비영리내국법인이 법정신고기한내에 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의한 이자소득세 환급청구를 거부한 처분의 당부

「법인세법」제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항은 비영리법인에게 이자소득에 대한 과세방법의 선택권을 부여하되, 법적 안정을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 한 것으로, 청구법인이 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니함에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 종결되었다 할 것인 바, 처분청이 법정신고기한내에 과세표준신고를 하지 아니한 청구법인의 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의한 환급청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.12.24.「재단법인 OOO 설립 및 운영지원에 관한 조례」에 따라 전라남도에서 “지역발전 및 국가발전에 기여할 수 있는 인재 양성 목적”으로 설립되어, 인재육성기금운용에 따른 이자수익을 재원으로 장학사업을 운영하는 비영리내국법인으로서, 2012사업연도에 OOO은행 OOO에서 정기예금등에 대한 이자소득 OOO원에 대하여 법인세 OOO원(이하 “쟁점원천징수세액”이라 한다)을 원천납부하였고, 2012사업연도 법인세 과세표준 신고서를 법정신고기한인 2013.3.31.까지 제출하지 아니하였다가, 2013.12.3. 처분청에 쟁점원천징수세액을 환급하여 달라는 내용의 기한후과세표준신고서를 제출하였다.

나. 처분청은 비영리내국법인인 청구법인이 법정 신고기한 내에 과세표준신고를 하지 아니한 경우 기납부한 원천징수분 이자소득은 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없다는 이유로 2013.12.3. 청구법인에게 환급 결정을 거부 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.6. 이의신청을 거쳐 2014.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 재단 설립시부터 지금까지 모든 이자소득에 대하여 단 한 번도 원천징수로 종결되는 방법을 선택한 적 없이 법인세를 환급 받아 기금 운용에 따른 이자수익과 함께 저소득 가정 청소년들을 위한 학자금 지원 등 고유목적 사업인 장학 사업에 전액 사용하여 왔다.

(2)「법인세법」제62조제1항과 같은 법 시행령 제99조 규정의 취지는 이자소득만 발생하는 비영리법인의 고유목적사업을 장려하고, 회계능력이나 세무지식 등 여러 면에서 부족하고 열악한 비영리법인을 배려하기 위한 목적으로 제정된 특례규정으로서, 청구법인이 법인세 과세표준 및 세액신고를 법정 기한 내에 하지 못한 것은 운영비 절감 차원에서 직원 1인이 모든 업무를 처리하고 있어 담당 직원의 규정에 대한 이해와 인지능력이 부족한 것에 기인한 단순한 실수였을 뿐, 비영리법인 특례 조항을 악용하여 작위적 실익을 구하고 법적 안정성에 영향을 끼칠 의도는 전혀 없었다.

(3) 또한, 청구법인의 이 건 청구는 “필요한 처분을 받지 못하여 납세자의 권리·이익이 침해되었거나 불편 또는 부담을 준 사항”에 대한 것으로서 모든 세법의 기본인「국세기본법」제18조제1항 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”는 규정에 의하여 마땅히 보호 받아야 한다고 사료되며,청구법인은 상기와 같은 사유로 2013.10.2. OOO에 고충 민원을 신청한 결과, 2013.11.11. “담당직원의 착오로 법인세를 신고기한 내에 신고하지 않았다는 사유로 기한 후 신고를 거부하여 다수의 학생들이 장학금 지원을 받지 못하게 되는 것은 신청인은 물론 이로 인하여 피해를 당하는 장학금 수혜 대상자에게 지나치게 가혹하다 할 것이므로, 처분청에게 청구법인의 2012사업연도 법인세 과세표준 기한 후 신고를 받아들여 원천납부한 법인세 OOO원을 환급할 것을 의견표명한다.”는 결정을 받은 바 있다.

(4) 따라서, 청구법인의 재단설립 목적과 관련 법 규정의 취지 및 국민권익위원회의 의견 등을 종합적으로 고려하면, 처분청의 환급 결정 거부 처분은 그에 대한 피해가 고스란히 지역의 저소득 가정 청소년에게 돌아가는 등 처분에 따른 공익의 피해가 너무나 크고 가혹한 처분이라 사료되므로, 기한 후 신고 내용에 따라 이자소득 수령시 원천징수된 법인세를 환급하여야 하므로 처분청이 환급을 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「법인세법」제62조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항은 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있도록 하면서, 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 기한 후 신고에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 규정하고 있다.

(2) 또한, 비영리법인의 원천징수 이자소득에 대하여 신고기한 내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 원천징수방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된다고 할 것(조심 2011부88, 2011.4.11. 같은 뜻임)인바, 기한 후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없으므로(조심 2009부2891, 2010.3.8. 같은 뜻임) 환급청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점비영리내국법인이 법정신고기한내에 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 기한후 신고에 의한 이자소득세 환급청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법제3조【세법 등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절·제3절·제4절 제26조(「조세특례제한법」제99조의5에 따른 납부의무 소멸특례만 해당한다) 및 제5절, 제4장 제2절(「조세특례제한법」제104조의7제4항에 따른 제2차 납세의무만 해당한다), 제5장 제1절·제2절 제45조의2·제2절제45조의3(「법인세법」제62조에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다)·제3절(「조세특례제한법」제100조의10및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세만 해당한다), 제6장 제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.제45조의3【기한 후 신고】

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.다만,「자산재평가법」제15조에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

(2) 법인세법제3조【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.2.「소득세법」제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.1.「소득세법」제16조제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의 금액제62조【비영리내국법인의 과세표준 신고 특례】①비영리내국법인은제3조 제3항 제2호에 따른 이자·할인액 및 이익(「소득세법」제16조제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조에 따라원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

②법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2012사업연도 OOO원)에서 발생한 이자소득 OOO원의 14%에 해당하는 OOO원을 법인세로 원천 납부하였으나, 2012사업연도 법인세신고를 법정신고기한내에 제출하지 아니하고 2013.12.3. 기한후 신고서를 제출하였으며 2009～2012사업연도의 법인세 신고 및 환급현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1>

법인세 신고 및 환급현황OOO

(2) 처분청은 2013.12.3. 청구법인의 기한 후 신고에 의한 2012사업연도 법인세 환급 신청을 거부하였다.

(3) 위의 사실관계등을 종합하여 살피건대,「법인세법」제62조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항은 비영리법인에게 이자소득에 대한 과세방법의 선택권을 부여하되, 법적 안정을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 한 것으로 청구법인이 신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니함에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 종결되었다 할 것인바, 처분청이 환급을 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2009부2891, 2010.3.8. 합동회의, 같은 뜻임).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.