매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인 신청에 대한 거부처분의 당부

청구법인이 쟁점부동산을 실제 매입하였고, 세금계산서 교부시기로부터 3개월 이내에 세무서장에게 거래확인을 신청하는 등 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인 신청을 위한 요건을 갖추었음에도, 청구법인이 세금계산서 교부요구를 하였는지가 불분명하다 하여 매입자발행세금계산서 발행을 거부한 것은 잘못된 것임

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 4가 1-1 외 110필지 일대에서 재래시장 정비를 목적으로 설립된 OOO시장정비사업조합(이하 “OOO정비조합”이라 한다)으로부터, 같은 곳의 OOO하우스스토리 101동 201호, 204호, 304호, 404호, 504호, 604호를 2011.11.30. 매입(이하 “쟁점거래” 및 “쟁점부동산”이라 한다)하였으나, OOO정비조합으로부터 매입세금계산서를 수취하지 못함에 따라 「조세특례제한법」제126조의4 의 규정에 의한 매입자발행세금계산서 발행을 위하여 처분청에 2012.2.28. 거래사실확인을 신청하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산의 공급자인 OOO정비조합 관할 OOO세무서장에게 거래사실확인신청서 및 증빙서류를 송부하였고, OOO세무서장은 2012.3.27. 청구법인 및 처분청에게 거래사실확인 불가통지를 하였으며, 처분청은 2012.3.30. 청구법인에게 거래사실확인 불가통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.7. 심판청구를 제기하였다 .

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OO시장정비사업조합으로부터 아파트 6채를 취득하면서 매입세액공제를 받을 것으로 예상하고 부가가치세가 포함된 가격으로 매입하였고, 사업자의 지위인 법인 명의로 취득한 것으로 공급자에 대한 사업자등록증 제시 및 세금계산서 요구는 당연한 것이므로 매입자발행 세금계산서 발행용 거래사실확인신청에 대한 거래사실확인불가통지는 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO세무서장은 2012.3.15. 청구법인 및 공급자 양쪽 거래당사자에 대하여 사업자등록증 제시 및 세금계산서 발급 요구관련 객관적 증빙자료(세금계산서 발급요청 내용증명 공문 등)를 요청하는 공문을 발송한 바, 공급자측은 세금계산서 발급을 요청받은 사실이 없는 것으로 회신하였고, 청구법인은 당시 아무런 회신이 없었으며, 본 심판청구시 제출한 시공사 OOO 과장 정OOO 및 모델하우스 분양직원 문OOO의 확인서는 심판청구를 위해 임의작성이 가능한 문서로 사업자등록증 제시 및 세금계산서 발급 요구와 관련한 객관적 증빙으로 볼 수 없다. 또한, 「조세특례제한법 시행령」 제121조의4 제7항에 의하면 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 청구법인에게 있는 것으로 규정되어 있는 바, 사업자등록증 제시 및 세금계산서 발급 요구와 관련한 객관적 증빙자료는 청구법인이 제출하여야 하지만 청구법인은 본 심판청구에서도 제출하지 못하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인의 신청에 대한 거부처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 시행령 제79조의2 【영수증】

① 일반과세자중 다음 각 호의 사업을 하는 사업자와 법 제25조에 규정하는 사업자는 법 제32조 제1항에 따라 영수증을 발급하여야 한다.

1. 소매업

2. 음식점업(다과점업을 포함한다)

3. 숙박업

4. 미용, 욕탕 및 유사서비스업

5. 여객운송업

6. 입장권을 발행하여 영위하는 사업

7. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업 으로서 기획재정부령이 정하는 것

③ 일반과세자 중 제1항 제1호부터 제3호까지ㆍ제5호(「여객자동차 운수 사업법 시행령」 제3조 에 따른 전세버스운송사업에 한정한다)ㆍ제6호의2ㆍ제6호의3ㆍ제6호의7 및 제7호와 제2항의 경우에 공급을 받는 사업자가 사업자등록증을 제시하고 법 제16조에 따른 세금계산서의 발급을 요구하는 때에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

(2) 부가가치세법 시행규칙 제25조의2 【영수증을 발급하는 사업의 범위】 영 제79조의2 제1항 제7호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 도정업, 제분업중 떡방아간

2. 양복점업ㆍ양장점업ㆍ양화점업

3. 주거용 건물공급업 (주거용 건물을 자영건설하는 경우를 포함한다)

