조특법 63조에 의한 중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 배제한 처분의 당부(취소)

공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시하였으나 법인등기부상은 본점을 이전하지 않은 경우 수도권 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면은 적용됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1992.1.3. 설립하여 필기잉크·방향유·접착제·산업용 윤활유를 제조·판매하는 법인으로, 「조세특례제한법」제63조 에 의한 수도권 과밀억제권역(이하 “수도권”이라 한다) 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면규정을 적용하여 2004사업연도에 38,406,416원, 2005사업연도에 37,066,464원을 세액감면하여 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 「조세특례제한법」제63조 에 의한 세액감면요건의 적용대상에 해당하지 아니한다 하여 세액감면을 부인하고 2009.2.16. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 54,686,890원, 2005사업연도 법인세 48,720,160 합계 103,407,050원 을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「국세기본법」제14조 에서 규정하는 실질과세원칙에 의하여 형식과 명칭 여하에 불구하고 공장 및 본점의 사실상 이전일을 기준으로 세법을 적용하여야 하는 바, 본점 이전일이라 함은 공장 및 본점의 인적·물적 설비를 철수하여 실제 이전한 날을 의미하므로, 수도권 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면요건의 충족 여부는 공장 및 본점의 사실상 이전일을 기준으로 판단하여야 하며, 청구법인은 2001.12.22. 구공장을 폐쇄하고 신공장을 설립하고 2002년 1월부터 OOO OOO OOO OOO 158에서 사실상 본점 업무를 수행하였으므로 「조세특례제한법」제63조 에 의한 세액감면요건을 충족하였음에도 이를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOOOO OOO OOO 639-18에 소재한 공장을 2002.7.15. 폐쇄한 후 같은 동 639-17 및 OOOOO OOO OOO 1459을 사업장으로 하여 사업 자등록정정신고를 하였다가 1년 4개월 후인 2003.11.27. OOO OOO OOO OOO 158로 사업장을 이전하여 사업을 개시한 사실이 법인등기부 등에 의하여 확인되고, 청구법인 스스로 2003년 국세청장에게 2002.7. 공장을 OOO OOO로 이전하고 지점등기한 뒤, 본점은 2003.10. 같은 지역으로 이전하여 사업을 개시하였다고 질의한 점 등으로 보아 이 건은 수도권 안에 소재하는 공장을 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권 외의 지역에서 사업을 개시한 경우로 인정되지 아니하는 만큼, 「조세특례제한법」제63조 에 의한 수도권 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

구공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우로 보아 「조세특례제한법」제63조 에 의한 수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 배제하고 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 조세특례제한법 제63조【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2003년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(3) 조세특례제한법 시행령 제60조【수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」,「수질환경보전법」또는 「소음ㆍ진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 후 이전 일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 「조세특례제한법」제63조 에 의한 수도권 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면규정을 적용하여 2004 및 2005사업연도에 법인세를 신고한 것에 대하여, 처분청은 청구법인이 감면요건에 해당하지 아니한다 하여 세액감면규정의 적용을 배제하고 법인세를 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청은 청구법인이 OOOOO OOO OOO 639-18에 소재한 공장을 2002.7.15. 폐쇄한 후 같은 동 639-17 및 같은 구 OOO 1459에 사업 자등록정정신고를 하였다가 1년 4개월 후인 2003.11.27. OOO OOO OOO OOO 158로 사업장을 이전하여 사업을 개시한 사실이 법인등기부 등에 의하여 확인되고, 2003년 국세청장에게 2002.7. 공장을 OOO OOO로 이전한 뒤 지점등기하고 본사는 2003.10. 같은 지역으로 이전하여 사업을 개시하였다고 질의하는 등 수도권에 소재하는 공장을 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하지 아니하였다는 이유로 「조세특례제한법」제63조 에 의한 수도권 외 지역이전중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 부인하였다.

