장기보유특별공제율을 30%로 적용하여야 하는지 여부(경정)

장기보유특별공제율을 10%로 적용한 것은 보유기간 계산착오에 의한 것으로 청구인의 주장과 같이 장기보유특별공제율을 30%로 적용하는 것이 타당함.

1. 처분개요

가. 청구인은

○○○

답 186㎡ 및 465-8 답 53㎡(이하 “쟁점토지”라 함)를 1993.3.6. 형제들과 공동으로 상속(청구인 지분 3/18)받아 2년 이상 거주한 1세대 1주택 해당자로, 2009.6.30. 쟁점토지를 제외한 주택과 부수토지를 13억원(청구인 지분 216,666,667원)에 양도한 후 9억원 초과분에 대하여 2009.7.11. 2009년 귀속 양도소득세 453,110원을 신고·납부하였다.

나. 그 후 청구인은 쟁점토지가 2009.12.24.

○○○

에 수용되자 2010.1.6. 쟁점토지를 1세대 1주택의 부수토지로 보고 청구인 지분에 대한 양도소득세 234,900원을 추가 신고·납부하였다.

다. 처분청은 쟁점토지에 대한 양도를 일반토지의 양도로 보고 2010.4.14. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 2,024,490원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

주택의 부수토지로 사용되던 쟁점토지는 주택양도 전에 수용대상으로 고시되어 있어서 주택과 함께 양도하지 못한 것으로 주택의 양도시기와 쟁점토지의 수용시기의 선후관계에 따라 1세대1주택 적용을 달리 하는 것은 ‘세법의 해석적용에 있어서 과세의 형평과 당해조항의 합목적성에 비추어 보아 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다’는 세법해석 기준에 부합하지 않으므로 쟁점토지를 1세대1주택의 부속토지로 보고 장기보유특별세액공제율 80%를 적용하여야 한다.설사, 쟁점토지를 1세대1주택자의 부수토지로 보지 않더라도 쟁점주택은 1993.3.6. 상속으로 취득하여 2009.12.24. 양도하기까지 10년 이상을 보유하였으므로 장기보유특별공제율 30%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은「소득세법시행규칙」제72조제2항에 근거하여 사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지가 협의매수, 수용된 경우 수용일로부터 2년 이내에 그 잔존 주택을 양도할 때의 비과세를 주장하나, 이 건의 경우 토지수용이 주택양도 이후에 이루어져서 해당 법령을 적용할 여지가 없다. 다만, 장기보유특별공제율을 10%로 적용한 것은 보유기간 계산착오에 의한 것으로 청구인의 주장과 같이 장기보유특별공제율을 30%로 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점1세대 1주택 양도 후 남은 잔여부수토지가 수용된 경우 잔여토지를 1세대 1주택에 부수된 토지로 볼 수 있는지와 장기보유특별공제율을 30%로 적용하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1)소득세법 제89조【비과세양도소득】①다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.1.~

2. (생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 주택부수토지 라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 양도가액 이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 양도차익 이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 장기보유 특별공제액 이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○○○

(2)소득세법시행령 제154조【1세대1주택의 범위】①법 제89조제1항제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 1세대 라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것

○○○

을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. (생략)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우나.~다. (생략)

3. (생략)제155조【1세대1주택의 특례】①국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(3)소득세법시행규칙 제72조【1세대1주택의 특례】②영 제154조제1항의 규정을 적용함에 있어서 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조제3호에 규정하는 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료 등에 의하면, 청구인은 1993.3.6.

○○○

으로부터 상속 취득하여 위 단층주택에서 1992.12.12.부터 1996.6.20.까지 3년 6개월 동안, 2007.8.30.부터 2009.5.8.까지 1년 9개월 동안 거주하다가, 단층주택과 그 부수토지 465 대지 265㎡, 465-5 답 186㎡은 2009.3.16. 유

○○○

외 1인에게 양도하였고, 쟁점토지는 주택의 담장안쪽에 위치한 부수토지로 사용되어 왔으며, 2005.5.30. 도시계획시설(도로) 예정부지로 고시되었다가 단층주택과 부수토지가 양도된 이후인 2009.12.23.

○○○

에 수용된 것으로 나타난다.

(2)「소득세법시행규칙」제72조제2항의 규정에 의하면, 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며, 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택은 1세대 1주택 규정을 적용하도록 하고 있으며,「소득세법」제95조제2항 표1은 10년 이상 보유한 토지의 장기보유특별공제율을 30%로 규정하고 있다

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점토지 를 1세대 1주택의 부수토지로 보아야 한다고 주장하나, 토지가 주택의 부수토지로서 1세대 1주택을 적용받기 위해서는 원칙적으로 주택과 함께 양도되어야 하고 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우(지분으로 양도하는 경우를 포함)에 그 양도하는 부분의 토지는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하는 것이며,「소득세법시행규칙」제72조제2항 후단에서 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등에 의하여 수용되는 경우 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지에 대해서는 1세대 1주택의 부수된 토지로 보는 것이나, 이 건과 같이 주택의 양도 또는 수용이 없이 쟁점토지만 수용되는 경우에는 동 규정이 적용되지 않는다고 보여진다.다만, 청구인은 쟁점토지를 10년 이상 보유하였는바,「소득세법」제95조제2항 표1에서 10년 이상 보유한 토지의 장기보유특별공제율은 30%를 적용하도록 규정하고 있는데도, 처분청이 장기보유특별공제율을 10%로 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.