비거주자에게도 1세대 1주택에 따른 장기보유특별공제(표2)를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

소득세법§95ㆍ②ㆍ단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대’ 1주택‘에 해당하는 경우에 표2의 장기보유특별공제율을 적용하도록 규정하고, 대통령령은 ‘1세대’를 거주자 및 그 배우자가 함께 구성하는 1세대로 규정하고 있으므로, 비거주자에게는 표2의 장기보유특별공제율을 적용하기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 비거주자로 1992.12.17. 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOO OOO-OOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다 2009.6.22. 양도한 후 장기보유특별공제율 100분의 30을 적용하여양도차익을 산정하여 2009.6.23. 처분청에게 2009년 귀속 양도소득세OO,OOO,OOO원을 예정신고·납부하였다가, 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율의 특례가 적용된다는 대법원 판결(2009두21147,2011.7.14.)이 선고됨에 따라, 청구인은 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 100분의 80을 적용하여 이미 신고·납부한 양도소득세 가운데 OOO원 상당액을 환급하여야 한다는 취지로 2011.1.2. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 비거주자의 경우「소득세법」제95조제2항 단서에서규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율(100분의 80)을 적용할수 없다 하여 2012.1.27. 경정거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

구「소득세법 시행령」(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제159조의2에서 ‘1세대’에 관하여 명시적으로 정의하고 있지 아니하므로 같은 영 제154조의 ‘1세대’ 개념과 동일하게 볼수는 없고, 구「소득세법」(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의것) 제121조 제2항에서 비거주자도 “거주자와 동일한 방법으로 과세한다.”고 규정하고 있으므로 같은 법 제95조 제2항 제3호의 단서규정은 비거주자에게도 마찬가지로 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행령」제154조제1항 및 제159조의2에 “1세대 1주택 ”에 있어서 ‘1세대’라 함은 거주자를 의미하는 것이고, 이는「소득세법」제95조 제2항「표」외의 부분 단서를 적용하지 아니하도록 규정한같은 법 제121조 제2항의 개정취지(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것)가 거주자의 주거생활 안정을 위하여 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니하는 사실을 보다 명확하게 하고자 함에 있으므로 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점비거주자에게도「소득세법」제95조제2항 단서에서 규정한 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부(2009.12.31. 이전 양도)

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택의 양도와 관련한 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표>와 같다.OOOOOOOOO OO O OOOO OO

(2) 2009.12.31. 법률 제9897호로 일부 개정되기 전의「소득세법」 제121조제2항에서는 국내에 소재한 토지, 건물 등의 양도소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정하고 있다가, 비거주자에게 과세할 경우에는 1세대1주택 비과세와「소득세법」 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니하는 것으로 2009.12.31. 법령을 일부 개정하였고, 개정 부칙 제1조와 제2조에서 2010.1.1.후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으며, 기획재정부에서 발간한 “2009 간추린 개정세법”에 의하면, 비거주자에 대하여는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제를 배제하고, 최대 30%의 일반 장기보유특별공제만 허용하도록 2010.2.18.「소득세법 시행령」제180조의2를 신설한 이유에 대하여 “기획재정부의 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 1세대1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여, 비거주자에게는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화하기 위한 것”으로 나타난다.

(3)「소득세법」제95조제1항에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 「표1」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하면서 단서에서 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 「표2」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의2에서는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 규정하고 있다

(4) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 「소득세법」의 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이는 점,「소득세법」 제95조제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”에 해당하는 경우 「표2」의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였다 하더라도 양도당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은「소득세법」 제95조제2항 단서 규정상 1세대1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문 「표1」의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서1340, 2012.6.22. 등 다수 참고).

따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대해「소득세법」제95조제2항 단서에 따른 「표2」의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.