공통매입세액의 안분계산시 청구법인의 면세공급가액 및 총공급가액에 쟁점운영출연금을 포함하여야 하는지 여부(기각)

청구법인도 총공급가액에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에서 공제하여야 할 것이고, 이는 결국 이 건 과세처분과 같이 쟁점운영출연금과 특정사업출연금을 면세공급가액에 포함하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 산정하는 방식과 동일하게 된다 할 것임

1. 처분개요

가.청구법인은 1983년 6월경「과학기술분야 정부출연 연구기관 등의설립운영 및 육성에 관한 법률」에 의하여 설립된 비영리법인으로,2004년 제2기 중 건설교통부장관으로부터5,983,000,000원을 운영출연금(이하 “쟁점운영출연금”이라 한다)으로 지급받고, 2004년 제2기 부가가치세 신고시「부가가치세법 시행령」제61조에 의하여공통매입세액중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 쟁점운영출연금을 면세공급가액에 포함하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시하여 쟁점운영출연금이「부가가치세법 시행령」제61조소정의면세공급가액 및 총공급가액에 해당한다고 보고, 이에 따라면세사업에 관련된 매입세액을 다시 산정하여2009.12.10. 청구법인에게 2004년 제2기 부가가치세 95,051,550원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.10. 이의신청을 거쳐2010.7.12.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

공통매입세액을 안분하는 기준이 되는 과세공급가액 및 면세공급가액은 모두 “재화 또는 용역의 공급에 대한 대가”임이 전제로 되어야 하는데, 쟁점운영출연금은 국가에 용역이나 재화를 공급하고 수취한 대가에 해당하지 아니하는 점, 비록 쟁점운영출연금을 비영리사업부의 손익계산서상 정부출연수익으로 계상하고는 있으나 실질적으로 영리법인의 자본금과 동일한 것인 점 등을 종합하였을 때, 공통매입세액의 안분계산시 쟁점운영출연금을 총공급가액 및 면세공급가액에 포함하여서는 아니되고, 설령 이를 총공급가액에 포함하는 경우에도 쟁점운영출연금 중 당해 과세기간의 면세비율에 의하여 안분하여 계산한 금액만을 면세공급가액으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은「과학기술분야 정부출연 연구기관 등의설립운영 및 육성에 관한 법률」에 의하여 건설교통부장관과 건설 및 국토관리 분야의 원천기술 개발에 대한 법률적인 관계를 형성한 다음, 관련 연구 용역을 제공한 대가로 쟁점운영출연금을 수령하였던바 이는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 있는 점, 이를 면세사업인 고유목적사업에 대한 공급대가에서 제외하면 결국 공통매입세액 중 고유목적사업에 사용되는 부분도 과세사업과 관련된 매입세액으로 공제되게 되고, 이는 공통매입세액을 안분계산하는 취지에 어긋나게 되는 점 등을 종합하면, 공통매입세액 중면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어쟁점운영출연금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공통매입세액의 안분계산시 청구법인의 면세공급가액 및 총공급가액에 쟁점운영출연금을 포함하여야 하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1)부가가치세법 제12조【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

15. 도서관ㆍ과학관ㆍ박물관ㆍ미술관ㆍ동물원 또는 식물원에의 입장제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액(2)부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.면세공급가액면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────총공급가액(3)부가가치세법 시행규칙 제18조의2【매입세액의 안분계산】

① 영제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

(4)과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “과학기술분야 정부출연 연구기관”이라 함은 정부가 출연하고 과학기술분야 연구를 주된 목적으로 하는 기관을 말한다.제5조【운영재원】

① 연구기관 및 연구회는 정부의 출연금 그 밖의 수익금으로 운영한다.

② 정부는연구기관 및 연구회의 설립·운영에 소요되는 경비에 충당하기 위하여 예산의 범위 안에서 연구기관 및 연구회에 출연금을 교부할 수 있다.제8조【연구기관의 설립】

① 이 법에 설립되는 연구기관은 [별표]와 같다.[별표] 이 법에 의해서 설립되는 연구기관(제8조 제1항)

기관명

한국과학기술연구원(이하 생략)

제13조【예산 및 사업계획의 승인 등】

① 중앙행정기관의 장은 매년 연구기관에서 연구함이 상당하다고 인정되는 과제에 대한 우선순위와 소요예산 등을 기재한 의견서를 대통령령이 정하는 바에 따라 감독관청의 장(제29조제1항의 구분에 따른 감독관청의 장을 말한다. 이하 같다)에게 제출할 수 있다.

