임직원 주식매수선택권 행사비용으로 지주회사에게 보전한 금액을 각 사업연도 손비로 인정할 수 있는지 여부(기각)

주식매수선택권 행사비용 보전시 손비로 인정하도록 규정하는 2009.2.4. 이후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용되므로, 청구법인이 쟁점금액을 부당행위계산부인규정이 적용되는 것으로 보아 손금불산입하고 상여처분한 것은 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.12.1. 주식의 포괄적 이전을 통하여 OOO의 완전자회사가 된 법인으로 지주회사의 설립 전에 임직원에게 부여한 주식매수선택권 및 지주회사의 설립 후에 지주회사가 청구법인의 임직원에게 부여한 주식매수선택권 중 2006사업연도부터 2008사업연도까지 청구법인의 임직원이 행사한 주식매수선택권에 대하여 지주회사에게 그 행사비용으로 보전한 금액 24,240,728,806원(2006사업연도분 12,807,106,040원, 2007사업연도분 6,306,741,140원, 2008사업연도분 5,126,881,626원으로 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것으로 보아 이를 손금불산입하고 상여처분하여 법정신고기한 내에 법인세를 신고.납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2009.9.28. 처분청에게 쟁점금액은 청구법인의 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용이므로 손금에 산입하여 야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점금액을구조세특례제한법 제15조에 의한 과세특례규정의 적용대상이 아닌 것으로 보아 2009.11.10. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 지주회사를 설립하기 전에 임직원에게 부여한 주식매수선택권 및 지주회사를 설립한 후에 지주회사가 청구법인의 임직원에게 부여한 주식매수선택권 행사시 청구법인이 지주회사에 보전한 쟁점금액은 청구법인의 업무와 관련하여 지출한 비용으로 임직원의 근로에 대한 대가로 지급되는 인건비 성격의 비용이고, 지주회사로 전환한 뒤 청구법인과 임직원 사이에 체결한 주식매수선택권 부여에 대한 약정은 이전의 것과 비교하여 당사자 명의만 청구법인에서 지주회사로 변경된 것이므로 결국 전환을 전후하여 체결한 약정들의 경제적 실질은 동일하며, 2009.2.4.「법인세법 시행령」제19조는 종전에 명확한 법규정이 없어 납세자에게 혼란을 준 기존 유권해석을 바로잡는 것인 점등을 고려하면, 쟁점금액을 손비로 인정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

쟁점금액은 OOO(2006.9.26) 외 다수의 유권해석에 따라 구「조세특례제한법」제15조에 의한 과세특례 규정을 적용받을 수 없는 것이며, 주식매수선택권 행사비용으로 보전한 금액을 손비를 인정하도록 하는「법인세법 시행령」제19조제19호(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)는 부칙 제6조에 의하여 2009.2.4. 이후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용되는 것이어서 쟁점금액은 그 대상이 아닌 만큼, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점2005.12.1. OOO에서 상장이 폐지되고 OOO의 완전자회사로 전환한 주권상장법인인 청구법인이 2006사업연도부터 2008사업연도까지 임직원 주식매수선택권 행사비용으로 지주회사에게 보전한 금액을 각 사업연도 손비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2)법인세법 시행령 제19조(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.19.「상법」제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액부 칙 (2009.2.4. 대통령령 제21302호)제1조 【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략)제6조 【주식매수선택권 행사에 따른 보전비용의 손금산입에 관한 적용례】제19조 제19호 및 제129조 제1항 제7호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다.