4. 운수업 및 주차장운영업

5. 부동산중개업

6. 사회서비스업 및 개인서비스업

7. 가사서비스업

(3) 조세특례제한법 제126조의4 【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】

① 「부가가치세법」 제16조 에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조 에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행 할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제17조 제1항 및 제26조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 조세특례제한법 시행령 제121조의4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 「부가가치세법」 제16조 에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실 여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011.10.19. OOO정비조합과 쟁점부동산을 OOO원(부가가치세 포함)에 매매하는 계약을 체결하고, 2011.11.30. 잔금 O,OOO,OOOO원(부가가치세 포함)을 지급한 후, 잔금청산일인 2011.11.30. 에 소유권이전등기를 접수하였고, 청구법인은 2012.2.28. 처분청에 매입자발행세금계산서 발행용 거래사실확인신청서를 제출하였는바, 주요 사실관계는 아래와 같다. (가) 쟁점부동산의 등기부등본에는 청구법인이 OOO정비조합과 2011.10.19. 매매를 원인으로, 2011.11.30. 소유권이전등기가 완료된 것으로 나타난다. (나) 매매계약서의 매도인(갑)은 OOO정비조합, 매수인(을)은 청구법인, 시공회사(병)는 OOO주식회사로 되어 있고, 제18조(병의 지위)에는 OOO주식회사가 분양관리(분양계약, 분양권전매, 분양금 수납, 계약해제 통보 등) 및 입주관리를 “갑”을 대리하여 수행하는 것으로 되어 있으며, “병”이 “을”에게 행한 모든 행위 또는 “을”이 “병”에게 행한 모든 행위는 “갑”이 “을”에게 또는 “을”이 “갑”에게 직접 행한 행위로 본다고 되어 있다. (다) OOO세무서장은 2012.3.15. 공문으로 청구법인에게 2012.3.21.까지 쟁점부동산의 취득과 관련하여 공급자측에 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 발급을 요구한 객관적 증빙자료(예시 : 세금계산서 발급요청 내용증명 공문 등)를 요구하였다. (라) OOO세무서장의 매입자발행세금계산서 관련 거래사실확인 검토보고서의 주요내용은 다음과 같다.

1) OOO정비조합이 2011년 제2기 부가가치세 확정신고시 청구법인에게 쟁점부동산을 포함한 총 7개 호수의 일반분양분 주택을 공급하고 기타 매출과세표준을 OOO원으로 신고하였는바, 주거용 건물공급업은 「부가가치세법 시행령」 제79의2 제1항 제7호, 「부가가치세법 시행규칙」 제25조의2 제3호에 의거 영수증을 발급하는 사업에 해당되어 기타매출신고 정당하다.

2) 영수증을 발급하는 사업자가 세금계산서를 발급하는 경우는 「부가가치세법 시행령」 제79조의2 제3항에 의거 “공급을 받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 발급을 요구하는 때”로, OOO정비조합 및 청구법인에 대하여 모두 사업자등록증 제시 및 세금계산서 발급 요구와 관련한 증빙자료 요청을 하였으나, 모두 회신이 없어 이에 대한 확인이 불가능하다.

3) OOO정비조합이 주거용 건물분에 대하여 기타매출신고한 내용은 정당하나, 매입자인 청구법인이 사업자등록증을 제시하고 세금계산서 발급을 요구하였는지에 대한 확인은 불가능하다. (마) OOO세무서장은 2012.3.30. 청구법인에게 ‘매입자가 영수증발급 사업자인 공급자에 대하여 사업자등록증 제시 및 세금계산서 발급을 요청하였는지에 대한 사실확인 불가’로 통지(재산법인세과-1748호)하였다.

(2) 청구법인은 최초 매매계약서 작성시 매도자인 OOO정비조합으로부터 분양을 위임받은 OOO주식회사(계약담당자 정OOO 과장)와 매매계약을 체결하면서 사업자등록증을 제시하고 세금계산서 발행을 요구하였으나, OOO정비조합과 OOO주식회사 모두 발행해 주지 않았다고 주장하면서 정OOO의 확인서 및 명함, 문OOO의 확인서 등을 제시하였다. (가) OOO주식회사의 직원 정OOO의 2012.3.20.자 확인서에는, 청구법인이 계약체결시 사업자등록증을 제시하고 세금계산서를 발행하여 줄 것을 요구하였고, 이에 따라 매매대금에 부가가치세를 포함하여 계약하였다고 기재되어 있다. (나) 모델하우스 분양직원 문OOO의 확인서는, 2012.3.20.자 작성된 것으로 청구법인이 사업자등록증을 제시하면서 세금계산서 발행을 요구하는 사실을 목격한 바 있다고 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 최초 거래시 사업자등록증 제시 및 세금계산서 발급 요구와 관련한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하므로 거래사실확인불가통지를 한 처분에 잘못이 없다는 의견이나, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조 에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있도록 「조세특례제한법」 제126조의4 에서 규정하고 있고, 신청인이 보정요구에 응하지 아니하거나 신청기간을 넘긴 것이 명백한 때 및 거래당시 미등록사업자 등과 거래한 경우에는 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 할 수 있도록 「조세특례제한법 시행령」 제121조의4 제5항에서 규정하고 있는 바, 쟁점부동산의 등기부등본 및 매매계약서 등에 의해 청구법인이 쟁점부동산을 매입한 사실이 나타나고, OOO세무서장의 거래사실확인 검토보고서에도 OOO정비조합이 주거용 건물분에 대하여 기타매출로 신고한 내용이 정당하다고 인정하고 있을 뿐만 아니라 OOO정비조합이 쟁점부동산의 양도에 따른 부가가치세를 신고한 사실이 확인되는 이 건의 경우, 비록 처분청의 의견처럼 최초 거래시 청구법인이 OOO정비조합에게 세금계산서 발급을 요청하였는지 여부가 불분명하고, 최초 거래시 청구법인이 세금계산서 발급을 요청하지 아니하여 「부가가치세법 시행령」 제79조의2 의 규정에 따른 영수증 발행사업자인 OOO정비조합이 청구법인에게 세금계산서를 발급하지 아니한 것 으로 본다할지라도, 청구법인은 「조세특례제한법 시행령」 제121조의4 제2항에 근거하여 쟁점부동산의 세금계산서 교부시기인 2011.11.30.부터 3개월 이내인 2012.2.28.에 처분청에 거래사실확인을 신청하였고,

쟁점부동산을 실제로 매입한 사실이 관련 자료에 의하여 객관적으로 확인되어 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있는 법적 요건을 충족함에도 불구하고, 거래사실 확인불가로 통지한 처분은 관련 법령에 부합하지 아니하는 부당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.