쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 사후 작성된 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

전자세금계산서 의무발급 사업자인 임차인이 다른 거래에 대하여는 모두 전자세금계산서를 발행하였으나 청구인에 대하여만 수기로 된 쟁점세금계산서를 발행한 점, 청구인들과 임차인 모두 신고기한에 부가가치세를 신고하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 작성된 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.12.8. OOO에서 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 개업하여 부동산 임대업을 영위하고 있는 사업자로서, 2015년 제2기 부가가치세 확정신고시 OOO으로부터 교부 받은 수기로 작성된 매입세금계산서 1매(작성일자 : 2015.7.31., 공급가액 OOO원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 신고·누락하였다 하여, 2016.3.9. 처분청에 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2016.4.29. 쟁점세금계산서 관련 부가가치세를 환급하였다.

나. OOO국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 사후적으로 작성된 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 처분청에 매입세액을 불공제하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 2018.9.3. 청구인에게 2015년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.2. 이의신청을 거쳐 2019.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2014.7.1.부터 임차인에게 쟁점사업장을 임대하여 오던 중 임차인이 사용하던 건물이 협소하여, 임차인이 동 부지에 건물을 신축하여 10년간 사용하기로 하는 건물신축계약을 체결하고, 임차인은 2015.7.24. 건물을 신축한 후 건물신축공사대금에 대해 공급가액 OOO원의 전자매출세금계산서를 발행하였어야 하나 그 당시 임차인 직원의 실수로 적기에 발행하지 못하고 수기로 작성한 매출세금계산서를 발행하여 보관하다가 담당직원이 2015.10.15. 퇴사함으로써 발행한 매출세금계산서가 청구인에게 교부되지 않은 사실을 추후에 알게 되어, 2016.3.9. 2015년 제2기 부가가치세 확정신고시 누락된 매입세금계산서에 대하여 수정신고를 하게 되었고 청구인과 임차인은 각각 매출세액과 매입세액을 적정하게 신고하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

나. 처분청 의견

매출처의 조사 또는 현장확인시 매출누락 사항에 대하여 과세관청에서 경정을 할 때, 거래처인 매입처가 수기세금계산서를 정상적으로 작성하였으나, 담당 직원이 실수로 제출하지 못하였다는 청구 사유에 기인한 경정청구를 과세관청에서 인정해 준다면, 거래세로서의 부가가치세 기능은 없어질 것이고, 어느 사업자도 매출부가가치세의 부담을 감수하고 정상적인 공급시기에 세금계산서를 발급하여 부가가치세를 납부하지는 않을 것이므로 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 작성된 것으로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 사후 작성된 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제15조(재화의 공급시기)

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우 : 재화의 공급이 확정되는 때제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다) 하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제34조(세금계산서 발급시기)

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령제68조(전자세금계산서의 발급 등)

① 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 개인사업자"란 직전 연도의 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액이 3억원 이상인 개인사업자(이하 이 조에서 "전자세금계산서 의무발급 개인사업자"라 한다)를 말한다.

② 전자세금계산서 의무발급 개인사업자가 전자세금계산서를 발급하여야 하는 기간은 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액이 3억원 이상인 해의 다음 해 제2기 과세기간과 그 다음 해 제1기 과세기간으로 한다. 다만, 사업장별 재화와 용역의 공급가액의 합계액이「국세기본법」제45조에 따른 수정신고 또는 법 제57조에 따른 결정과 경정(이하 이 항에서 "수정신고등"이라 한다)으로 3억원 이상이 된 경우 전자세금계산서를 발급하여야 하는 기간은 수정신고등을 한 날이 속하는 과세기간의 다음 과세기간과 그 다음 과세기간으로 한다.제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조 제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2009.12.8. OOO에서 쟁점사업장을 개업하여 부동산 임대업을 영위하고 있는 사업자로서, 2014.7.1.부터 임차인에게 쟁점사업장을 임대하였다. (나) 임차인은 2014년 수입금액 OOO원, 2015년 수입금액 OOO원으로「부가가치세법」상 전자세금계산서 의무발행 사업자이고, 2015년 제1기 매출과세표준 OOO원, 2015년 제2기 매출과세표준 OOO원 모두를 전자세금계산서로 발행한 사실이 국세청 전산망에 나타난다. (다) 청구인과 임차인은 2015.2.23. 임차인의 비용으로 쟁점사업장 부지에 건물 1개동(지하1층/지상3층, 연면적 611.04㎡)을 증축하여 10년간 무상사용후 소유권을 이전하는 것으로 하는 건물신축 사용계약을 체결하였다. (라) 임차인은 2015.3.10. 주식회사 OOO과 공사도급계약(공급가액 OOO원)을 체결하고, 2015.3.11. 공사에 착공하여 2015.7.24. 공장 건물을 준공한 후, 청구인 명의로 소유권보존등기를 하였다. (마) 처분청은 임차인이 공장 건물을 증축하여 청구인 명의로 소유권보존 등기를 한 것은 재화의 공급에 해당함에도 임차인이 2015년 제2기 부가가치세 매출(쟁점세금계산서 공급가액 OOO원)로 신고하지 아니한 사실을 확인하고, 2016.3.14. 쟁점세금계산서 공급가액을 매출누락으로 보아 가산세를 포함하여 경정·고지하였다.

(바) 청구인은 2015년 제2기 부가가치세 확정신고시 임차인으로부터 교부 받은 쟁점세금계산서(수기 작성, 작성일자 : 2015.7.31. 공급가액 OOO원)를 신고·누락하였다 하여, 2016.3.9. 처분청에 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2016.4.29. 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 환급하였다. (사) 임차인 회계담당자OOO가 작성한 확인서에 의하면, 공장 건물이 준공된 후 공사금액에 대해 전산으로 매출세금계산서를 발급하였어야 하나 바쁜 업무로 발급하지 못하고, 8월 15일경 수기로 매출세금계산서를 발행하였다고 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 건물의 공급시기에 맞추어 수기로 작성된 쟁점세금계산서를 정상적으로 교부받았다고 주장하나, 전자세금계산서의무발급 사업자인 임차인이 다른 거래에 대하여는 모두 전자세금계산서를 발행하였으나 청구인에 대하여만 수기로 된 쟁점세금계산서를 발행한 점, 임차인이 2015년 제2기 과세기간 내에 쟁점세금계산서를 정상적으로 발행하였다면 이에 대하여 임차인은 매출신고를 청구인은 매입신고를 했어야 함에도 불구하고, 청구인과 임차인 모두 신고기한에 부가가치세를 신고하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 작성된 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.