시가를 산정하는 경우 할증평가규정을 적용할 수 있는지 여부(기각)
심판청구를 기각한다.
청구법인이 이를 가산하기 전의 가액으로 쟁점주식을 거래한 것은 특수관계자와의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것에 해당하므로 이 건 부과처분은 정당한 것으로 판단됨
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 국세기본법(2026.08.11 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 상속세 및 증여세법(2026.01.02 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
청구법인이 이를 가산하기 전의 가액으로 쟁점주식을 거래한 것은 특수관계자와의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것에 해당하므로 이 건 부과처분은 정당한 것으로 판단됨
이유
1. 처분개요
가. 청구법인과 OOOO(주)(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 OOOO(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)의 관계회사로서 쟁점법인의 발행주식총수 800천주 중 500천주(62.5%)는 청구외법인이, 300천주(37.5%)는 청구법인이 각각 보유하고 있고, 청구법인의 주식지분 100%를 청구외법인이 보유하고 있는바, 청구법인은 2005.5.12. 비상장법인이면서 중소기업인 쟁점법인의 주식 300천주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 특수관계자인 청구외법인에게 「상속세 및 증여세법」상의 보충적 평가방법에 따라 평가한 금액인 1,704,600천원(주당 5,628원)에 양도하였는데, 동 금액은 최대주주 등이 보유한 주식에 대한 할증률(중소기업 15%)을 적용하지 아니한 금액이다.
나. 부산지방국세청장에 대한 국세청장의 종합감사결과, 청구법인이 신고한 쟁점주식의 1주당가액은 할증율을 적용하지 아니한 금액이므로 이를 적용한 1,932,900천원(주당 6,443원)을 쟁점주식의 시가로 산정하고, 동 시가에 비하여 쟁점주식이 저가에 양도되었다고 보아 「법인세법」제52조 에 규정된 부당행위계산 부인규정을 적용하여 그 차액인 228,300천원을 익금산입할 것을 처분청에 현지시정 명령하였으며, 처분청은 2010.7.9. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 94,973,430원을 경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
최대주주 보유주식에 대한 할증평가의 입법취지는 기업의 최대주주는 통상의 주식 가치 이외에 회사를 지배할 수 있는 경영권프리미엄을 확보하게 되므로 이를 평가하기 위한 것인바, 쟁점주식의 매수자인 청구외법인은 동 주식을 매수하기 이전에 이미 쟁점법인 발행주식총수의 62.5%를 보유하고 있어 경영권을 확보한 상태였으며, 쟁점주식을 추가로 매수하더라도 경영권을 새로이 취득하는 것이 아니다. 따라서, 매매사례가액이나 감정평가액 등이 없는 쟁점주식의 거래가액을 보충적 평가방법으로 산정함에 있어 할증율을 적용하지 아니하였다 하더라도 이는 경제적 합리성이 있는 정상적인 가격이다.
나. 처분청 의견
청구법인의 주식지분 100%를 청구외법인이 보유하고 있으므로 두 법인은 특수관계자에 해당하는 것이고, 쟁점법인의 주식지분 중 62.5%는 청구외법인이, 37.5%는 청구법인이 각각 보유하고 있으므로 쟁점주식은 「상속세 및 증여세법」제63조 제3항에 의하여 최대주주와 특수관계에 있는 주주가 보유하고 있는 주식에 해당하여 15%의 할증율을 적용하여야 함에도, 이를 가산하기 전의 가액을 기준으로 매매를 하였으므로 특수관계자와의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인이 양도한 쟁점주식의 시가산정시 최대주주 등이 보유한 주식에 대한 할증율(15%)을 적용하지 아니한 것이 정당한지 여부
나. 관련법령
(1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다 .
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .
(2) 법인세법 시행령 제87조【특수관계자의 범위】
① 법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50이상을 출자하고 있는 다른 법인
④ 제2항 단서 및 제3항에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 당해 주주 또는 출자자와 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다.
1. 당해 주주 또는 출자자가 개인인 경우에는 다음 각목의 1에 해당하는 관계에 있는 자 나. 제1항 제1호의 관계에 있는 법인 다. 당해 주주 또는 출자자와 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 출자하고 있는 법인 마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인
2. 당해 주주 또는 출자자가 법인인 경우에는 제1항 각호(제3호를 제외한다)의 1에 해당하는 관계에 있는 자 제88조【부당행위계산의 유형 등】
① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다 .
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우 제89조【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. (후단 생략)
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. (단서 생략)
(3) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】
① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
1. 주식 및 출자지분의 평가 다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.
③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도전 3년이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령이 정하는 주식등을 제외한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 등의 계산은 대통령령으로 정한다.
나. 사실관계 및 판단 (1)심리자료에 의하면 청구법인과 쟁점법인은 청구외법인의 관계회사로서, 청구외법인은 청구법인의 발행주식 100%를 보유하고 있으며, 쟁점주식의 거래당시 쟁점법인의 주식지분 중 62.5%(500천주)는 청구외법인이, 37.5%(300천주)는 청구법인이 각각 보유하다가, 2005.5.12. 쟁점주식의 거래로 인하여 청구외법인이 쟁점법인의 100%의 지분을 보유하게 된 사실이 나타난다.
(2) 쟁점법인은 비상장법인이면서 중소기업에 해당하며, 쟁점주식의 거래 당시 쟁점주식을「상속세 및 증여세법」상의 보충적 평가방법에 따라 평가할 경우 주당 5,628원으로 산정되고, 최대주주 등의 보유주식에 대한 할증율(중소기업 15%)을 적용하면 주당 6,443원이 된다는 사실에는 청구인과 처분청 간에 서로 다툼이 없다.
(3) 청구법인은 최대주주 등이 보유한 주식을 평가함에 있어 할증율을 적용하는 것은 동 주식에 형성되어 있는 경영권프리미엄의 가치를 반영하기 위한 것으로서, 청구외법인은 쟁점주식을 취득하기 이전부터 쟁점법인의 주식지분 62.5%를 보유한 최대주주로서 경영권을 이미 확보한 상태이므로, 쟁점주식(37.5% 지분)을 추가로 취득함에 있어 할증율을 적용하지 아니한 금액으로 거래하였다고 하여 경제적 합리성이 결여된 것으로 보기 어렵다고 주장하고 있다. 살피건대, 조세법률주의원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 할 것이고 합리적인 이유없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하는 것인바, 본 건과 같이 청구법인이 쟁점법인의 경영권을 이미 확보한 최대주주이면서 특수관계자인 청구외법인에게 쟁점주식을 양도하는 경우, 현행법상 최대주주 등에 대한 할증평가를 배제하도록 별도로 규정하고 있지 않는 한, 「상속세 및 증여세법」제63조 제3항에 따라 쟁점주식을 평가함에 있어 15%의 할증율을 적용하여야 하는 것이며, 따라서, 청구법인이 이를 가산하기 전의 가액으로 쟁점주식을 거래한 것은 특수 관계자와의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것에 해당하므로 이 건 부과처분은 정당한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 상속세 및 증여세법 법령 페이지 govbrief.kr 이 법령을 인용한 다른 해석
- 상속세 및 증여세법 제63조제3항 (유가증권 등의 평가) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 상속세 및 증여세법 제38조 (합병에 따른 이익의 증여) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 국세기본법 제81조 (항고소송 제기사건의 통지) 조문 원문 govbrief.kr
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법인세법 제52조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
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출처·분류
- 공식 원문
- 국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 929504)
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