(3) 청구법인은 법인등기부상 본점이 수도권으로 등재되어 있기는 하나 사실상 구공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시한 만큼 「조세특례제한법」제63조 에 의한 감면요건을 충족하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1992.1.3. 설립하여 필기잉크·방향유·접착제·산업용윤활유를 제조·판매하는 법인으로 과세시점 현재 종업원 20명 미만이고 연간매출액이 40억원 이하로서 중소기업 해당요건(제조업으로서 상시종업원수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하)을 충족하고, 사업장 소재지인 OOO OOO OOO은 「조세특례제한법 시행령」제60조 별표7에서 규정한 수도권 외의 지역에 해당하는 사실 등이 법인등기부 및 관련법령에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 공장 및 본점을 사실상 이전하면서 법인등기부상 본점 소재지를 등재하지 못한 사유를 살펴보면 다음과 같다.

1) 청구법인은 당초 공장 및 사업장 소재지인 OOOOO OOO OOO 639-18에 대한 임대차계약이 2001.12.31. 해지되었으나, 2001.12.23.부터 2002.7.15.까지 법인등기부 및 사업자등록증상 본점 소재지를 변경 하지 아니하다가 2002.7.15.(법인등기부 2002.7.2.) 공장 소재지에 지점을 설치하면서 동일자로 본점 소재지를 대표이사 주소지인 OOOOO OOO OOO 639-17로 변경한 뒤에 이를 매각(소유권이전등기: 2002.11.29.)하자 다시 대표이사의 변경된 주소지(임차아파트)인 OOOOO OOO OOO OOOO OO아파트 105-302호로 변경등기한 사실이 법인등기부상에 나타난다. 2)「상업등기법」 제30조(등기할 수 없는 상호)에 동일한 특별시·광역시·시 또는 군 내에서는 동일한 영업을 위하여 다른 사람이 등기한 것과 확연히 구별할 수 있는 상호가 아니면 등기할 수 없다고 규정하고 있고, 청구법인과 유사상호를 사용하는 다른 법인인 주식회사 OO산업이 주택건설업 등을 영위하며 2000.5.16. OOO OOO OOO 316-4를 본점 소재지로 하여 등기한 사실이 해당 법인등기부에 의하여 확인되고, 청구법인은 법인의 상호가 동일하면 업종과 관계없이 법인 등기부상 이전 등기를 할 수 없으며 상호가 동일하지 아니하고 유사한 경우라도 법인 이전등기가 되지 아니한다는 취지의 내용으로 답변한 확인서를 제시하고 있다.

3) 청구법인은 사실상의 사업장을 법인 소재지로 하는 사업자등록정정신청을 하기 위하여 상호를 주식회사 OO산업에서 주식회사 OO테크로 변경(2003.11.25. 변경등기)하며 실제 사업장인 OOO OOO OOO OOO 158을 본점 소재지로 하여 2003.12.1. 변경등기한 사실이 법인등기부에 등재되어 있다.

4) 위 내용을 종합하면, 청구법인이 OOO OOO에 동일한 상호를 사용하는 다른 법인인 주식회사 OO산업이 있었고, 동일한 시·군내에 동일한 상호를 사용하는 법인이 전입할 경우 「상업등기법」제30조 에 의하여 법인변경등기를 할 수 없어서 공장 및 본점 이전시점에 바로 법인등기부상 변경등기를 하지 못하고 수도권 내에 있는 대표이사 주소지를 본점 소재지로 하여 형식적인 변경등기를 하였다는 청구주장이 신빙성이 있다. (다) 청구법인이 법인등기부상 본점 소재지인 OOOOO OOO에서 본점업무를 수행하지 아니하고 공장 및 지점 소재지인 OOO OOO OOO에서 사실상 본점업무를 처리하였는지 여부를 살펴본다.

