교회가 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부(기각)

부득이한 사정 또는 정당한 사유로 수용되는 경우에 대하여 별도의 비과세 또는 면제규정을 두고 있지 않으므로 자산이 유상으로 사실상 이전된 경우 양도소득세를 과세한 처분은 타당한 것임

1. 처분개요

가.청구인은 재단법인 OOO(이하 “청구교회”라 한다)로서 2003.10.24. 홍OOO로부터 OOO 대지 598㎡ 및 주택 187.93㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.8.22. OOO에게 협의양도하고 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나.처분청은 청구교회가 주택재개발정비조합으로부터 수령한 협의보상금 1,477,573천원을 양도가액으로 하고, 취득가액을 기준시가 환산가액인 1,204,989천원으로 계상하여 2009.9.3. 청구교회에게 양도소득세 102,027,340원을 결정·고지하였으나, 청구교회가 2009.11.19. 이의신청을 제기하여 쟁점부동산의 실지 취득가액이 1,292,000천원으로 인정됨에 따라 처분청은 2010.1.6. 양도소득세 30,736,794원을 감액하여 71,290,540원으로 경정하였다.

다.청구교회는 이에 불복하여 2010.1.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구교회는 OOO” 산하 교회로,「국세기본법」제13조에 의하여 “법인으로 보는 단체”에 해당하므로 양도소득세 부과대상이 아니다.

(2) 청구교회가 쟁점부동산을 OOO에 양도한 것은 청구교회의 자발적인 의사에 의한 것이 아니고, 서울특별시의 뉴타운 개발사업에 따라 강제적인 수용으로 인하여 부득이하게 양도한 것이므로이 건양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구교회는 대한예수교장로회(대신)총회 유지재단에 소속된 교회로「국세기본법」제13조제1항 제1호의 “주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타단체”에 해당하지 아니하고, 같은 조 같은 항 제2호의 “공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단”으로 볼 수 없으므로, 개인(거주자)으로 보아 양도소득세를 과세함은 정당하다.

(2)「소득세법」제88조제1항에서 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우에는 양도소득세를 과세하는 것이므로 쟁점부동산이 부득이한 사유로 수용되었다고 하더라도 양도소득세를 과세함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구교회가「국세기본법」제13조의 “법인으로 보는 단체”에 해당하는지 여부.

(2) 쟁점부동산이 강제수용되어 양도소득세를 면제할 수 있는지 여부.

나. 관련법령

(1)국세기본법제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법제4조 【소득의 구분】

① 거주자의 소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

3. 양도소득자산의 양도로 인하여 발생하는 소득제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

② 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 청구교회가「국세기본법」제13조의 “법인으로 보는 단체”에 해당하는 지에 대하여 보면, 청구교회는 OOO” 산하의 교회로서「국세기본법」제13조제1항 제1호의 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체’에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 일반적으로 교회는 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하므로 교회를 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니한 점 등을 감안할 때, 청구교회를「국세기본법」제13조제1항 제2호의 ‘공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’으로 볼 수 없다 할 것(OOO, 2007.7.12. 참조)이다.

(2) 또한,「국세기본법」제13조제2항에 의하여 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로의 승인을 받은 경우는 교회를 법인으로 보아 법인세법을 적용할 수 있을 것인데, 청구교회는 쟁점부동산의 양도일 현재 처분청으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받지 아니하여 개인(거주자)으로 봄이 타당하다 할 것이므로, 청구교회가「국세기본법」제13조의 “법인으로 보는 단체”에 해당하여 양도소득세의 과세대상이 아니라는 청구교회의 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

(3) 다음으로, 청구교회는 쟁점부동산을 취득 후 수차례 건축허가 요청을 하였으나, OOO구청장 등이 뉴타운사업으로 인하여 건축을 허가하지 아니하였고, 쟁점부동산을 자발적으로 양도한 것이 아니라 강제로 수용되었으므로 “정당한 사유”에 해당하여 양도소득세를 면제하여야 한다는 주장에 대하여 보면, 「소득세법」제4조제1항 제3호에서 자산의 양도로 인하여 발생한 소득은 거주자의 소득 중 하나로 규정하고 있고, 같은 법 제88조에서 양도소득에 대한 납세의무에 있어 양도의 정의는 “자산이 유상으로 사실상 이전되는 것”으로 규정하고 있으며, 부득이한 사정 또는 정당한 사유로 수용되는 경우에 대하여 별도의 비과세 또는 면제규정을 두고 있지 않으므로 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.