청구법인이「조세특례제한법」상의 중소기업으로 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부

조특법 시행령에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있어 위 단서 규정은 제2호 사유 외에는 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로 보기 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인의 중소기업 유예를 배제하여 경정거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1995.3.28. 개업하여 주거용 건물 건설업을 영위하는 법인으로, 2012사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나「조세특례제한법 시행령」(이하 "조특법 시행령" 이라 한다) 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용 받았고, 2013.3.27. ㈜OOO의 주식 OOO%를 취득하여「중소기업기본법 시행령」제2조제3호에 따른 관계기업에 해당하고, 관계기업의 매출액 합계가 OOO원을 초과하여조특법 시행령 제2조제1항 제3호에 의해 중소기업 유예기간이 배제되는 것으로 보아 2013～2015사업연도 중소기업특별세액 감면을 배제하여 법인세를 신고하였다.

나. 청구법인은 2016.11.7. 이미 개시된 중소기업 유예기간을 실효시킬 수 없다는 대법원 판례(2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)에 따라 중소기업특별세액 감면을 적용하고, 접대비한도액을 재계산하여 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 중소기업 유예기간 적용을 배제하여 2017.1.31. 경정거부 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원(2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)은조특법 시행령 제2조제2항 단서 및 제2호(유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우)의 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있어 동단서 규정은 제2호 사유 외에는 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로 보기 어렵고, 유예기간을 적용하지 아니하는 중소기업에는 이미 유예기간 중에 있는 기업이 포함되지 않는다고 판시한바, 청구법인은 2012사업연도에 이미 중소기업으로 유예기간 중에 있는 기업에 해당하므로 2013사업연도에「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 다목에 의한 관계기업에 해당하더라도 이미 진행 중이던 유예기간을 실효시킬 수 없다.

(2)「중소기업기본법 시행령」제2조제3호에서 ‘관계기업’이란「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 같은 법 시행령 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조의2 제1항은 ‘지배 또는 종속의 관계’란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우라고 규정하고 있는바, 청구법인은 2013사업연도에 ㈜OOO에 출자하였고, 직전사업년도(2012년) 말일 현재에는 다른 기업과 출자관계가 없어 관계기업에 해당하지 않으므로 2013사업연도에 중소기업 유예기간을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 대법원 판례와 달리 조특법 시행령 개정(관계기업 기준 도입) 이후인 2012사업연도에 매출액 OOO원을 초과하였고 2013사업연도에 관계기업으로서 중소기업 요건을 갖추지 못하였으므로 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다.

(2) 중소기업 해당 여부를 판단함에 있어조특법 시행령 제2조제1항제3호는 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제4항에서 “상시 사용하는 종업원수, 자기자본, 자본금,매출액, 자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한사항을 기획재정부령으로 정한다”라고 규정하면서 같은 법 시행규칙제2조에서 해당 과세연도 종료일 현재를 기준으로 계산하도록 규정하고있다.2014.3.14. 신설된조특법 시행규칙 제2조제8항은 확인적 규정으로 개정 전에도 국세청 유권해석 등에서 관계기업의 지배·종속관계 판단시 해당 사업연도 종료일을 기준으로 적용하도록 해석해 왔고, 이러한 중소기업 판단 관련 규정은 조세정책적 고려 아래「중소기업기본법」상 관련 규정과 달리 정하였다고 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ 청구법인이「조세특례제한법」상의 중소기업으로 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부(주위적 청구)

② 중소기업 해당여부의 판정기준일을 직전사업연도 종료일로 보아야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법령 등

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실관계가 나타난다.(가) 청구법인은 1995.3.28. 설립되어 주거용 건물 건설업체로서, 아래 <표1>과 같이 2012사업연도 매출액이 처음으로 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나조특법 시행령 제2조제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받았다.(나) 청구법인은 2013.3.27. ㈜OOO의 주식 OOO%를 취득하여「중소기업기본법 시행령」제2조제3호에 따른 관계기업에 해당하고,관계기업의 매출액 합계가 OOO원을 초과하여조특법 시행령 제2조제1항 제3호 및 제2항에 따라 중소기업에 해당하지 않으며, 유예기간이 배제되는 것으로 알고, 2013사업연도부터 2015사업연도까지 중소기업특별세액을 감면배제하여 법인세를 신고·납부하였다.(다) 그 후 청구법인은 이미 개시된 중소기업 유예기간을 실효시킬수 없다는대법원 판례에 의해 2016.11.7. 2013∼2015사업연도까지 중소기업특별세액 감면을 적용하고, 접대비 한도액을 재계산하여경정청구를 제기하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2012사업연도에 매출액 OOO원을 초과하였고, 2013사업연도에 관계기업으로서 중소기업 요건을갖추지 못하였으므로 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다는 의견이나,조특법 시행령에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간중에 있는 기업’을 구분하여사용하고 있어 위단서 규정은 제2호 사유 외에는 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로 보기 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인의 중소기업 유예를 배제하여 경정거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.