청구법인이 2015사업연도에 구 「법인세법 시행령」제17조의2 제1항 단서규정에 따라 지주회사에 해당되는지 여부

청구법인은 2015년 5월 중 지주회사 전환신고 사유가 발생하였고, 사업연도 종료일인 2015.12.31.을 자산총액 산정 기준일로 적용하여 이로부터 4개월 이내이면서 2015사업연도 법인세 신고기한 이전인 2016.3.30.에 지주회사 전환신고를 하였으므로 「법인세법 시행령」제17조의2 제1항 단서규정에 따라 2015사업연도에「법인세법」상 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사로 간주되는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점배당금에 대해 지주회사 수입배당금 익금불산입 규정의 적용을 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부하거나 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015년 5월 자회사 주식을 추가 취득하여「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다) 제2조 제1의2호 및 같은 법 시행령 제2조의 지주회사 요건을 충족하였고,공정거래법 제8조및 같은 법 시행령 제15조 제1항 제4호 규정에 따라 자산총액 산정기준일을 2015사업연도 종료일로 하여 2016.3.30. 공정거래위원회에 지주회사 전환신고를 하였다.

나. 청구법인은 2015사업연도에「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서규정에 따라 지주회사에 해당되는 것으로 보아 2015년 중 자회사들로부터 지급받은 배당금(이하 “쟁점배당금”이라 한다)에 대해「법인세법」제18조의2제1항 등의 지주회사에 대한 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여 각 사업연도 소득금액을 계산하는 한편, 2015사업연도 미환류소득에 대한 법인세(이하 “미환류법인세”라 한다) 산출시 과세대상 소득에 쟁점배당금 중 지주회사 수입배당금 익금불산입금액을 가산하여 2015사업연도 법인세를 신고납부하였다.

다. 이후 청구법인은 2015사업연도 미환류법인세 산출을 위한 과세대상 소득 계산시 쟁점배당금에 대한 지주회사 수입배당금 익금불산입금액은 가산항목이 아닌데도 이를 가산하였다는 이유로 2019.3.20. 기 납부한 2015사업연도 법인세 일부의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.8.22. 이를 거부(이하 “제1처분”이라 한다)한 후 청구법인이 2015사업연도에「법인세법 시행령」제17조의2제1항 규정의 지주회사에 해당되지 않는 것으로 보아(2016.1.1. 지주회사로 전환) 2019.10.10. 쟁점배당금에 대해 지주회사가 아닌 일반회사의 수입배당금 익금불산입률을 적용, 익금불산입 금액을 재산정하여 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(이하 “제2처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 제1처분 및 제2처분에 불복하여 2019.11.15. 및 2019.12.10. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2015사업연도에「법인세법 시행령」제17조의2단서규정에 따라 지주회사에 해당된다.(가)「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서에서 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다고 규정하고 있다.(나) 따라서「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서규정에 따라 지주회사로 간주되기 위해 충족하여야 할 요건은

① 2015년 자회사 주식의 추가 취득으로공정거래법 제2조제1호의2 및 같은 법 시행령 제2조에 따른 지주회사의 요건을 충족하여야 하고,

② 지주회사로의 전환 신고의무를 2015사업연도 법인세 과세표준 신고기한에 앞서 이행하여야 할 것인데, 청구법인은 2015년 자회사 주식의 추가 취득으로공정거래법 제2조제1호의2 및 같은 법 시행령 제2조에 따른 지주회사 요건을 충족하였고, 2015사업연도 법인세 과세표준 신고기한 이전인 2016.3.30. 공정거래위원회에 지주회사로의 전환신고를 이행하였으므로 청구법인은 동 단서규정에 따라 2015사업연도에 지주회사로 간주된다 할 것이다.

