매출·매입세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부(경정)

매입·매출세금계산서를 확인된 가공자료로 보기 어려운 측면이 있으므로 매입ㆍ매출분에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.3.19.부터 2005.6.30.까지 전동발전기 제조업을 운영한 법인으로 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 OO(이하 “쟁점①거래처”라 한다)로부터 공급가액 185,000천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고 주식회사 OO(이하 “쟁점②거래처”라 한다)에게는 공급가액 200,000 천원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서” 라 한다)를 발행 ·교부하고 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2009.3.4.～2009.4.7. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점매입세금계산서와 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없는 가 공세금계산서로 보아 2009.7.6. 청구법인에게 2004년 제1기 부가가치세 2,350,000원을 경정고지 및 손금불산입하여 상여처분한 104,500,000원을 소득금액변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점①거래처가 자료상혐의자라는 이유로 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 과세하였으나 쟁점①거래처와 전력선 모뎀개발용역계약을 체결하고 실제로 거래한 사실이 거래계약서, 송금영수증, 재무이사인 박경묵의 사실확인서, 매입원장 등에 의하여 확인되고, 또한 청구법인은 쟁점②거래처와 충전식 휴대용 X선 발생장치개발계약을 체결한 후 쟁점②거래처에게 매출세금계산서를 발행·교부하고 은행을 통해 대금을 송금받았으므로 쟁점매출·매입세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 금융계좌(OOOO OOOOOOOOOO-**-***)를 보면 2004.5.7 . 쟁점①거래처에게 300백만원을 송금한 사실은 확인되나, 실거래사실을 입증할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있고, 충전식 휴대용 X선발생장치 개발 및 제작에 따른 인건비, 원자재 매입내역 등 쟁점②거래처와의 실거래사실을 입증할 수 있는 증빙의 제시도 없으며, 쟁점②거래처로부터 2004.4.22. 20백만원, 2004.7.13. 200백만원을 지급받은 즉시 현금으로 출금한 사실이 확인되므로 쟁점매입·매출세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매출·매입세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 과세 및 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 제21조【재화의 공급】

① 사업장 관할세무서장, 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 법인세법 제67조【소득처분】 제60조 의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조 의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분 한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

① 법 제67조 의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자( 제87조 제2항 의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조 의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점①거래처와 전력선 모뎀개발용역계약을 체결하고 실제로 거래한 사실이 거래계약서, 송금영수증, 사실확인서, 매입원장 등에 의하여 확인되고, 쟁점②거래처에게 충전식 휴대용 X선 발생장치개발용역 등을 제공한 후 매출세금계산서를 발행·교부하고 은행을 통해 대금을 송금받았으므로 쟁점매출·매입세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2004년 제1기 부가가치세 과세기간중에 쟁점①거 래처로부터 공급가액 185,000천원의 쟁점매입세금계산서를 교부받은 사실과 쟁점②거래처에게 공급가액 200,000천원의 쟁점매출세금계산서를 발행·교부하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부한 사실이 부가가치세신고서 및 법인세 신고서, 매입처별세금계산서합계표 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인과 쟁점①거래처가 체결(2004.1.5.)한 개발용역 계약서를 보면 청구법인과 쟁점①거래처는 PLC USB Modemd용 주변기기 및 계측장비 및 소프트웨어 개발용역 계약을 272백만원(OOOO 110백만원 포함, 부가가치세 별도)에 체결한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 계좌이체를 통하여 쟁점①거래처로 쟁점매입세금계산서의 공급대가에 상당하는 금액을 아래 <표1>와 같이 송금한 사실이 나타나나, 동 금액을 되돌려 받은 사실은 확인되지 않는다. <표1 : 쟁점매입세금계산서 수취 및 송금내역> (OO O OO) (라) OO세무서장은 쟁점①거래처가 1과세기간 가공세금계산서 교부비율 50%이상으로 자료상 고발요건에 해당된다 하여 2008년 2월에 고발한 사실은 확인되나, 전액자료상이 아닌 일부자료상임이 자료상조사종결보고서 등에 의하여 확인된다.

(마) 쟁점①거래처의 재무이사로 재직한 바 있는 OOO의 사실확인서를 보면 쟁점①거래는 청구법인과 주변기기 및 계측장비 소프트웨어개발 용역계약을 체결한 사실이 있다고 기재되어 있다. (바) 청구법인과 쟁점②거래처가 체결(2004.1.5.)한 개발용역 계약서를 보면 청구법인과 쟁점②거래처는 충전식 휴대용 X선발생장치 개발용역 계약을 220백만원(부가가치세 포함)에 체결한 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점②거래처로부터 쟁점매출세금계산서의 공급대가에 상당하는 금액을 계좌이체를 통하여 아래 <표2>와 같이 송금받은 사실이 확인된다. <표2 : 쟁점매출세금계산서 발행 및 입금내역> (OO O OO) (아) 처분청이 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 쟁점②거래처의 관할 OO세무서장에게 통보하였으나 OO세무서장은 쟁점매출세금계산서 관련거래를 정상거래로 처리한 사실이 OO세무서 조사공무원의 과세자료처리보고서(2009.8.) 등에 의하여 확인된다.

(2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 쟁점①거래처는 전액자료상이 아닌 일부자료상인 사실이 확인되는 점, 청구법인이 쟁점①거래처에게 179백만원을 계좌이체한 사실이 나타나는 반면에 그 대금을 되돌려 받은 사실이 확인되지 않는 점, 쟁점②거래처의 관할 세무서장이 쟁점매출세금계산서 관련거래를 정상거래로 처리한 사실이 확인되는 점, 청구법인이 쟁점②거래처와 체결한 개발용역계약서를 제시하고 있고 220,000천원을 지급받은 사실이 예금통장 등에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점매입·매출세금계산서를 확인된 가공자료로 보기 어려운 측면이 있으므로 청구주장 매입·매출분에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.