종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1986.4.8. OOO 소재 단독주택(건물 258㎡, 부수토지 605㎡, 이하 “구주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 2002.11.18. 구주택을 멸실하고 다세대주택 10세대(5층, 건물 전체면적 515.68㎡, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 신축하였다. 한편 청구인은 쟁점신축주택을 2006.12.29. 김OOO 외 1인에게 12억원에 양도한 후, 2007.2.5. 양도소득세를 신고하면서 쟁점신축주택이「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 감면에 해당되는 것으로 보고 양도소득세 감면소득을 OOO원으로 하여 신고하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 구주택 취득일부터 쟁점신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.10. 이의신청을 거쳐 2012.11.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 발생한 소득은 감면대상이 아니라는 전제하에 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항을 준용하였으나, 이 규정은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과하여 신축주택을 양도하였을 경우 감면되는 5년간의 양도소득과 감면되지 않는 5년 경과 후의 양도소득을 안분하기 위한 규정인 것이 그 문언상 명백함에도 5년 이내 양도한 이 건에 대하여 적용하는 것은 위법한 처분이다. 대법원(2012.6.28. 선고, 2010두3725 판결)에서도 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대해서는 세액을 감면하고 후자에 대해서는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 차감하도록 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 특례조항의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우와 취득일로부터 5년이내 양도하는 경우는 감면방법을 달리하여야 한다고 판결하고 있다.또한 처분청이 과세근거로 주장하는 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.), 심판례(조심 2010서3102, 2011.8.9.), 판결례(서울행정법원2011구단27363, 2012.3.14.) 등은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 해석을 잘못한 위법이 있으므로 신축주택 취득일로부터 5년 이내(2002.11.18.∼2006.12.29.)에 양도한 청구인의 경우 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이 타당하다.

(2) 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 발생한 양도소득이 감면대상소득이 아니라는 처분청의 주장을 인정한다고 하더라도 신축주택 취득일 이전과 신축주택 취득일 이후로 배분하는 기준으로 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항을 적용한 것은 잘못이다. 즉 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 분자와 분모에 명문으로 “취득당시 기준시가”가 규정되어 있는데 처분청이 분자에 있는 “취득당시 기준시가”를 “쟁점신축주택의 취득당시 기준시가(2002년 기준시가)”로, 분모에 있는 “취득당시 기준시가”를 “구주택의 취득당시 기준시가(1986년 기준시가)”로 대입한 것은 자의적인 해석이다. 또한 구주택과 쟁점신축주택을 동일한 부동산인 것처럼 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하고 있을 뿐만 아니라 위 방식에 따른 과세표준의 배분방식은 적어도 분모에 청구인이 쟁점신축주택을 위해 지출한 추가건축비 내지 추가건축비를 기준시가로 환산한 금액이 포함되지 않았으므로 분모 금액이 과대 산정되었고 그 결과 감면되는 양도소득금액이 과소 산정된 위법을 피할 수 없다. 따라서 신축주택 취득일 이전과 신축주택 취득일 이후의 소득금액 배분은 실질기준시가 변동에 따라 감면소득을 OOO원(처분청 산정)이 아닌 OOO원으로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 대법원 판결(2012.6.28. 선고, 2010두3725 판결)을 인용하여 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우와 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우는 감면방법을 달리하여야 하므로 신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면해야 한다고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항의 규정에 의하면, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액이라고 규정하고 있으며, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정은 신규주택수요를 촉진하여 입법당시 침체된 주택건설경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하거나 5년이 경과하여 양도하거나 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면한다는 것이고, 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득에 대하여는 감면대상이 아니라고 해석하는 것이 타당하다.

대법원 판결(2012.6.28. 선고, 2010두3725 판결) 내용에 주택을 취득한 날부터 5년간 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 한다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있으며, 양도소득세가 감면되는 신축주택의 과세표준 및 세액의 산정방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다고 판결하고 있으므로, 구주택 취득일부터 양도일까지의 전체양도차익을 감면해야 한다는 주장은 대법원 판결을 잘못 해석한 것으로 판단된다.

(2) 청산금을 납부한 신축주택의 경우 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이므로 신축주택 취득을 위해 지출한 추가건축비가 포함되지 않아 분모금액이 과다산정되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 한편 「조세특례제한법」제99조 제3항의 감면세액 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식을 적용하도록 규정하고 있으므로 신축주택 취득일 이전과 신축주택 취득일 이후의 소득금액 배분을 실질기준시가에 의하여 계산하여야 한다는 청구주장은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 규정에 위배된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(「조세특례제한법」제99조의3) 규정에서 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”(이하 “쟁점산식”이라 한다) 이라고 규정되어 있다.

(2) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26., 조심 2012서4392, 2012.11.30. 외 다수 같은 뜻임), 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점으로 볼 때, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하고, 5년 이내 양도한 이 건에 대하여 적용한 것이 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2012서2839, 2012.8.27., 조심 2012서3124, 2012.9.18., 조심 2012서4675, 2012.12.18. 참조).

또한, 청구인은 처분청이 구주택과 쟁점신축주택을 동일한 부동산인 것처럼 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하였고, 실질기준시가 변동분을 미반영하였으며, 추가건축비를 고려하지 아니한 위법이 있다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득을 계산하는 경우 구주택 부분을 제외하고 신축주택 부분만을 단순 분리하여 감면금액을 계산하기는 어렵고(조심 2012서3124, 2012.9.18. 참조), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있어 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나는바, 추가건축비를 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다(조심 2012서4640, 2013.1.7. 참조).

따라서, 처분청이 구주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.