(2) 지주회사의 성립 여부는 그 실질에 따르며, 신고 유무는 실질과 무관한 것으로 청구법인은 2015사업연도 중 지주회사 요건을 충족하여 지주회사로 전환되었고, 다만 신고기한이 도래하지 않은 법인에 해당된다.(가) 공정거래법상 지주회사의 전환신고는 형식적인 지주회사 등록요건에 불과하고, 지주회사인지 여부는 요건을 충족하였는지 여부에 따라 결정되는 것으로 “지주회사가 된 자의 신고는 공정거래위원회가 지주회사에게 부과한 각종 행위제한 의무의 이행 여부를 효과적으로 감시.감독하기 위하여 부과하는 신고일 뿐이며, 지주회사의 설립.전환을 위한 창설적 의미의 신고가 아니라 이미 성립한 지주회사의 관련 정보를 제공하는 보고적 의미의 행위”라는 취지의 법제처 행정해석OOO도 동일한 취지이다.(나) 공정거래위원회의 지주회사 관련 해석지침OOO

3. 지주회사의 행위제한규정 적용시점 다목에서 “지주회사의 행위제한규정 적용시점은 법에서 정한 지주회사의 각종 행위제한 의무의 발생일을 정하는 것에 불과하며 다른 법령에 의한 지주회사의 권리.의무 발생시점을 정한 것은 아니다”라고 정하고 있다.(다) 따라서 청구법인은 2015사업연도부터「법인세법」상 지주회사에 해당된다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2015사업연도 종료일에「법인세법」상 지주회사에 해당되지 않는다.(가)「법인세법 시행령」제17조의2제1항 본문에서 지주회사는 해당 사업연도 종료일 현재 관련 법률에 따라 지주회사로 신고된 내국법인으로 규정하고 있는바, 청구법인은 2015사업연도 종료일 현재 지주회사로 신고된 사실이 없고, 2016.3.30. 공정거래위원회에 지주회사 전환을 신고하였으므로 동 규정의 적용대상에 해당되지 않는다.(나) 한편,「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서에서 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다고 규정하고 있는바,이는 사업연도 종료일 현재 지주회사로의 전환요건을 충족하였으나 지주회사 전환을 신고하지 못한 경우 공정거래법에 따른 신고기한[자산총액 산정 기준일(주식취득 등 사유발생일)로부터 4개월 이내]이 도래하지 않은 법인이 과세표준 신고기한까지 지주회사로 신고한 경우에는 지주회사로 볼 수 있다는 것으로 해석함이 타당하다.

따라서, 2015사업연도 종료일 현재 청구법인은「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서의 “지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자”에 해당하지 않으므로 2015사업연도부터「법인세법」상 지주회사에 해당된다는 청구주장은 타당하지 않다.(다) 청구법인은공정거래법 시행령 제15조제1항 제4호의 규정이 아니라 2016.1.1.자로 직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상의 자산총액을 기준으로 지주회사로 전환되었으므로 2015사업연도 종료일 현재 지주회사로의 전환요건을 충족하지 못하여「법인세 시행령」제17의2 제1항 단서규정을 적용할 수 없다.(라) 청구법인은 법제처 행정해석을 근거로 지주회사의 성립 여부는 그 실질에 따르며, 신고 유무는 실질과 무관하다고 주장하나, 동 행정해석에서도공정거래법 제2조제1호의2와 같은 법 시행령 제2조 제1항 및 제2항의 요건을 갖춘 지주회사인 경우로 해석하고 있으므로 청구법인이 2015년 중 자회사 주식취득 등 사유발생일에 지주회사 요건을 갖췄다고 보기 어렵다.(마) 따라서, 청구법인은 2015사업연도 지주회사에 해당하지 않으므로 처분청이 청구법인에게 제1처분 및 제2처분은 정당하다.

