매매대금의 일부를 반환한 금액를 쟁점부동산의 양도가액에서 차감하거나, 필요경비에 반영하여야 한다는 청구주장의 당부

청구인과 000은 폐기물 철거 및 처리비용에 갈음하여 매매대금을 일부 반환하는 것으로 명시하여 계약한 다음 쟁점반환금을 수수한 것으로 나타나고, 별도로 이를 반증할 사정 등이 제시되지 않은 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인들(부부)은 2011.4.1. 서울특별시 노원구 OOO(85㎥, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 각 2분의 1 지분씩 취득하여 보유하고 있던 중, 2017.4.5. 청구인 a이 경기도 동두천시 OOO(이하 “동두천주택”이라 한다)를 취득하고, 2018.12.28. 서울특별시 송파구 OOO(이하 “송파주택”이라 한다)를 각 2분의 1 지분씩 취득하였다.이후 청구인 a은 동두천주택을 2021.2.17. 양도하였고, 청구인들은 쟁점주택을 2021.11.12. 양도한 후, 2022.2.3. 쟁점주택의 양도를 「소득세법 시행령」제155조 제1항의 일시적 2주택 비과세 대상으로 보아 양도소득세를 신고하였다가, 2022.4.21. 1세대 2주택 기본세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 각각 수정신고.납부하였다.

나. 청구인들은 2024.2.26. 쟁점주택은 1세대 3주택자가 1주택을 양도하여 2주택자가 된 후, 종전주택을 양도한 경우로서 일시적 2주택 비과세 적용대상에 해당한다는 이유로 양도소득세 각 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구인들이 쟁점주택 양도일 현재 「소득세법 시행령」제154조 제5항에 따른 2년 이상의 보유요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2024.5.2. 이를 거부하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2024.7.30. 이의신청을 거쳐, 2024.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점주택의 취득시기는 2011.4.1.로서, 일시적 2주택 요건을 충족한 상태에서 양도되었으므로 양도소득세 비과세대상에 해당된다.(가) 청구인들은 2021.1.1. 현재 쟁점주택, 동두천주택, 송파주택을 보유하던 중, 동두천주택을 먼저 양도한 후 기존 유권해석(기획재정부재산-OOO 외 다수)을 신뢰하여 쟁점주택을 양도할 때 적용되는 「소득세법 시행령」제154조 제1항의 보유기간 기산일을 쟁점주택의 취득일인 2011.4.1.로 보아 쟁점주택의 양도 시에는 일시적 2주택으로 양도소득세가 비과세되는 것으로 믿고, 쟁점주택의 매매계약을 2021.8.16. 체결하였으며, 2021.11.12. 잔금을 청산하였다.(나) 그러나 기획재정부는 2021.11.2. 새로운 유권해석(기획재정부 재산-OOO)을 내놓으면서 2021.1.1. 현재 3주택 보유중인 1세대가 1주택을 양도하여 남은 일시적 2주택 중 종전주택을 양도하는 경우 해당 주택의 비과세 보유기간은 직전 주택의 양도일로부터 기산하며, 이를 해당 회신일 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다.(다) 부동산 양도와 관련된 세법의 제.개정이나 새로운 해석이 적용되는 시점은 시행일 또는 회신일 이후 매매계약을 체결한 분부터 적용되는바, 청구인들은 기존의 유권해석을 믿고 2021.11.2. 이전인 2021.8.16. 계약금을 수령하였으므로, 잔금청산일인 2021.11.12.을 기준으로 새로운 유권해석을 적용하는 것은 국세부과의 원칙인 신의성실 원칙에 위배된다.

(2) 청구인들은 쟁점주택의 매매계약일 현재 적용되는 유권해석에 따라 양도소득세를 신고하였고, 이후 변경된 유권해석을 적용하는 것이 타당하다고 하더라도, 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보아 가산세를 감면하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하므로(국세기본법 기본통칙 180…2), 납세의무 성립 전에 변경된 새로운 해석(기획재정부 재산세제과OOO)을 따르는 것은 신의성실 원칙에 위배되지 않는다.

(2) 「소득세법 시행령」제154조 제5항에 따르면, 청구인들과 같이 2021.1.1. 이후 2주택 이상을 보유한 1세대가 쟁점주택을 양도하는 경우, 일시적 2주택자의 보유기간 기산일은 먼저 양도한 동두천주택의 양도일인 2021.2.17.이므로, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 1세대 3주택자가 1주택을 양도하여 2주택이 된 상황에서 종전주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 보유기간의 기산일을 직전주택의 양도일로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제15조【신의 성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석 · 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.제48조【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

(2) 소득세법제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조【양도소득금액】

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년)이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2 주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다] 한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

※ 부칙 ＜제29523호, 2019.2.12.＞제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일제2조【일반적 적용례】

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호ㆍ제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수 되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득 [조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다] 하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들의 주택 취득 및 양도 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구인들의 주택 취득 및 양도 현황OOO

