법인으로 보는 단체 승인 이전의 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

법인으로 보는 단체 승인 이전에 양도한 쟁점부동산은 「국세기본법」제13조 의 법인으로 보는 단체의 양도에 해당하지 아니하므로 처분청이 청구인을 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가.청구인은 OOO 소재의 교회로, OOO 취득한 OOO 건물 47.79㎡(부속토지 215㎡ 포함, 이하 “쟁점①부동산”이라 한다) 및 OOO취득한 같은 동 267-24 건물 136.50㎡(부속토지 502㎡ 포함, 이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①·②부동산을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO에게 공공용지 협의취득을 원인으로양도한 후 그 양도차익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보아 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

나.처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 관할 세무서장으로부터법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로, 쟁점부동산의 양도는양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당된다고 보아 OOO청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 OOO를 부여받아 사용하다가 OOO 사업자등록을 신청하여 OOO 처분청으로부터비영리종교법인(128-82-7****)으로 승인을 받았고, 쟁점부동산은청구인이 고유목적에 사용해온 것이므로, 쟁점부동산 양도차익은 양도소득세 과세대상이 아니라 법인세 비과세대상에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것이어서 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산과 같이 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른날을 양도시기로 보므로, 이 건 경우 쟁점부동산 양도일은 등기접수일인 OOO과 보상금지급일인 OOO 중 빠른 날인 OOO이라 할것인데, 청구인은 쟁점부동산 양도일 이후인 OOO에 비영리법인으로승인받았으므로, 청구인을 양도소득세 납세의무가 있는 거주자로 보아이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인으로 보는 단체 승인 이전의 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)제3조(과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것)제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(3) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것)제13조(법인으로 보는 단체)

① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

(4) 국세기본법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21937호로 개정되기 전의 것)제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인등)

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. ～

7. (생 략)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일 내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에「부가가치세법 시행령」 제8조제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서「법인세법」 제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 국세기본법 시행규칙(2009.12.31. 기획재정부령 제116호로 개정되기 전의 것)제5조의2(법인으로 보는 단체의 신청·승인등)

① 영 제8조 제1항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인신청은 별지 제6호서식의 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 의한다.

②영 제8조 제2항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인여부통지는별지 제6호의2서식의 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서에 의한다.

(6) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)제1조(납세의무)

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중「국세기본법」 제13조제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 OOO 쟁점부동산을 OOO에게 협의 양도한 이후인 OOO처분청에 법인으로 보는 단체 승인을 신청하여 OOO 이에 대한 승인(128-82-7****)을 받았고, 그 이전에는 납세번호(128-89-0****)만을 부여받아 사용한 것으로 확인된다.

(2)「법인세법」 제3조제3항 제5호에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에서 생기는 소득으로 하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다고 규정하고 있고,「국세기본법」 제13조제2항은 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 양도를「국세기본법」 제13조의 법인으로 보는 단체의 양도에 해당하므로 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산 양도일 이전에 청구인이 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우에는 위 규정을 적용할 수 있다 할 것이나(조심 2012중2479, 2012.10.22. 같은 뜻임), 청구인은 쟁점부동산 양도일(2009.2.6.) 이후인 2009.3.3. 처분청에 법인으로 보는 단체 승인신청을 하고 OOO 이에 대한 승인을 받은 사실이 확인되므로, 쟁점부동산 양도를 법인으로 보는 단체의 양도로 볼 수 없다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산 양도에 대하여 청구인을 거주자로보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.