토지와 건물을 일괄하여 공급한 후 토지는 기준시가로 건물은 토지가액(기준시가)을 차감한 가액으로 부가가치세를 신고한 경우 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부(경정)

토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에는 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 제1호에 의해 기준시가로 안분함이 적법함

1. 처분개요

청구인은 2004.9.1. OOOOOO조합을 결성하여 2006년 1기에 OOOOO OOO OOO OOOOO, 같은동 150-29에 7층 19세대의 연립주택(대지 1,145㎡, 연면적 3,719.16㎡)을 건축한 후 조합원분외 3세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 일반인에게 분양한 사업자(사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO, 주택신축판매업)로서, 2006.7.25. 쟁점주택의 건물분 공급가액을 840,561,754원으로 하여 2006년 1기분 부가가치세 확정신고를 하였다가, 2006.8.31. 쟁점주택의 건물분 공급가액을부가가치세법시행령 제48조의 2제4항 제1호의 규정에 의거 토지와 건물의 기준시가 비율에 따라 안분계산한 581,432,200원으로 하는 등 하여 부가가치세 수정신고를 하였다.처분청은 청구인이 당초 부가가치세 신고시 토지와 건물의 가액을 구분하여 계산서와 세금계산서를 발행하였으므로 토지와 건물에 대한 실지거래가액이 있는 것으로 보아 청구인이 수정신고시 정정하여 신고한 쟁점주택의 건물분 공급가액 581,432,200원을 인정하지 아니하고 당초 신고한 공급가액 840,561,754원을 적용하는 등 하여 2006.11.10. 청구인에게 2006년 1기 부가가치세 61,721,770원을 경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2007.1.15. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택에 대한 부가가치세 신고시 토지와 건물을 실지거래가액으로 신고하던지 또는부가가치세법시행령 제48조의 2제4항의 규정에 의거 기준시가 비율에 따라 안분계산한 가액으로 신고하여야 함에도조합사용인의 업무착오로 토지는 공시지가를 적용하고 건물은 총분양가액에서 토지분 공시지가를 차감한 가액을 공급가액으로하여 잘못 신고하였는 바, 착오로 신고한 내용을 정정하여 수정세금계산서를 교부하였으므로 수정신고한 내용을 인정해야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 재건축조합을 구성하여 연립주택 19세대를 재건축한 후 3세대를 일반분양하면서 자가공사부분에 대한 매입세액을 불공제하지 않고 전체 매입세액 176백만원에 대하여 환급신청하였는 바, 처분청에서 환급현지확인후 자가공사부분에 대한 매입세액을 불공제하여 62백만원을 과세예고하자 자가공사부분의 매입세액불공제 처분은 인정하면서 기신고한 일반분양분 과세표준을소득세법 제99조를 적용하여 기준시가로 안분한 가액으로 수정하여 경정청구를 하였다.소득세법 제99조기준시가는 양도소득금액 결정시 실지거래가액에 의한 결정의 예외로서 적용되는 기준시가를 말하는 것으로 이 건 토지와 건물의 대가가 명확하게 구분되는지 여부와는 무관한 주장이며,청구인들은 거래당시에 이미 토지와 건물의 대가를 명확하게 구분하여 계산한 세금계산서와 계산서를 발행하고 부가가치세를 신고한 사실로 미루어 거래당시에 토지와 건물에 대한 실제거래금액이 이미 존재함에도 불구하고 사업자가 아닌 거래상대방이 부가가치세 신고를 하지 않음을 이용하여 당초의 계산은 잘못된 것이며 기준시가에 의한 구분이 정당하다고 주장하며 고지세액을 재경정하는 경정청구를 하는 것은 심히 부당하므로 청구인의 주장을 용인할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지와 건물을 일괄하여 공급한 후 토지는 기준시가로 건물은 토지가액(기준시가)을 차감한 가액으로 부가가치세를 신고한 경우 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)국세기본법 제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)(2)부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때(3)부가가치세법시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】<2007. 2. 28, 대통령령 제19892호로 개정되기 이전의 것>

