특례부과제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

이 건 과세처분일 현재 일반적인 부과제척기간이 경과하였으나 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제1호에서 규정하고 있는 국세부과제척기간의 특례에 해당하여 1년 이내에 경정이 가능한 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.1.26. OOO(이하 “쟁점주택①”이라 한다)를 양도하고 양도소득세를 무신고 하였으나 같은 해인 2007.5.25. OOO(이하 “쟁점주택②”이라 한다)를 양도하고 양도소득세를 예정신고·납부하였으며, 2007.11.26. OOO(이하 “쟁점주택③”이라 한다)를 양도하고 쟁점②주택의 양도소득을 합산하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 2015.4.1. 쟁점주택①의 양도에 대하여 양도가액은 OOO원, 취득가액은 검인계약서상 가액 OOO원, 양도소득기본공제는 OOO원(청구인은 쟁점주택②·③에 대한 양도소득세 예정신고시 양도소득기본공제를 적용하였다)으로 하여 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다가 청구인이 제기한 이의신청에서 “취득가액을 환산가액 OOO원으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하라”는 인용결정을 받아 세액을 OOO원으로 감액 경정하였으며, 2015.9.4. 청구인이 제기한 심사청구에서 “쟁점주택①의 양도소득세의 부과처분은 양도소득기본공제 금액을 적용하여 과세표준과 세액을 경정하라”는 인용결정을 하였다. 이에 처분청은 2015.9.15. 쟁점주택①의 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 적용하여 OOO원을 환급결정하면서 쟁점주택②·③의 양도소득기본공제를 부인하여 OOO원 증액 경정하였고, 이를 차감한 OOO원을 최종 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.10.1. 이의신청을 거쳐 2015.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「국세기본법」제26조의2 제1항 제3호에서 ‘해당 국세를 부과할수 있는 날로부터 5년 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다’라고 규정하고 있고, 청구인은 쟁점주택②와 쟁점주택③에 대한 양도소득세를 2007.7.25. 및 2007.11.26. 각각 신고·납부하였다. 처분청은 등기소에서 통보받은 부동산등기자료나 국세청 전산자료 등을 통하여 쟁점주택①의 거래내역을 확인할 수 있었고, 청구인이 쟁점주택②·③과 관련하여 신고납부한 양도소득세에 대한 기본공제 적용 오류를 추가 고지할 기간이 충분히 있었음에도 불구하고 2015.9.15. 과세한 이 건 처분은 부과제척기간이 경과하였으므로 취소되어야 한다.

(2) 청구인이 제기한 심사결정에서 처분청은 쟁점주택①을 별도의 신고대상으로 판단하여 무신고 제척기간 7년을 적용하였으므로 쟁점주택②·③과 쟁점주택①은 별개의 결정이고, 또한 이 결정은 쟁점주 택①에 대한 과세처분에서 양도소득세 기본공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정하라는 것일뿐 청구인이 신고납부한 쟁점주택②·③과는 무관하며, 쟁점주택②·③의 양도소득세와는 적용세율이 달라 소득금 액 합산대상도 아니다. 또한 대법원OOO은 「국세기 본법」제26조의2 제2항 규정에 대하여 ‘과세권자로서는 당해판결 또 는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐 판 결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 이내라 하여 당해판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액결정까지 할 수 있다는 것은 아니다’라고 판결하였으므로, 처분청은 쟁점주택①에 대한 과세처분에 서 양도소득기본공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정할 수 있을 뿐 결정이 확정된 날로부터 1년 이내라 하여 당해 결정에 따르지 아니하 는 쟁점주택②·③에 대한 증액경정결정까지 할 수 있는 것은 아니다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2007.1.26. 쟁점주택①을 양도하고, 2007.5.25. 및 2007.11.26.에 쟁점주택②와 쟁점주택③을 각각 양도하여 심사결정일현재 3건 모두 부과제척기간이 경과되었으나, 「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호에서 규정하고 있는 국세부과제척기간의 특례에 해당하여 그 결정을 받은 날로부터 1년 이내에 경정·결정이 가능하다.