(2) 청구인들은 2022.4.21. 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인별로 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다가 쟁점주택의 양도는 일시적 2주택 비과세 적용대상이라는 취지로 2024.2.26. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

(3) 「소득세법 시행령」 제ㆍ개정이유에 의하면, 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 「소득세법 시행령」제154조 제5항은 다주택을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간에서 제외하여 다주택자의 투기적 주택수요를 완화하기 위하여 1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 다른 주택들을 모두 양도하고 최종적으로 1주택만 보유하게 된 날로부터 보유기간을 기산하고, 다만 기존 다주택자가 1주택자로 된 세대의 신뢰이익을 보호하고 매물잠김 현상을 최소화하기 위하여 2년간 적용을 유예하여 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용[대통령령 제29523호(2019.2.12.) 부칙 제1조 제3호]하도록 하였다.

(4) 기획재정부의 변경된 유권해석(기획재정부 재산세제과-OOO)의 주요내용은 다음과 같다.

[질의1]

3주택(AㆍBㆍC) 보유 중인 1세대가 1채(A)를 양도(과세) 후 남은 2채(BㆍC) 중 먼저 취득한 주택(B)을 양도하는 경우로서 「소득세법 시행령」제155조 제1항에 따른 일시적 2주택에 해당하는 경우 양도하는 B주택의 「소득세법 시행령」제154 제1항에 따른 보유기간 기산일

＜사례2＞

「C주택 취득일」은 ’20.12.31. 이전, 「A주택 양도일」은 ’21.1.1. 이후인 경우 B주택의 보유기간 기산일?

(제1안) B주택 취득일(’15.4.1.)

(제2안) A주택 양도일(’21.3.1.)

[회신1] 사례2는 제2안이 타당합니다.

다만, 사례2에 대한 해당 회신 내용은 먼저 취득한 주택(3주택을 보유 중인 1세대가 1채를 양도 후 남은 2채 중 먼저 취득한 주택을 말함)을 해당 회신일 이후로 양도하는 분부터 적용됩니다.

(5) 청구인들이 제시한 기획재정부 유권해석(기획재정부재산-OOO) 내용은 다음과 같다.

귀 질의 중 쟁점1의 경우 제1안이 타당함.

(쟁점1)

주택 보유세대가 1주택을 양도(과세)하여 “남은 주택이 일시적 2주택”이 된 상태에서 종전주택 양도

(제1안) 당해 주택 취득일(’15.10.)

(제2안) 직전 주택 양도일(’20.12.)

＜사례＞

2015년 10월

2019년 1월

2019년 3월

2020년 12월

2021년 이후

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A취득

B공동취득

C취득

C양도(과세)

A양도

일시적 2주택

(6) 국세법령정보시스템에 등재된 세법해석정비 사항에 따르면, 기획재정부 재산세제과-OOO 유권해석과 관련하여 아래 ＜표2＞와 같이 삭제사례 4건이 등재되어 있는 것으로 확인된다.

＜표2＞

세법해석정비 내역OOO

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주택의 취득시기가 2011.4.1.로서, 일시적 2주택 요건을 충족한 상태에서 양도되었으므로 양도소득세 비과세 대상에 해당된다고 주장하나,2019.2.12. 개정된 「소득세법 시행령」제154조 제5항 단서에 따르면, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 이외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 하였고, 부칙에서 그 시행일을 2021.1.1.이후 양도하는 분부터 적용하도록 한 점, 기획재정부는 주택 보유세대가 1주택을 양도하여 남은 주택이 일시적 2주택이 된 상태에서 종전주택을 양도한 경우 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 기산하는 것으로 해석(기획재정부재산-OOO)하였다가, 2021.11.2. 위와 동일한 사례에서 보유기간 기산일을 직전 양도주택의 양도일로 보도록 변경(기획재정부 재산세제과-OOO)하면서 해당 회신내용은 그 회신일 이후 양도하는 분부터 적용하도록 한 점, 「소득세법 시행령」제154조 제5항 단서를 청구인들의 주장과 같이 해석할 경우 2주택 보유자가 양도소득세 부담을 줄이기 위하여 저가의 주택을 취득하는 방식으로 일시적 2주택 비과세 특례를 악용하는 것이 가능해지는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도가 일시적 2주택 비과세 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세를 과소신고한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나,과세관청의 기존 유권해석은 2019.2.12. 개정된 「소득세법 시행령」제154조 제5항에 반하는 해석이고, 청구인들이 쟁점주택을 양도할 당시에는 과세관청이 기존의 견해를 변경한 때이므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점(조심 2019서1704, 2019.11.1., 같은 뜻임), 납부지연가산세는 납세의무자로 하여금 세법에서 정한 의무를 성실하게 이행하도록 하는 취지 외에 정상적으로 납부한 자와의 과세 형평성을 유지하기 위한 목적과 법정납부기한과 납부일 간의 기간 이자에 상당하는 성격도 있다고 할 것인 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.