면세유류 환급금을 매출원가에서 차감하거나 총수입금액에 반영하지 아니한 것에 대하여 동 환급금을 필요경비에서 차감하고 소득금액을 재계산하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

청구인이 변경된 면세유 환급제도에 따라 관련 세액을 환급받았다면 마땅히 당초 매입원가(필요경비)에서 이를 차감하였어야 함에도 청구인은 이를 매출원가에 가산하여 부가가치세 및 종합소득세를 신고한바, 처분청이 매출원가에 가산된 면세유류 환급금만큼 필요경비에서 차감하는 방식으로 소득금액을 재계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 하기 어려움

1. 처분개요

가.청구인들은OOO(2010년에 청구인들은 5:5 공동사업자임)를 상호로 면세유 등의 유류도소매업을 영위하는 사업자로 2010, 2011년도분 환급받은 교통·에너지·환경·교육·주행 등 합계 OOO, 이하 “쟁점환급금”이라 한다)을 2013.3.22. 각각 과세표준에 가산하여 종합소득세 수정 신고·납부하고, 이 수정신고에 대하여 양OOO는 2013.5.31., 최OOO은 2013.7.11. 각각 경정청구를 하였으며, 처분청은 쟁점환급금을 매출원가에 차감하지 않았다고 하여 청구인들에게 경정청구 거부처분을 하였다.OOO나. 청구인들은 이에 불복하여 양OOO는2013.6.12., 최OOO은2013.9.3.에 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

청구인들은 2008년, 2009년도분 면세유 환급제도 변경 전에는 환급금은 잡이익으로 계정처리하여 2008, 2009년 과세표준에 산입하여 종합소득세를 신고하였는데, 2010.1.1. 개정후의 국세청의 소득세신고안내책자의 「석유판매업자가 농어민 등에게 면세유를 공급하고 직접 환급받는 감면세액은 총수입금액 불산입」이란 해설에 따라서 2010년부터 쟁점환급금을 총수입금액에 불산입하여 신고하였는바, 처분청의 환급거부는 국세부과 원칙의 신의성실 원칙에 반하는 것이다. 따라서, 처분청은 쟁점환급금을 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인들의 쟁점환급금은 개정된「소득세법」제26조 규정에 의하여 총수입금액에 산입하지 않은 사실이 확인되지만,사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은「소득세법」 제27조①항의 규정에 따라 해당과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로 하여야 함에도 당해과세기간의 손익계산서상 총매입 OOO원 (국세청 TIS상 총매입액 OOO원)을 계상하여, 면세유 환급세액 부담분에 대한 원가를 매출원가에서 차감하지 않은 것으로 검토되는 사실로 미루어 볼 때 수정신고 납부분에 대한 경정청구 건에 대하여 인용하지 않는 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점면세유류 환급금(교통·에너지·환경세·개별소비세·교육세·주행세)을 과세표준에 가산하여 수정신고·납부하고, 환급을 구하는 경정청구에 대하여, 총수입금액에 제외하는 환급금을 필요경비에서 차감하지 아니하였다 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

다. 사실관계 및 판단

(1)「소득세법」제160조(장부의 비치·기록) 제1항은 “사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제51조(총수입금액의 계산) 제3항 제3호는 “사업소득에 대한 총수입금액의 계산시 관세환급금등 필요경비로 지출된 세액이 환입되었거나 환입될 경우에 그 금액은 총수입금액에 이를 산입한다”고 규정하고 있다.서울지방국세청장이 청구인에 대하여 조사한 내용을 살펴본다.

(2) 청구인은 경정청구서, 경정청구서 결과 통보서, 수정신고서, 국세청 발간 2010년 귀속 종합소득세 신고안내 책자 사본, 2008·2009년 잡수익 계장원장 등을 제출하였다.

(3) 살피건대, 청구인들이 변경된 면세유 환급제도에 따라 관련 세액을 환급받았다면 마땅히 당초 매입원가(필요경비)에서 차감하거나「소득세법 시행령」제51조(총수입금액의 계산)에 따라 총수입금액에 산입하였어야 함에도 청구인들은 이를 매출원가에 가산하여 부가가치세 및 종합소득세를 신고한바, 처분청이 매출원가에 가산된 면세유류 환급금만큼 필요경비에서 차감하는 방식으로 소득금액을 재계산하여 과세한 처분이 잘못이 있다고 하기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012중4221, 2012.12.28. 같은 뜻임).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.