(3) 구조세특례제한법 제15조(2008.12.26. 삭제)【주식매수선택권에 대한 과세특례】

① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는「부품.소재전문기업등의 육성에 관한 특별조치법」제2조제2호의 규정에 의한 부품.소재전문기업(이하 “부품.소재전문기업”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인이 해당 법인의 종업원에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는법인세법 제52조의 규정에 불구하고 해당 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다. (이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO가 설립되기 이전인 2005사업연도까지는「조세특례제한법」제15조에 근거하여 주식매수선택권 행사비용으로 보전한 금액을 손금으로 인정받았음에도, 단지 OOO의 자회사로 전환되었다는 이유만가지고 OOO의 자회사로 전환되지 아니한 다른 금융기관과는 달리 주식매수선택권 행사비용의 보전금액에 대하여 과세특례규정을 적용하지 아니하는 것은 과세형평의 원칙을 중대하게 침해하여 불합리하다고 주장하고 있다.

(2) 구「조세특례제한법」제15조제1항에서「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인이 해당 법인의 종업원에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는「법인세법」제52조의 규정에 불구하고 해당 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다고 규정하였다.

(3) 청구법인은 위 규정에 따라 2005사업연도까지는 주식매수선택권 행사비용 보전액을 손금산입하였으나, 2005.12.1. 주식의 포괄적 이전을 통하여 OOO의 자회사가 되어 상장이 폐지되자, 2006사업연도부터 2008사업연도까지는 청구법인의 임직원이 행사한 주식매수선택권에 대하여 지주회사에 그 행사비용으로 보전한 쟁점금액을 부당행위계산부인규정이 적용되는 것으로 보아 손금불산입하고 상여처분하여 법인세를 신고.납부한 사실이 심리자료 의하여 확인된다.

(4) 청구법인이 구「조세특례제한법」제15조에 의한 주식매수선택권의 비과세 특례규정을 적용받을 수 있는 종업원의 범위를 질의하자, 재정경제부장관은 “당해 법인의 종업원이 지주회사인 OOO로부터 부여받은 주식매수선택권에 대하여는「조세특례제한법」제15조의 과세특례 규정이 적용되지 아니한다”는 내용으로 답변(OOO 2006.9.26.)한 사실이 심리자료에 나타난다.

(5)「법인세법 시행령」제19조제19호의 “「상법」제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액은 손금으로 산입한다”는 규정이 신설되었고, 그 시행일은 부칙 제6조에 의하여 이 영 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다고 규정되어 있으며, 주식매수선택권 손비처리제도를 보완하는 위 규정은 개정이유가「자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용에 대하여는 해당 사업연도의 손비로 인정됨을 명확화」하기 위한 것이고 그 적용시기 및 적용례는「공포일 이후 주식매수선택권 행사분」임이 기획재정부가 발간한 2009 간추린 개정세법 해설책자에 구체적으로 설명되어 있다.

(6) 청구법인은 2009.2.4.「법인세법 시행령」제19조제19호를 개정한 취지는 입법미비로 인하여 납세자에게 혼란을 준 기존의 유권해석을 바로잡기 위한 것이라 주장하나, 세법의 해석.적용에 관한 국세청장의 훈령 또는 지침이나 지시의 성격을 가지는 예규 또는 질의회신은 그 자체가 법규로서의 효력을 가지지는 아니하는 것이나, 세법의 해석과 그 집행에 있어서 통일적.공통적인 기준을 제시하여 불공평을 방지하고 실무상 혼란을 제거하여 행정의 효율을 제고시키기 위하여 과세관청을 기속하는 목적으로 공표되는 것이며, 그와 같은 예규 등이 과세관청은 물론 납세자에게도 이의없이 계속적.반복적으로 적용되어 관행으로 정립되었다면 그 해석은 정당한 것으로 인정되며(OOO 2009.5.20.), 주식매수선택권 행사비용 보전시 손비로 인정하도록 규정하는 위 규정은 부칙 제6조에 의하여 2009.2.4. 이후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용되는 점 등을 고려하면, 청구법인이 쟁점금액을 부당행위계산부인규정이 적용되는 것으로 보아 손금불산입하고 상여처분한 법인세 과세표준 신고내용은 적정하다 하겠다.

따라서, 처분청이 위와 다른 입장에서 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.