1) 법인등기부상 본점 소재지로 등재되어 있는 OOOOO OOO OOO 639-17 연립주택 1층 5호는 대표이사 서OO의 거주지로서 전용면적이 76.99㎡이고, OOOOO OOO OOO 1459 OO아파트 105-302호 또한 서OO의 거주지로 면적이 164.25㎡인 만큼, 청구법인이 위 연립주택과 아파트에서 인적·물적 설비를 갖추고 사업장으로 사용하였다고 보기는 어렵고, 또한 청구법인이 OOOOO OOO OOO 639-17 연립주택 1층 5호 및 같은 구 OOO OO아파트 105-302호에서 본점업무를 수행하였다면 통신비 등을 많이 지출하였을 것이나 통신비가 월 평균 3만 ～ 4만원으로 일반 가정집 수준이고 비용으로 계상한 사실도 없으며, 2002년 이후에는 공장 및 본점에 대한 임차료가 발생하지 아니한 사실이 결산서, 통신요금 납부사실증명원 등에 의하여 확인된다.

2) 청구법인의 사업장인 OOO OOO OO면의 공장 및 사무실현황은 아래와 같음이 건축물대장에 등재되어 있으며, OOOOO OOO OOO OOOOOO 구공장(면적 423.94㎡)에서 OOO OOO OOO OOO 158 신공장(면적 988.8㎡)으로 사업장을 확장·이전하기 위하여 2001.7.21. 주식회사 OOOO와 제조설비 추가구입계약을 체결하였고 계약조건에 따라 기존설비의 이전 및 설치를 2001.12.22. 완료한 사실이 계약서, 견적서, 세금계산서 및 매입처별세금계산서합계표, 구공장 건축물대장 등에 나타난다.

3) 청구법인은 2001.12.31.까지는 OOOOO OOO OOO 639-18에서 공장 및 사무실 임차료가 아래와 같이 발생하였으나, 2002년 이후에는 임차료가 발생하지 아니하고 사업장을 이전함에 따 라 사원 숙소인 OOO OOO OOO OOOO OOOOO OOOOOOO O에 서 임차료가 발생한 사실이 지급임차료 계정별원장(2001 ～ 2003년) , 임대 차계약서(사원 숙소), 세금계산서(차량 임차료) 등의 증빙서류에 의하여 확인된다. (OO O OO)

4) 청구법인의 OOOOO OOOOO(OOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOO OOOOOOO)은 2001.12.21. 및 2001.12.22. 해지되어 OOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOOOOO로는 통화가 불가능하며, 해지된 전화번호에 타지역 서비스를 신청하여 그 번호로 전화가 오면 OOO OOO OOO OOOO OO(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOOOOO)로 연결되도록 한 사실이 서비스번호 변동이력조회표, 가입전화 가입원부 등록사항 증명서, 전화가입권 해지 문의에 대한 답변문서에 의하여 확인되고, 2004.12.17. 타지역 서비스를 해지하고 전화번호 변경안내를 신청하여 사용하다가 2005.6.17. 해지하고, 2001년 12월 전화사용분은 OOOOO OOO OOO으로 청구된 반면, 2002년 1월 전화사용분부터는 OOO OOO OOO 사업장으로 청구된 사실이 수납자료조회(전화요금), 계정별원장 등에 나타난다.

5) 청구법인은 2001년 12월 이전에는 OOOOO OOO OOO OOO O OO전화국에서 우편물 발송 및 전화요금 납부 등의 업무를 처리하였으나, 2002년 1월 이후부터는 OOO OOO OOO 우체국 및 OOO OOO OO우체국, OO기업은행 OO지점 등에서 처리한 사실, 전기료는 2001년 12월 이후부터의 전기료는 OOO OOO OOO 사업장에서만 발생하거나 비용처리한 사실, 수도료는 2002년 1월까지는 OO수도사업소(OOO OOOO OOO OOOO OOO OOO)에서 청구되고 다른 지역에서 청구되거나 비용처리한 사실이 없음이 계정별원장 및 지출과 관련한 증빙서류(통신비·전력비·가스수도료·수도광열비) 등에 의하여 확인된다.

