다주택자에 대한 중과세율을 적용함에 있어 장기임대주택 해당여부(기각)

청구인은 쟁점주택이 1세대 3주택 중과세에서 제외되는 장기임대주택이라고 보아 일반세율로 과세하여야 한다고 주장하나 쟁점주택은 소득세법에 의한 장기임대주택에 해당한다고 볼 수 없으므로 중과세율을 적용한 처분은 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 주택임대업을 영위하고 있는 사업자로서 임대주택 중 2002.5.17 취득한 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOO OOOOOOOOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 2008.7.8. 양도하고 일반세율을 적용하여 양도소득세 26,339,800원을 신고하였다.

나. 처분청은 청구인을 1세대 3주택자로 보아 중과세율 등을 적용 하여 2009.9.28. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 56,671,710원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

사업자등록은 과세자료의 양성화 등에 의하여 근거과세 및 공평과세를 실현하는데 그 목적을 두고 있으며, 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 위와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과할 뿐이다. 아울러, 소규모로 주택임대업을 영위하는 납세자는 자치단체에 임대사업자로서 등록만 마친다면, 관할 세무서에는 굳이 사업자등록을 하지 않더라도 자치단체에서 세무서로 임대사업자등록사실을 통보하고, 이런 사실을 통보받은 관할 세무서에서는 처음부터 과세가 제외되는 납세자에 대하여는 아예 사업장현황신고 또는 종합소득세 신고 안내 조차하지 않도록 내부업무처리 지침을 정하여 시행하고 있었으므로 비과세대상인 청구인으로서는 관할 세무서에 면세 사업자 등록을 할 필요성을 전혀 느끼지 못하였다. 이와 같이 사업자등록은 모두 과세관청의 원활한 조세 실무의 집행을 위한 것에 불과하고, 청구인으로서는 자치단체에서 세무서로 임대사실이 자동통보되는 것으로 믿고 굳이 면세 사업자등록사실을 통보하지 않은 것일 뿐이며 더 나아가 임대주택의 임대사업으로 인하여 조세(종합소득세)를 탈루한 사실도 전혀 없는 이상, 쟁점주택을 1세대 3주택 중과세에서 제외되는 장기임대주택으로 보아 일반세율로 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호에 의하면 장기임대주택은 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조 에 의한 임대사업자등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 경우에 한하고 있으며, 한시적으로 2003.10.29. 현재 「임대주택법」에 규정한 임대사업자등록을 한 자는 2004.6.30.까지 관할 세무서에 사업자등록을 하면, 「임대주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자 등록일 현재 「소득세법」 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있어 세무서에 사업자등록을 필수적으로 할 것을 명시하고 있는 바, 청구인은 2004.6.30. 이후인 2007.4.16. 사업자등록을 하여 「소득세법 시행령」 제167조의3 에서 규정한 요건을 충족하지 못하고 있어 장기임대주택에 해당되지 않으 므로 다주택자에 대한 중과세율 등을 적용하여 과세한 처분은 정당하다 .

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 기존사업자기준일(2003.10.29.) 현재 「임대주택법」 제6조 에 의한 임대사업자등록은 하였으나, 2004.6.30.까지 「소득세법」 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니한 경우, 임대대상 주택이 「소득세법 시행령」 제167조의3 의 규정에 의한 1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의

3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 「부가가치세법」 제5조 의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다.

(2) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등" 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때 에는 「임대주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 관련 등기부등본, 사업자등록증 등 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음 사실이 확인된다. (가) 쟁점임대주택 양도 당시 청구인 세대는 아래 <표>와 같이 3주택을 보유하고 있었다. <표> 쟁점임대주택 양도당시 청구인 세대 주택보유 현황 (나) 청구인은 쟁점임대주택을 포함한 위 2채의 임대주택과 관련하여 2002.5.6. 「임대주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나, 2007.4.16. 「소득세법」 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 하였다.

(2) 「소득세법 시행령」제167조의3 은 장기임대주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한다고 규정하면서 그 범위를 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조 에 의한 임대사업자등록을 한 장기임대주택으로 하되, 다만, 2003.10.29.(기존사업자기준일) 현재 「임대주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004.6.30.까지 위 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 「소득세법」 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계와 법령의 내용을 종합하면, 2003.10.29.(기존사업자기준일) 이전부터 주택임대사업을 영위한 청구인은 기존사업자기준일 현재 「임대주택법」 제6조 에 의한 임대사업자등록을 하고 적어도 2004.6.30.까지는 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록까지 마쳤어야 함에도, 2007.4.16.에 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록을 한 이상, 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3 에서 규정한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되는 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다(조심 2009서1213, 2009.5.1., 같은 뜻임).

(4) 따라서, 처분청에서 청구인을 1세대 3주택 보유자로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 보인다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.