청구법인이 쟁점소득세를 납부한 것은 실질적인 급여의 추가 지급에 해당하므로 그 납부금액이 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 당초 세무조사에서 쟁점계상액이 급여 성격인 것으로 조사됨에 따라 사후적으로 쟁점소득세를 부담하게 된 것일 뿐 청구법인과 직원 간 근로제공 전에 쟁점소득세를 근로소득으로 지급한다는 사전약정이 있었던 것도 아니라고 할 것이므로, 쟁점소득세 부담이 직원의 실급여 보전목적의 근로소득으로 「법인세법」상 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 1990.3.26. 설립되어 OOO에 본점을 둔 엔지니어링 설계업체로, 도로, 도시계획입안, 시공감리, 교통 및 환경영향평가, 토목사업 등을 영위하고 있다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011.12.27.부터 2012.4.10.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합조사 및 주식변동조사를 실시한 결과 청구법인이 직원들의 출장비로 계상한 OOO원이 출장비가 아닌 급여성 경비에 해당한다고 보아 이를 근로소득으로 하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 청구법인에게 2006년 ～ 2011년 원천세 OOO원(이하 “이 건 원천세”라 한다)을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이 건 원천세를 납부한 후 이를 급여로 처리하고 별도로 직원들에게 구상하지 아니하였으며, 2012사업연도 법인세 신고시 이 건 원천세 OOO원 중 대표이사 및 임원분 소득세 납부액 OOO원, 기타소득 OOO원 합계 OOO원에 대해서는 손금불산입 세무조정을 하였으나, 재직 직원분 소득세 납부액 OOO원, 퇴사자분 소득세 납부액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점소득세”라 한다)에 대해서는 세무조정 없이 손금처리하여 법인세 신고를 하였다. 또한, 재직 직원분 소득세 납부액 OOO원에 대해서는 2012년 귀속 연말정산시 인정상여 처리를 통해 원천징수를 하였고, 퇴사자분 소득세 납부액 OOO원에 대해서는 인정상여 처리를 할 수 없어 원천징수하지 아니하였다.

라. 조사청은 2016.7.19.부터 2016.9.23.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과 쟁점소득세는 원천징수의무자가 원천징수세액을 징수하지 아니하고 대신 납부한 원천징수세액으로서 「법인세법 기본통칙」 21-0...1 제2호에 따라 손금불산입 대상에 해당하는 것으로 보아 그 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 조사청의 통보에 따라 2016.10.7. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 직원이 부담해야 할 소득세를 청구법인이 대납한 것으로 보아 쟁점소득세의 손금 인정을 부인하였으나, 청구법인이 직원들에게 지급한 출장비는 직원들이 현장조사 등을 수행하면서 사용한 것으로 통상적인 출장비를 감안한 사내 출장비 지급규정에 따라 지급을 하였던 것이고 단지 과세관청의 기준에서 출장비로 인정받을 수 있는 증빙을 갖추지 못함에 따라 급여로 처리된 것일 뿐이다. 따라서, 청구법인이 직원들의 소득세를 부담한 것은 실질과세원칙에 의할 때 소득세를 대납한 것이 아니라 직원들의 급여를 보전하기 위하여 청구법인이 추가로 지급한 급여로 보아야 한다. 그리고, 「법인세법 시행령」 제43조 제2항에 의하면 임원의 경우에는 급여지급기준을 초과하여 지급하는 상여금은 손금으로 인정되지 아니하지만, 임원이 아닌 사용인의 경우에는 이익처분에 의하여 지급하는 상여금, 지배주주 등인 사용인에게 정당한 사유 없이 과다 지급한 보수를 제외하고는 전액 손금에 산입되는 것이므로, 직원에게 근로제공에 대한 대가로 지급한 금원은 회사에 구체적인 지급 규정이 없더라도 손금으로 인정되는 것이며, 회사가 부담한 소득세 상당액 역시 직원에 대한 근로의 대가로 지급된 것이 명확한 이상 손금부인될 수 없다.

(2) 처분청은 「법인세법 기본통칙」 21-0...1 제2호에서 “원천징수의무자가 원천징수액을 징수하지 아니하고 대신 납부한 경우”에는 손금에 산입할 수 없다는 규정을 들어 이 건 과세처분을 하였으나, 이는 법률상 납세의무 없는 자가 비용을 부담하는 경우 이는 업무와 관련이 없는 지출로서 손금 대상이 아니라는 일반적이고 통상적인 규정이고, 청구법인의 경우와 같이 근로제공의 대가로 지급된 소득세 납부액의 경우는 적용될 수 없다. 즉, 원칙적으로 납세의무가 없는 원천징수세액의 대납은 손금불산입이지만, 원천징수세액 지급의 성격이 실질적인 급여의 추가 지급이라고 한다면 이는 손금산입대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 직원들의 소득세(쟁점소득세) 납부를 부담한 것은 원천징수의무자가 원천징수세액을 징수하지 아니하고 대신 납부한 원천징수세액으로서 「법인세법 기본통칙」 21-0...1 제2호에 따라 손금불산입 대상에 해당한다.

