 제출한 증빙은 다음과 같다.(가) 2001.3.28. 청구인이 OOO건설과 맺은 임대주택매매계약서를 보면 다음과 같이 “OOO건설의 임대사업자로서의 지위를 청구인이 승계한다”는 내용이 기재되어 있다.OOO(나) 2001.3.28. 청구인이 OOO테크윈과 맺은 임대차계약서(90세대)에 임대차기간은 2001.3.28.～2002.3.28., 임대보증금은 OOO원, 월임대료는 OOO원, 임대주택의 입주일은 2001.3.28.로 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대해살피건대,조특법 제97조‘장기임대주택에 대한 양도소득세 감면’규정은 감면대상자를 “대통령령으로 정하는 거주자”로 한정하고 있고 이의 위임을 받은 같은 법 시행령 제97조 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 거주자”를 “임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자”라고 규정하고 있는 이상, 법인은 감면대상자에 해당하지 아니하는 점, “2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대 후 양도하는 경우”만을 감면요건으로 정하고 있을 뿐인 점 등에 비추어 법인사업자가 영위하던 임대사업을 승계받았다고 하여 임대기간도 법인사업자의 임대기간부터 기산하는 것으로 해석하는 것은 특례규정의 엄격해석의 원칙에 반하는 것이어서 인정하기 어렵다고 판단된다.다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 우선 쟁점임대주택 16호 중 9호에 대해서는 1999.8.20. 이전부터 주민등록 전입신고가 되어 있음이 창원시의 회신공문에 의해 확인되므로조특법 제97조의2감면요건인 “매입임대주택 중 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택”에 해당하지 아니하고, 나머지 7호에 대해서도 1996.6.15. 준공 후 OOO테크윈이 계속하여 사원아파트로 임대하고 있던 정황 및 관련자들의 진술에 비추어 볼 때 주민등록 전입신고가 되어 있지 않았다고 해서 “1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택”에 해당한다고 보기는 어려우므로 감면 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.