면세사업자가 일반과세자로 사업자등록 정정신청을 하기 전에 지출한 비용을 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부

청구인이 면세사업자에서 과세사업자로 사업자등록 정정신청을 하기 전까지는 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로면세사업자로 사업자등록을 한 기간 중에 교부받은 매입세액은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호 소정의 ‘사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없는 것으로 보이는 점,무납부고지는 단순한 징수절차로서 그 고지 이후에 추가적인 증액경정처분이 있었다고 하여 납세자의 신뢰보호에 위반된다거나 가산세를 면할 정당한 사유가 있었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어청구인에게 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO부터 면세사업자로 등록하여 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 보건업(가정의학과)을 영위하였고, OOO 일반과세자로 과세유형을 전환한 후 면세사업자 번호로 교부받은 세금계산서상 매입액 중 과세사업과 관련된 금액(2014년 제1기분 OOO, 2014년 제2기분 OOO 및 2015년 제1기분 OOO, 이하 “쟁점매입액”이라 한다)을 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점매입액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 전액 불공제하여 OOO 청구인에게 부가가치세 2014년 제1기분 OOO, 2014년 제2기분 OOO 및 2015년 제1기분 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 2015년 제2기분에 대해서는 매입세액을 공제하였음에도 그 이전분인 쟁점매입액의 매입세액 공제를 부인한 것은 형평에 어긋나고, 청구인의 기한후신고내용대로 환급·충당하여 무납부고지를 한 후 2년이 지나 쟁점매입액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

2014.1.1.「부가가치세법 시행령」 제35조의 개정(대통령령 제25057호)으로 인하여 의료보건 용역 중 안면윤곽술, 치아성형 등 성형수술과 악안면 교정술 등이 부가가치세 면세 제외 항목에 포함되었고, 같은 영 제11조 제10항에서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 사업자등록 정정신고서를 제출하면 등록신청을 한 것으로 본다고 규정하고 있으며,「부가가치세법」 제39조제1항 제8호에서 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 청구인이 OOO에서야 일반과세자로 변경 등록되었으므로 2015년 제2기분 매입세액을 공제하고 이전 기간의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다.또한, 무납부고지는 청구인의 신고로 납세의무가 확정된 후 납부가 없는 경우에 자동적으로 부과되는 징수처분의 일환으로서 그로 인하여 청구인에게 어떠한 신뢰가 형성되었다고 볼 수 없으므로 처분청이 부과제척기간 내에 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 부가가치세를 증액경정한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

면세사업자가 일반과세자로 사업자등록 정정신청을 하기 전에 지출한 비용을 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)부가가치세법 제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세]

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액제39조[공제하지 아니하는 매입세액]

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액.(단서 생략)(2)부가가치세법 시행령 제11조[사업자등록 신청과 사업자등록증 발급] ⑩소득세법 제168조및법인세법 제111조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조 제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 주장하는 부가가치세 과세기간별 공통매입세액 안분내역은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 청구인의 공통매입세액 안분내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 면세사업자에서 과세사업자로 사업자등록 정정신청을 하기 전까지는 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자등록을 한 기간 중에 교부받은 매입세액은「부가가치세법」 제39조제1항 제8호 소정의 ‘사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없는 것으로 보이는 점(조심 2010중252, 2010.6.1., 같은 뜻임), 무납부고지는 단순한 징수절차로서 그 고지 이후에 추가적인 증액경정처분이 있었다고 하여 납세자의 신뢰보호에 위반된다거나 가산세를 면할 정당한 사유가 있었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구인에게 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.