(2) 청구법인은 출장비로 계상한 금액이 민원 해결 등 회사 업무를 위해 사용되었고 직원 개인적으로 사용한 것이 아니라고 주장하나, 2012년 세무조사 시 청구법인은 출장비로 계상한 금액에 대하여 ‘증빙 없이 사규에 따라 일당 및 숙박비를 수당 형식으로 지급한 사실이 있음’을 확인하였고, 개별 근로자에 대하여 근로소득세를 과세하는 것에 대하여 이견이 존재하지 아니하였으며, 이와 같이 해당 출장비가 실비변상적 성격이 아닌 것으로 드러났기 때문에 근로소득으로 과세한 것으로 이는 명목상으로는 출장비이나 실제로는 직원에 대한 추가 수당에 해당한다. 따라서, 해당 출장비가 실비변상 성격이라는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(3) 결국, 쟁점소득세는 청구법인 직원들의 소득세 징수액이 발생하여 청구법인이 이를 대납한 것에 불과하므로 쟁점소득세가 인건비에 해당한다는 청구주장은 타당하지 아니하며, 소득세 납세의무자는 근로소득자이고 법인은 납세의무자가 아니므로 법인이 소득세를 대납하는 것은 명백히 법인의 손금에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점소득세를 납부한 것은 실질적인 급여의 추가 지급에 해당하므로 그 납부금액이 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 주식회사 OOO에 대한 2012년 세무조사 총괄조사서에 의하면 조사청은 청구법인의 관계회사인 주식회사 OOO에 대하여 2011.12.27.부터 2012.4.10.까지 법인제세 통합조사 및 주식변동조사(조사범위 2006.1. ～ 2010.12.)를 실시하면서 청구법인도 관련법인으로 함께 조사를 하였는바, 조사청은 청구법인이 현장조사 등 명목으로 출장비를 지급하면서 출장기간 발생비용 중 일당 및 숙박비는 사규에 따라 산정된 지급기준에 따라 지급하면서 관련 증빙(영수증) 없이 비용계상하였다고 하면서, 이를 법인 업무와 관련된 비용으로 인정하되 증빙없이 사규에 따라 지급한 것이므로 출장 종업원(귀속자)에 대한 유사 근로소득으로 과세하는 내용으로 조사종결하였다.

(2) 처분청이 제출한 2011～2012년 세무조사시 청구법인 명의의 확인서(2012.3.20.)에는 청구법인이 직원의 업무관련 출장비 중 증빙 없이 사규에 따라 일당 및 숙박비를 아래 <표1>과 같이 수당 형식으로 지급한 사실이 있음을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점소득세를 부담한 것이 직원의 실급여 보전 목적이므로 이는 직원들에게 추가로 지급한 근로소득에 해당하여 「법인세법」상 손금에 해당한다고 주장하나, 2012년 청구법인에 대한 조사청의 세무조사 당시 청구법인은 쟁점계상액이 직원들에게 일당, 숙박비, 교통비, 식비 등으로 지급한 금액이라는 점을 입증할 객관적인 증빙을 제출하지 못하였고, 이에 조사청이 쟁점계상액의 경우 일정 금액을 정액으로 지급한 것으로서 급여성 수당에 해당한다고 보아 「법인세법」상 손금으로 인정하면서 원천세를 과세하는 것에 대하여 청구법인 역시 불복 제기 등 이의가 없었던 점, 청구법인의 출장비 지급규정은 단지 출장비 지급 기준을 정한 것일 뿐 그 자체로 쟁점계상액이 출장비로 지급되었다는 점을 입증하는 것은 아닌 점 등으로 보아 쟁점계상액이 실비변상 성격의 금액에 해당한다고 보기 어려운바, 결국 청구법인은 당초 세무조사에서 쟁점계상액이 급여 성격인 것으로 조사됨에 따라 사후적으로 쟁점소득세를 부담하게 된 것일 뿐 청구법인과 직원 간 근로제공 전에 쟁점소득세를 근로소득으로 지급한다는 사전 약정이 있었던 것도 아니라고 할 것이므로, 쟁점소득세 부담이 직원의 실급여 보전 목적의 근로소득으로서 「법인세법」상 손금으로 인정되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.