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다.다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서“기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.(이하 각호 생략)제59조【수정세금계산서】<2007. 2. 28, 대통령령 제19892호로 개정되기 이전의 것>법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택의 현황을 보면 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOO OOOOO OOOOO 토지 66.62㎡ 및 건물 141.97㎡, 같은 아파트 제602호 토지 69.87㎡ 및 건물 148.9㎡, 같은 아파트 제603호 토지 59.03㎡ 및 건물 125.81㎡로 등기부등본 등 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 2006년 1기에 쟁점주택을 신축하여 판매하고 2006.4.1. 쟁점주택의 건물분 공급가액을 840,562천원, 토지분 공급가액을 717,382천원으로 하여 분양계약자들에게 각각 건물분 세금계산서 및 토지분 계산서를 발행한 사실이 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인은 2006.7.25. 2006년 1기분 부가가치세 확정신고(이하 “확정신고”라 한다)시 쟁점주택의 건물분 공급가액을 840,562천원으로 하여 신고하였다가 2006.8.31. 쟁점주택의 건물분 공급가액을 581,432천원으로 수정하여 2006년 1기 부가가치세 수정신고(이하 “수정신고”라 한다)를 한 사실이 심리자료에 나타난다.

(4) 청구인은 확정신고시 쟁점주택의 토지는 기준시가를 적용하고 건물은 쟁점주택 분양가액에서 토지가액을 차감한 가액으로 하였는 바, 수정신고시 착오로 잘못 신고한 건물분 공급가액을 토지와 건물의 기준시가 비율에 따라 안분계산한 가액으로 정정하였으므로 이를 인정해야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 분양하면서 분양계약자들에게 토지와 건물의 가액을 구분하여 각각 계산서 및 세금계산서를 교부하였으므로 이를 실지거래가액으로 보야야 한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인과 OOO 등 3인이 각각 체결한 쟁점주택 분양계약서에 의하면 쟁점주택의 가액은 1,642,000,000원으로 토지와 건물의 가액이 별도로 구분되어 있지 않은 것으로 나타난다. (나) 쟁점주택 토지분 기준시가는 717,558,400원[㎡당 개별공시지가 3,670,000원(2005.1.1.기준) × 195.52㎡]으로 청구인이 분양계약자들에게 교부한 토지분 계산서상의 공급가액 717,382,070원과 비슷한 것으로 나타나며, 청구인이 당초 신고한 건물분 공급가액 840,561,754원은 쟁점주택의 분양가액 1,642,000,000원에서 토지분 공급가액 717,382,070과 건물분 부가가치세 84,056,176원을 차감하여 계산된 것으로 나타난다. (다) 청구인은 수정신고시 쟁점주택의 토지와 건물 가액을 기준시가 비율에 따라 산출한 후 건물분 공급가액을 581,432,200원으로 하여 신고한 것으로 나타난다.

(라) 살피건대, 청구인이 쟁점주택을 공급하면서 토지와 건물가액을 구분하지 않고 분양계약을 체결하여 토지와 건물의 실지거래가액을 알 수 없고, 청구인이 당초신고시 건물분 공급가액을 총분양가액에서 기준시가로 산출한 토지가액을 단순히 차감하여 산출함으로써 합리적인 실지거래가액이라고 볼 수 없으며, 처분청에서도 쟁점주택의 토지와 건물가액을 합리적으로 구분한 실지거래가액을 제시하지 않고 있으므로 쟁점주택의 토지와 건물 가액은 구분이 불분명한 경우에 해당한다 할 것이다. 그렇다면, 이 건과 같이 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에는부가가치세법시행령 제48조의 2제4항 제1호에 의해 기준시가로 안분함이 적법하다고 판단된다.

(5) 따라서 처분청이 이 건 부가가치세를 경정하면서 쟁점주택의 건물분 공급가액을 기준시가로 안분하지 아니하고 청구인이 당초신고한 가액을 적용하여 계산한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.