(2) 청구법인의 지주회사 전환일은 2016.1.1.이다.(가) 청구법인은 2015사업연도 중 자회사 ㈜OOO의 주식을 현물출자 및 유상증자의 방법으로 추가 취득하여 2015.7.15. 지주회사의 요건을 만족하였다고 주장하나, 사업연도 종료일 이전에 지주회사 전환사유가 발생한 날로부터 4월 이내에 전환신고를 하지 않았으므로 당해 사유가 발생한 날부터 행위제한규정을 적용하는 것이 아니라 당해 사업연도 종료일의 다음날부터 행위제한규정을 규정을 적용하는 것이다.(나) 또한, 청구법인이 공정거래위원회로부터 수령한 지주회사전환 심사결과 통지서에도 지주회사 전환기준일이 2016.1.1.로 기재되어 있고, 공정거래위원회가 처분청에 발송한 공문에도 2016.1.1.자로 지주회사로 전환되었음이 기재되어 있다.(다) 만약 청구법인이공정거래법 시행령 제15조제1항 제4호에 따라 2015.11.15.까지 지주회사 전환신고를 한 경우에는 당해 사유가 발생한 날(2015.7.15.)이 지주회사 성립시점이 되는 것이나, 청구법인은 2015사업연도 종료일로부터 4월 이내인 2016.3.30. 지주회사 전환신고를 하였으므로 2016.1.1.자로 지주회사로 전환된 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 2015사업연도에「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서규정에 따라 지주회사에 해당되는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)제18조의2【지주회사 수입배당금액의 익금불산입】

① 내국법인 중 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사, 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사, 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사 및 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학연협력기술지주회사(이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 자회사(해당 지주회사가 출자한 법인으로서 지주회사의 자회사에 대한 출자 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)로부터 받은 이익의 배당금이나 잉여금의 분배액과 제16조에 따른 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조, 제18조의3 및 제76조의14에서 "수입배당금액"이라 한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)제17조의2【지주회사의 수입배당금액의 익금불산입】

① 법 제18조의2제1항에 따른 지주회사는 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」, 「금융지주회사법」, 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 및 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 지주회사로 신고된 내국법인으로 한다. 다만, 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다.

(3) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1의2."지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.제8조【지주회사 설립ㆍ전환의 신고】지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 공정거래위원회에 신고하여야 한다.

(4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2016.09.29. 대통령령 제27534호로 개정되기 전의 것)제2조【지주회사의 기준】①「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의) 제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.1.해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병.물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사2.제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사②법 제2조(정의) 제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다.제15조【지주회사의 설립.전환의 신고 등】①지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 법 제8조에 따라 공정거래위원회가 정하여 고시하는 바에 따라 다음 각 호의 기한 내에 신고인의 성명, 지주회사, 자회사, 손자회사와 법 제8조의2(지주회사 등의 행위제한 등) 제5항에 따른 증손회사(이하 "지주회사등"이라 한다)의 명칭, 자산총액, 부채총액, 주주현황, 주식소유현황, 사업내용 등을 기재한 신고서에 신고내용을 입증하는 서류를 첨부하여 공정거래위원회에 제출하여야 한다.

1. 지주회사를 설립하는 경우에는 설립등기일부터 30일이내2.다른 회사와의 합병 또는 회사의 분할을 통하여 지주회사로 전환하는 경우에는 합병등기일 또는 분할등기일부터 30일이내3.다른 법률에 따라 법 제8조의 적용이 제외되는 회사의 경우에는 다른 법률에서 정하고 있는 제외기간이 지난 날부터 30일 이내4.다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에는 제2조(지주회사의 기준) 제1항 제2호의 자산총액 산정 기준일부터 4개월 이내

※ 지주회사 관련 규정에 관한 해석지침(공정거래위원회예규 232호, 2015.9.2.)

3. 지주회사의 행위제한규정 적용시점가.지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환하는 경우 다음 각 호의 1에서 정한 날부터 법 제8조의2(지주회사 등의 행위제한 등) 제2항 각 호에서 정한 행위를 하여서는 아니된다.

