쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 종중인 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부

쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인인 청구법인의 과세소득에 해당하지 않기 위해서는 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하여야 할 것인바, 종중의 성격상 농지는 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과한 것으로 보이고, 한국토지주택공사의 보상자료 등에서 청구법인이 쟁점토지를 장기간 임대하여 임대수입을 얻은 것으로 확인되는 반면, 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 사실을 확인할 수 있는 입증자료는 부족한 점 등에 비추어 쟁점 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.9.27. 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중으로, 2014.7.2. OOO 193,141㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 OOO에게 OOO원에 양도(수용)하고,「법인세법」제3조제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 비과세되는 것으로 보아 수입금액을 OOO원으로 하여 2015.3.31. 2014사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 2016.7.25.부터 2016.8.26.까지 청구법인에 대한 법인세통합조사 결과, 전체토지 중 선산으로 이용한 면적(85,885㎡)을 제외한 같은 곳 임야, 전.답 107,256㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 종중원 등에게 임대하여 수익사업에 이용하였다고 보아 2016.11.4. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2010년 정관에 조상을 숭모하고 그 선영과 유적을 보전하는 것을 종중의 목적으로 하고, 재정은 위토의 도조로 충당하는 것으로 규정하여 수익사업을 하지 아니하는 비영리법인으로 고유번호증을 발급받았고, 전체토지 중 임야는 시조와 종중원의 분묘(100여기)를 모시는 선산으로 사용하며, 인접한 전.답은 청구법인의 책임 하에 시제봉향 등 고유목적사업을 위한 위토(제사 또는 이와 관련된 사항을 집행하는데 드는 비용을 충당하기 위한 토지)로 사용하고 있으므로 쟁점토지가 3년 이상 비영리법인이 고유목적사업에 사용한 자산이 아니라고 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

고유목적사업에 직접 사용하는 토지라 함은 종중의 경우 제사 등의 시설 또는 부지 등의 용도에 직접 사용되는 토지라 할 것인바, 선산으로 이용된 임야는 고유목적에 사용되었다고 보아 양도소득에 대하여 비과세를 인정하였고, 나머지 쟁점토지는 종원 및 제3자에게 임대하여 임대료(도조)를 수취한 사실이 종중의 현금출납부와 OOO의 농업손실보상금 지급내역 등에서 확인되는 점, 토지이용현황이 농지이고 농지의 경우 종중의 성격으로 볼 때 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과한 점 등에 비추어「법인세법」제3조제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 규정한 고유목적사업에 직접 사용한 토지로 볼 수 없으므로 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 종중인 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 것)제3조[과세소득의 범위]

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것2.「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득3.「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 법인세법 시행령(2014.3.24. 대통령령 제25279호로 개정된 것)제2조[수익사업의 범위]

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 조사복명서(2016년 9월) 등의 주요내용은 다음과 같다.(가) 청구법인은 2014.7.2. 전체토지를 OOO에게 양도(수용)하면서 OOO원을 보상금으로 수령하였으며, 양도차익에 대하여 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 법인세가 비과세되는 것으로 보아 수입금액을 OOO원으로 하여 법인세를 신고하였다.(나) OOO의 보상내역에 의하면, OOO는 전체토지 중 OOO, 같은 리 OOO 임야 96,791㎡ 중 38,292㎡, 같은 면 OOO 임야 706㎡ 및 OOO 임야 35,381㎡ 중 7,995㎡에 대하여는 아래 ＜표1＞과 같이 실제 경작인들에게 농업손실보상금을 지급한 것으로 확인된다.(다) 청구법인의 도조(임대료) 수입내역을 보면, 청구법인은 쟁점토지를 임대하고 종원 등으로부터 2010년 OOO원, 2011년 OOO원, 2012년 OOO원, 2013년 OOO원, 2014년 OOO원의 도조를 지급받은 것으로 나타난다.(라) 처분청은 전체토지 보상가액 OOO원 중 3년 이상 계속하여 고유목적에 직접사용하지 않은 것으로 판단되는 전.답 및 임야 107,256㎡에 해당하는 토지보상가액 OOO원을 익금에 산입하여 이 건 처분을 하였다.

(2) 청구법인의 주장과 증빙의 주요내용은 다음과 같다.(가) 청구법인은 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 고유번호증을 발급받았고, 승인신청시 제출한 정관의 주요내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

청구법인 정관 주요내용

구 분

주요내용

목적

(제3조)

본 회의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 항을 둠.

1. 선조의 형전봉형 및 선영수호(종중 산림위토.보전관리)

2. 숭조 애족정신의 함양

3. 선조 유족보존 및 유덕선양

4. 후손들의 육영 복지사업

재정

(제20조)

1. 본회의 기본 재산 및 각종사업에서 발생하는 수익과 전답 소작료 수익금으로 충당토록 함.

(나) 종중 소유의 재산은 종중원의 총유에 속하는 것으로, 여러 묘택에 딸려 있는 토지와 종가의 위토로 이루어져 있는바, 임야는 종중원의 묘소로 이용되고, 농지는 종중원이 경작하여 청구법인에게 도조를 지급하였다.(다) 청구법인의 도조수입 및 경비내역을 보면, 종중원들이 위토를 경작하여 지급한 금액은 종중의 고유목적사업인 선조들의 시제봉향, 벌초, 묘소의 관리수호 등에 사용되었고, OOO로부터 수령한 보상금도 종원들에게 배분되지 아니하고 대토농지를 취득하는데 사용하였다.(라) 조세심판원의 선결정례(2016중3961, 2017.1.23.)에서 종중의 책임 하에 자경하는 것과 대리경작 또는 임대차에 의해 경작하는 것이 사실상 구별하기 어려운 점, 「조세특례제한법 기본통칙」69-0…3에서 ‘종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우 자경농지로 본다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어 종중원이 자경한 농지를 종중이 양도한데 대하여 양도소득세 8년 자경감면을 인정하고 있으므로 이 건도 청구법인이 쟁점토지를 대리경작하였다기 보다는 종중의 책임 하에 경작하고 그 경비를 고유목적사업을 위해 사용하였다고 보아야 한다.(마) 청구법인은 2014.8.27. 전체토지 양도소득의 법인세 과세소득 해당여부에 대하여 국세청에 질의하였고, 국세청은 2014.9.24. “「국세기본법」제13조에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인으로 승인받기 전에 취득하여, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 수익사업에 해당되지 않는 것으로 이 건이 이에 해당하는지는 사용용도.기간.면적 등의 사용현황, 임대차여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항이다”라고 답변하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 정관에 따라 위토의 용도로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 주장하나, 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인인 청구법인의 과세소득에 해당하지 않기 위해서는「법인세법」 제3조제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항 전단에 따라 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하여야 할 것인바, 종중의 성격상 농지는 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과한 것으로 보이고, OOO의 보상자료 등에서 청구법인이 쟁점토지를 장기간 임대하여 임대수입을 얻은 것으로 확인되는 반면, 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 사실을 확인할 수 있는 입증자료는 부족한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하였다고 하기는 어려우므로 동 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.