종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은1999.6.17. OOO동 800-4 OOO연립 가동 104호(이하 ‘종전주택’이라 함)를 취득하여 보유하다 종전주택이 재건축됨에 따라 2003.6.30. 사용·승인된 같은 곳 OOO2차아파트 201동 705호(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하였다가, 2007.12.7. 신축주택을 양도한 후 양도소득세 신고 시「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 감면대상으로 하여 신고하였다.

나. 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 세액에 대한 감면을 배제하고 2013.4.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

신축주택 취득에 대한 양도소득세 감면과 관련된「조세특례제한법」(이하 “조특법”이란 한다) 제99조의3 부칙 제29조 제2항은 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 같은 법 같은 조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있는 바, 신축주택의 경우 개정규정에 불구하고 종전의「조특법」규정에 해당되고, 고급주택에도 해당되지 아니하므로 비과세되어야하고, 5년 간 발생된 양도소득금액 계산에 관한 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 보더라도 신축주택 취득자의 양도소득세 감면대상은 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전액이다.

나. 처분청 의견

「조특법」제99조의3의 규정에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은신축주택의 취득일로부터 5년이되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이동 규정의 과세특례대상에 포함되는것으로 보기 어려우며전체문언을 고려할 때“신축주택을 취득하여 5년이내에양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을취득한 때로부터 신축 주택을 양도한때까지 전 기간에 발생한 소득으로확대해석할 수 없다.또한,「소득세법」제89조제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제156조의 규정에 따라 2003.1.1. 기준으로 면적기준은 없어지고 가액으로 고가주택여부를 실거래가액 6억원으로 규정하고 있어 비과세 양도소득 6억원 초과분은 비과세에서 제외되므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조특법」제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상 소득인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)「조특법 시행령」제99조의3제2항에서 ‘법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.

(2) 심리자료를 보면, 청구인은 1999.6.17. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업의 시행으로 2003.6.30. 신축주택을 취득하여 보유하다가 2007.12.7. 이를 OOO만원에 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익OOO을 계산하면서 종전주택 취득일부터 신축주택 신축 후 양도일까지의 양도소득금액OOO에 대하여 감면이 적용되는 것으로 하고 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세를 신고·납부(농어촌특별세 OOO만원 납부)한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지 양도소득금액OOO에 대하여는 감면을 배제하고, 신축주택 취득일로부터 양도일까지의 기간에 대한 양도차익만 감면대상 세액(O,OOOOO)에 해당하는 것으로 보아 이 건 경정·고지한 것으로 나타난다.

(4) 신축주택에 대한 청구인의 양도소득세 신고와 처분청의 경정내용을 비교하면 아래 <표>와 같다.OOOOOOOOO OOOO OOOOO OOO OOO OO OO(OO : OO)

(5) 살피건대,청구인은 신축주택이 고급주택에 해당하지 않으므로 비과세되어야 한다고 주장하나,「소득세법」제89조제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제156조를 보면, 고가주택여부를 2003.1.1.기준으로 면적기준은 없어지고 가액기준으로 실지거래가액 6억원을 기준으로 판단하고 있고, 이 건의 경우 6억원 초과분에 대하여 과세한 점,「조특법」제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모하는데 그 입법취지가 있었던 점, 같은 조 제1항에 따르면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조특법」제99조의3규정에 따른 감면대상 소득에 해당하지 아니하므로, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013서178, 2013.2.22. 등 다수 같은 뜻임).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.