(1)지주회사를 설립하는 경우에는 설립등기일(2)다른 회사의 합병 또는 회사의 분할을 통하여 지주회사로 전환하는 경우에는 합병등기일 또는 분할등기일(3)다른 법률의 규정에 따라 지주회사 적용이 제외되었다가 제외기간이 경과되어 지주회사로 전환하는 경우에는 제외기간 종료일의 다음날(4)다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에는 당해 사업연도 종료일의 다음날. 단, 사업년도 종료일 이전에 지주회사 전환사유가 발생한 시점을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 당해 사유가 발생한 날＜예 시＞- “갑”회사가 2006.3.10. 자회사의 주식을 추가 취득함으로써 지주회사 요건을 갖춘 경우에, 만약 “갑”회사가 시행령 제15조제1항제4호에 의거 2006.7.10.까지 사업년도 중에 지주회사 전환신고를 한 경우에는 당해 사유가 발생한 날인 2006.3.10.이 지주회사 성립시점이 되며, “갑”회사가 당해 사업년도 종료일로부터 4월 이내인 2007.4.30.까지 지주회사 전환신고를 한 경우에는 당해 사업년도 종료일의 다음날인 2007.1.1. 이 지주회사 성립시점이 된다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 공정거래위원회에 지주회사 전환신고를 하여 공정거래위원회로부터 심사결과 통지서를 송달받은 경위는 다음과 같다.(가) 2015년 5월 현물출자 방식을 통하여 자회사 주식을 추가 취득하여, 2016.1.1.자로공정거래법 시행령 제2조제1항 제2호 및 제2항에 따른 직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상(2015.12.31.자 감사보고서상) 지주회사 요건(자산총액, 지주비율)을 충족하였다.(나) 2016.3.30.공정거래법 제8조및 같은 법 시행령 제15조 규정에 따라 공정거래위원회에 지주회사 전환신고를 하였고, 2016.6.10. 공정거래위원회로부터 지주회사 전환기준일이 2016.1.1.이라는 지주회사전환 심사결과 통지서를 송달받아 전자공시하였다.(다) 청구법인의 연도별 총자산 및 자회사 주식가액 비중은 다음과 같다.OOO

(2) 처분청이 2019.6.28. 공정거래위원회에 문의하여 2019.7.22. 회신받은 답변내용은 다음과 같다.OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점배당금에 대해「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서규정에 따라 지주회사 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 없다는 의견이나,「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서는 해당 사업연도 종료일 현재 공정거래법에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한「법인세법」제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다고 규정하고 있고,공정거래법상 지주회사 전환의 신고기한은 같은 법 시행령 제15조 제1항 제4호에서 자산총액 산정 기준일부터 4개월 이내로 규정하면서 여기서 “자산총액 산정 기준일”에 대해 같은 법 시행령 제2조 제1항 제2호에서

① 직전 사업연도 종료일 또는

② 사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일로 각각 규정하고 있는 바,「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서에서 공정거래법에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한의 기준이 되는 자산총액 산정 기준일에 대해서는 별도 명문규정이 없으므로

① 직전 사업연도 종료일 또는

② 해당 전환신고 사유의 발생일로부터 4개월 이내 모두를 포함하는 것으로 해석하여야 할 것이라서청구법인은 2015년 5월 중 지주회사 전환신고 사유가 발생하였고, 사업연도 종료일인 2015.12.31.을 자산총액 산정 기준일로 적용하여 이로부터 4개월 이내이면서 2015사업연도 법인세 신고기한 이전인 2016.3.30.에 지주회사 전환신고를 하였으므로「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서규정에 따라 2015사업연도에「법인세법」상 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사로 간주되는 것으로 볼 수 있는 점,지주회사 관련 규정에 관한 해석지침OOO에서 공정거래법상 지주회사 전환신고는 행위제한 의무발생일을 정하는 것에 불과하고, 다른 법령에 의한 지주회사의 권리ㆍ의무 발생 시점을 정한 것은 아니라고 되어 있는 바, 세법에 따른 지주회사 성립 내지 효력발생 요건은 해당 세법에서 별도로 규정한 것으로 보는 것이 타당하고,「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서 역시 간주 규정의 형태를 취하고 있어 공정거래법상 행위제한의무 발생일과 관계 없이「법인세법」상 해당 사업연도의 지주회사 해당 요건을 별도로 규정하고 있는 것으로 볼 수 있으므로청구법인이 사업연도 종료일인 2015.12.31.을 자산총액 산정 기준일로 하여 지주회사 전환신고를 함으로써 2016.1.1.부터 공정거래법상 지주회사로서 행위제한을 적용받았다 하더라도「법인세법 시행령」제17조의2제1항 단서에 따라 2015사업연도부터「법인세법」상 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사로 간주하는 것도 가능한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점배당금에 대해 지주회사 수입배당금 익금불산입 규정의 적용을 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부하거나 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.