6) 위 내용을 종합하면, 청구법인은 당초 사업장인 OOOOO OOO OOO 639-18의 임대차계약이 2001년에 해지되자 2002.7.15. OOO OOO OOO OOO 158에 공장 및 본점 등기를 하고자 하였으나 같은 지역에 동일한 상호를 사용하는 법인이 이미 등록되어 있어 공장 및 지점만 등기하고 본점 소재지는 OOOOO OOO에 소재한 대표이사 거주지에 등기하였다는 청구법인 주장이 설득력이 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인은 지점사업자 등록일인 2002.7.15. 이전에 OOO OOO OOO OOO 158에서 사실상 본점 업무를 수행한 것으로 보인다.

(라) 처분청은 청구법인이 2003.10.17. 국세청장에게 질의하여 받은 회신(OOOOOOO OOOOO, OOOOOOOOOOO)에 2002년 7월 공장을 OOO OOO로 이전하여 지점등기하고 본점은 2003년 10월 같은 지역으로 이전하여 사업을 개시하였다는 질의내용을 근거로 하여 구공장을 폐쇄한 뒤 1년 이상 경과한 후에 본점을 이전하였다는 의견이나, 동 질의내용을 살펴보면 「조세특례제한법」제63조 에서 공장시설(본점 포함)을 전부 이전하고 2003.12.31.까지 사업을 개시하면 세액감면한다고 규정하고 있어 그 공장시설은 같은법 시행령 제60조 에서 규정하는 공장과 다른 개념으로 보아 세액감면요건을 갖추고 본점을 2003.12.31.까지 수도권 외의 지역으로 이전하기만 하면 감면을 한다는 의미인지 여부와 관련하여 청구법인이 사실관계를 나열하지 아니하고 사업자등록증상 이전일을 기준으로 일부 수정(사업자등록증상 이전일은 2003.11.28.이고 질의서는 2003.10.로 표기)하여 질의한 것이지, 본점 이전일이 법인등기부상 이전일인지 사실상 이전일인지 여부에 대한 질의내용은 아닌 것으로 보임에도, 구체적 사실관계를 고려하지 아니하고 청구법인이 2003년 10월 OOO OOO OOO으로 본점을 이전한 사실을 시인하였다고 단정하는 것은 불합리하여 보인다. (마) 본점 이전일은 법인등기부 및 사업자등록변경일 등을 기준으로 판단하는 것이 원칙이나 법인등기부와 달리 본점을 실제 이전한 사실이 확인된다면 실질과세원칙을 적용하여 법인등기부상 이전일이 아니라 실제 이전일을 본점 이전일로 보아야 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)O

(3) 살피건대, 실질과세원칙상 본점 이전일은 법인등기부상 등기이전일이 아니라 실제 이전일인 점, 사업장 이전 지역인 OOO OOO OOO에 동일한 상호를 사용하는 법인이 이미 있어 사실상 공장 및 본점을 이전하고도 사업자등록증 및 법인등기부를 변경하지 못한 불가피한 사유가 있었던 점, OOOOO OOO OOO 639-18 구공장에서 OOO OOO OOO OOO 158 신공장으로의 이전을 완료한 2001.12.22.이 구공장 폐쇄일 및 신공장 설립일로 보이는 점, 법인등기부상 본점(OOOOO OOO OOO O OOO)은 대표이사가 거주하는 주택으로 2002년 이후부터 본점 업무를 수행한 흔적인 비용지출내역이 없고 OOO OOO 사업장에서 2002년 1월부터 임차료, 전화료 등의 비용이 발생한 점, 청구법인이 법인등기부와는 달리 OOO OOO에서 사실상 본점 업무를 수행한 증빙자료를 제시하고 있는 반면, 처분청은 법인등기부상 본점 소재지에서 본점 업무를 수행하였다는 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 OOOOO OOO OOO 639-18에서 OOO OOO OOO OOO 158로 본점을 이전한 후 2002년 1월경부터 사실상 본점 업무를 수행한 것으로 인정된다.

(4) 그렇다면, 청구법인이 구공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시하지 아니하였다 하여 「조세특례제한법」제63조 에 의한 수도권 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면의 적용을 배제하고 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.