②감독관청의 장은 제1항의 규정에 의하여 제출된 의견서 등을 종합적으로 검토하여 매년 4월 15일까지 다음 사업연도 연구기관의 예산요구시 적용되는 사항에 관한 기준(이하 이 조에서 "예산요구기준"이라 한다)을 연구회에 통보하여야 하며, 연구회는 이를 소관연구기관에 통보하여야 한다. 이 경우 감독관청의 장은 예산요구기준에 관하여「과학기술기본법」 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회의 의견을 들어야 한다.

③ 연구기관은 대통령령이 정하는 기간 이내에 예산요구기준에 따라 다음 사업연도의 예산요구서 및 사업계획서를 작성하여 소속연구회에 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 2004년 제2기 부가가치세를 신고할 당시 공통매입세액을888,293,000원, 면세비율을 62.84%로 계산하여 공통매입세액 중 면세사업과 관련된 매입세액에 해당하여 공제받지 못하는 금액을 558,226,640원으로 산정하였다.

(2) 처분청은「부가가치세법 시행령」제61조에 따라 면세비율을 계산함에 있어 청구법인이 위 과세기간 중 지급받은 쟁점운영출연금을 총공급가액 및 면세공급가액에 산입하여, 면세비율을54.49% 산정하여 이 건 부가가치세 과세처분을 하였다.

(3) 청구법인은 쟁점운영출연금의 성격에 대하여 “관련 법령에 의하여 정부가 사용 용도를 지정하지 아니하고 보조하는 일반재원으로「법인세법」상 비과세 수입에 해당하며, 청구법인 예산편성시 자체수입 부족분을 충당하는 정부출연금으로 분류된다”고 소명하였다.

(4) 청구법인의 심판청구 대리인은 2011.6.22.우리 원 조세심판관회의에 출석하여 “청구법인은 건설회사, 국토해양부 등으로부터 기술연구를 의뢰받고 그 대가를 지급받게 되는데, 그 내용에 따라 과세(타당성 검토 등) 내지 면세(순수학술연구)로 구분되고, 특정한 연구와 관련하여서는 연구개발출연금을, 특정사업과 관련하여서는 특정사업출연금을 지급받은 다음, 자체 수입만으로 해결되지 아니하는 부분에 대하여는 쟁점운영출연금으로 보전받는다”는 취지로 의견진술을 하였고, 처분청을 대리한 중부지방국세청 조사1국 3과 조사반장은 같은 회의에 출석하여 “과세사업을 위하여 국가에서 출연금을 지급할 이유는 없다 할 것이므로 쟁점운영출연금의 경우도 사실상 고유목적사업인 면세·비과세사업에 대한 대가임을 인정하여야 한다”는 내용으로 진술을 하였다.

(5)「부가가치세법」제17조제1항 및 제2항에 의하면, 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되도록 하되, 면세사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니한다고 규정하고 있는바, 이에 따라 동일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액이 없으므로 매입세액도 공제하지 아니하도록 규정되어 있으며, 다만 같은 시행령 제61조 제1항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 해당 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등에 대하여 규정하고 있다.

그런데,「부가가치세법」제17조제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이어서 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액은 공제대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 결국 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 차이가 없다 할 것이고, 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액 중 실지귀속을 구분할 수 없는 세액이 있다면 그 중 과세사업분으로 공제되는 매입세액과 비과세사업분으로 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 방법이 필요한 점 등을 종합적으로 고려하면,「부가가치세법 시행령」 제61조제1항은 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추하여 적용된다고 봄이 상당하다. 그렇다면, 위 규정은 공통매입세액 중 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업과 관련된 매입세액만을 계산하기 위한 규정이 아니라 과세사업과 관련한 매입세액을 산출하는데도 유추적용될 수 있다고 할 것이다(조심 2008전1764, 2009.9.30. 같은 뜻임).

(6) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가로부터 출연금 등을 지급받는 경우, 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어, 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점, 이러한 경우 총공급가액(과세 및 면세사업에서 발생한 수입금액과 쟁점운영출연금, 특정사업출연금 등이고, 연구출연금은 과세 및 불복대상이 아니므로 논외임, 이하 같음)에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에 적용하여 그 중 과세사업과 관련이 있는 매입세액을 산정하는 것이 타당하다고 보이는 점 등을 고려하였을 때, 청구법인도 총공급가액에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에서 공제하여야 할 것이고, 이는 결국 이 건 과세처분과 같이 쟁점운영출연금과 특정사업출연금을 면세공급가액에 포함하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 산정하는 방식과 동일하게 된다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.