(2) 「소득세법」제103조 제1항 및 제2항에 의하면 양도소득기본공제는 각각 소득별로 당해 연도의 양도소득금액에서 연 OOO원을 공제하는 것으로 규정하고 있고, 쟁점주택①과 쟁점주택②·③에 대 하여 양도소득 기본공제를 각각 적용하게 되면 청구인은 연 OOO원 을 공제받게 되는 것이며, 쟁점주택①의 양도소득에 기본공제를 적용하 게 되면 쟁점주택②·③의 기본공제를 부인하는 것은 심사결정에 따른 기타 필요한 처분이므로, 이를 새로운 처분으로 보거나 증액경정 결정으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

심사청구 인용결정에 따라 2007년 귀속 쟁점주택①의 양도소득에 대한 기본공제를 적용하여 경정감하면서 부과제척기간 특례 규정에 의거하여 쟁점주택②·③의 기본공제를 부인하여 경정할 수 있는지 여부 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제26조의2 [국세 부과의 제척기간]

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따 른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

(2) 소득세법 제94조 [양도소득의 범위]

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하 는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제103조 [양도소득기본공제]

① 양도소득이 있는 거주자에 대하여는 다음 각 호의 소득별로 당해연도의 양도소득금액에서 각각 년 250만원을 공제한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득. 다만, 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산의 양도소득금액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 조세특례제한법 기타 법률의 규정에 의한 감면소득금액이 있는 때에는 당해 감면소득금액외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 감면소득금액외의 양도소득금액 중에서는 당해연도 중 먼 저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순차로 공제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택①을 2003.5.30. 취득하여 2007.1.26. 양도하였 으나 양도소득세를 신고하지 않았고, 쟁점주택②를 2007.5.25. 취득하 여 같은 날 양도하고 양도소득세를 예정신고·납부하였으며, 쟁점주택

③ 을 2007.5.30. 취득하여 2007.11.26. 양도하고 쟁점②주택의 양도소득과 합산하여 양도소득세를 예정신고·납부한 사실이 확인된다. (

2) 처분청은 2015.4.1. 쟁점주택①에 대한 양도소득세 무신고 결정을 하였다가 이의신청결정에 따라 쟁점주택①에 대한 취득가액을 환산가 액으로 적용하였으며, 2015.9.15. 심사청구결정에 따라 쟁점주택②·

③ 의 양도소득세 예정신고시 기 공제한 기본공제를 부인하면서 쟁점주택

① 의 양도소득에 기본공제를 적용하여 차액인 OOO원을 환급경정하였다.

(3) 관련 심사청구결정서의 주요 내용에 의하면, 청구인은 「소득세법」제103조 제2항의 규정인 양도소득기본공제는 양도자산별로 적용세율이 다른 경우 자의적인 적용으로 산출세액이 달라지는 것을 방지 하기 위한 강제 규정이므로 쟁점주택①의 양도소득세 계산시 먼저 적 용되어야 한다는 취지로 심사청구를 제기하였고, 국세청장도 적용세율 60%의 쟁점주택①이 적용세율 50%의 쟁점주택②·③보다 먼저 양도되 었고, 쟁점주택①의 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 적용함이 납세자에게 보다 유리할 것이므로 쟁점주택①의 경정시 양도소득 기본공제를 우선 적용함이 타당하다고 판단하였다.

(4) 청구인은 처분청이 7년간 결정을 지연하여 과도한 가산세가 부과 되었고, 이에 양도소득금액 OOO원의 108.5%에 해당하는 세액 OOO원이 과세되었으며, 국세청 심사결정은 신고한 쟁점주택②·③에 대한 양도소득세 부과처분은 5년, 무신고한 쟁점주택①에 대한 부과처분은 7년의 제척기간이 적용되어야 한다고 보아 청구인의 주장 을 기각하였는바 이러한 논거에 따라 청구인이 신고한 쟁점주택②·③에 대한 양도소득세 부과제척기간은 5년이 적용되어야 하므로 양도소득기본공제 부인 처분도 할 수 없다고 추가 주장하였다. (

5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2007년도 중에 쟁점주택①·②·③을 양도하여 이 건 과세처분일 현 재 3 건 모두 부과제척기간이 경과하였으나 「국세기본법」제26조의2 제2 항 제1호에서 규정하고 있는 국세부과제척기간의 특례에 해당하여 1년 이내에 경정이 가능한 점, 「소득세법」제103조 제1항에서 양도소득이 있는 거주자에 대하여 소득별로 당해연도의 양도소득금액에서 각각 연 OOO원을 공제하는 것으로 규정하고 있고, 쟁점주택①·②·③은 모두 「소득세법」제94조 제1항 제1호에 속하는 소득이며, 모두 같은 연도에 양도하여 이를 합산하여 양도소득세를 산출하여야 할 것으로 보이는 점, 쟁점주택②·③에 대한 경정은 동일사안에 대한 쟁점주택①과 연결된 처분으로 보이고, 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하므로 이를 두고 새로운 처분을 하거나 증액경정 결정으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 심사결정에 따라 무신고한 쟁점주택①에 양도소득기본공제를 적용하여 양도소득세 과세 표준과 세액을 경정하면서 국세부과제척기간 특례규정에 따라 쟁점주택 ②·③의 양도소득기본공제를 부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.