1세대 2주택자에게도 투기지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도세 과세특례(기준시가)가 적용되는지 여부

조세특례제한법 제85조 의 규정은 소득세법 제96조 제2항 제7호 지정지역 지정에 따라 실지거래가액으로 과세되는 부동산에 한정하는 것이지 소득세법 제96조 제2항 각호의 모든 경우까지 기준시가로 과세한다는 규정은 아니라고 해석함이 타당하므로 쟁점부동산에 대해 실지거래가액을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은매매 및 상속으로 OOOO OOO OOOO리 220외 5필지의 토지 9,627㎡(이하 “양도부동산”이라 한다)를취득하고2005.7.13. OOOO OOO OOOO리 220토지(660㎡)에 경량철골구조물로 농가주택 75.24㎡를 신축하여 보유하던 중, 양도부동산이 2005.5.24. 행정중심복합도시 예정지구에 편입된 후 2006.2.23. 한국토지공사에 수용되어 2006.3.3. 토지보상금으로 OOO원, 건물보상금으로 OOO원을 지급받고 2006.4.30.「조세특례제한법」제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)에 의해 양도한 부동산의 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 1세대 2주택자에 해당하는 것으로 보아「소득세법」제96조제2항 및 같은 법 시행령 제162조의2 규정에 의하여 청구인이 양도한 위 부동산 중 OOO리 220번지 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 양도소득세 계산시 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 산정하여 2011.10.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여2012.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제85조본문 단서에서는「소득세법」 제96조제2항 제6호 및동법 제97조제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 실지거래가액으로 신고하지 않고 기준시가로 신고하여「조세특례제한법」제85조에서 정하는 기준에 따라 정당하게 신고하였는데도 이를 실지거래가액으로 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제85조는 투기지정지역에 대한 기준시가 과세특례를 규정한 것으로, 다른 규정에 의한 실지거래가액 과세대상까지 과세특례를 적용하는 것은 아니므로 쟁점부동산에 대하여「소득세법」제96조제2항 제9호 및 같은 법 시행령 제162조의2 제5항의 2주택 이상을 소유한 1세대가 부수토지를 포함하여 주택을 양도한 경우에는 실지거래가액을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1세대 2주택의 경우「조세특례제한법」제85조의 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

9. 그 밖에 당해 자산의 종류·보유기간·보유수(수)·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우제97조(양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가제104조의2(지정지역의 운영)

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령제162조의2(양도가액)

⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.

(3) 조세특례제한법제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가「소득세법」 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이「소득세법」 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는「소득세법」 제104조의2제1항 및동법 제97조제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,「소득세법」 제96조제2항 제6호 및동법 제97조제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.2.23. 양도부동산을 기준시가로 산정하여 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 양도소득세를 신고한 사실이 청구인이 제출한 양도소득세 신고서에 나타난다.

(2) 양도부동산이 2006.2.23. 한국토지공사에 수용됨에 따라 청구인이 수령한 보상가액은 다음 <표1>과 같음이 처분청 및 청구인이 제출한 용지매매계약서, 지장물보상합의서, 수용확인원(행정중심복합도시 건설사업단장 발행), 한국토지공사 보상금지출 관련 회계서류 등에 의해 확인된다.

<표1>

양도부동산 보상가액(OO : O)(3)처분청이 제출한 청구인의 세대별 주택보유현황조회자료(국세청전산자료)에 의하면, 청구인의 세대원인 박OOO는 OOO동 921 동호수 미상의 OOO아파트를 2005.3.15. 취득하여2008.6.6. 양도하였고, 청구인은 OOO리 220번지에 단독주택을 2005.7.21. 취득하여 2006.2.23. 양도하여 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시에는 1세대 2주택자에 해당된 것으로 보인다.

(4) 처분청은 쟁점부동산에 대하여는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 산정하여 양도소득세를 경정하였음이 처분청이 제출한 양도소득세 경정결의서에 나타난다.

(5) 양도부동산은 2005.5.24. 건설교통부 고시 제2005-123호에 의하여 행정중심복합도시지구에 편입되었고, 양도부동산이 속한 OOO군의 주택외의 부동산은 2004.2.26.부터 2008.11.7.까지, 주택은 2006.1.20.부터 2007.12.3.까지 투기지역으로 지정되었음이 심리자료에 나타난다.

(6)「소득세법」 제96조제1항 및 제97조 제1항 제1호 (가)목에 의하면, 제94조 제1항의 규정에 의한 자산의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하되, 다만 기준시가에 의하는 경우로 같은 법 제96조 제2항 각호 외의 본문에 해당하는 경우를 규정하고 있으며,「조세특례제한법」 제85조는 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 지정하는 지역 내의 공익사업용 부동산을 예정지구로 지정된 고시일, 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날, 투기지역 지정일 중 가장 빠른 날, 2006.12.31. 이전에 당해 사업시행자에게 양도(수용 포함)하는 경우에는「소득세법」 제104조의2제1항 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 볼 때,「소득세법」제96조에 의하면 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 과세하는 것이 원칙이고 예외적으로 기준시가에 의하여 과세하도록 하고 있는 점,「조세특례제한법」제85조에서「소득세법」제97조제1항 제1호 가목 단서 조항을 포함시키지 않고 본문만 규정한 점, 지정지역내 소재하는 부동산이라는 이유만으로 모두 기준시가로 과세한다면 지정지역이 아닌 지역에 소재하는 고가주택, 1세대 2주택 등의 양도시 실지거래가액으로 과세되는 것에 비해 오히려 지정지역 부동산을 우대하여 지정지역 실가과세 제도의 취지에 반하는 점 등을 종합하면,「소득세법」제96조제2항 각호는 각각 독립적으로 적용되는 것으로서 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도가액을 실지거래가액으로 산정하여야 한다고 보아야 하는바,「조세특례제한법」제85조의 규정은「소득세법」제96조제2항 제7호의 지정지역 지정에 따라 실지거래가액으로 과세되는 부동산에 한정하는 것이므로「소득세법」제96조제2항 각호의 모든 경우까지 기준시가로 과세한다는 규정은 아니라고 해석함이 타당하다.

따라서 청구인이 1세대 2주택자인 상태에서 양도한 쟁점부동산에 대해 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.