취득시 비거주자였으나 양도 당시 거주자인 경우 쟁점주택의 전체보유기간에 대해 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

처분청이 청구인의 양도소득 계산시 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 비거주자로서 보유한 기간을 제외한 후 거주자로서 보유한 기간인 3년에 대하여만 우대공제율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2010.1.27. 비거주자로서 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 증여받아 2019.10.28. 거주자로서 양도한 다음 쟁점주택의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고, 양도가액 9억원 이하인 부분은 일시적 1세대 1주택 비과세 대상으로 하며, 양도가액 9억원을 초과하는 부분에 대해서는 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제율(이하 “우대공제율”이라 한다) 중 보유기간 9년 이상에 해당하는 72%를 적용한 후 납부세액을 OOO원으로 하여 2019.11.26. 양도소득세를 예정 신고·납부하였다.

나. 처분청은 장기보유특별공제액 산정시 OOO에 따라 청구인이 비거주자로서 보유한 기간에 대해서는 이를 제외하여 쟁점주택의 총 보유기간인 9년에 해당하는 공제율 18%(이하 “일반공제율”이라 한다)와 거주자로서의 보유기간인 3년에 해당하는 우대공제율 24% 중 큰 공제율(이하 “쟁점공제율”이라 한다)을 적용하여 2020.9.14. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 장기보유특별공제의 일반적인 공제율과 우대공제율을 비교하여 큰 공제율을 적용하는 쟁점공제율의 산정 방식은 국세청의 자의적인 해석(OOO 이하 “쟁점해석”이라 한다)에 의한 것이어서 조세법률주의에 위배된다.

(2) 소득세법령에서는 양도자가 비거주자인 경우 우대공제율의 적용을 배제한다고만 규정되어 있을 뿐 청구인과 같이 양도자가 비거주자이었다가 거주자인 지위에서 부동산을 양도한 경우에 대해서는 별도의 규정이 없다.

(3) 청구인은 거주자의 지위에서 쟁점주택을 양도하였으므로 법문에 따라 쟁점주택의 전체보유기간에 대하여 우대공제율이 적용되어야 한다.

(4) 청구인이 쟁점주택을 양도한 시점은 2019.10.28.로서 쟁점해석이 생성(2019.11.29.)되기 전이므로 쟁점해석을 근거로 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된다.

(5) 비거주자가 부동산을 양도할 경우 전체보유기간에 대해 우대공제율을 적용하지 아니하는 것과 동일하게 청구인과 같이 거주자의 지위에서 부동산을 양도하는 경우 전체보유기간에 대해 우대공제율을 적용하는 것이 합리적인 해석이다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」 개정으로 2010.1.1. 이후 양도분부터 비거주자는 장기보유특별공제의 적용을 배제하였으므로 이 건 처분이 세법해석의 기준이나 소급과세금지의 원칙에 위배되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간(2010.1.27.～2015.12.31.)도 거주자로서 보유한 기간에 포함되어야 한다는 청구주장은 법령상 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 전체보유기간에 대해 우대공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점주택 보유기간 및 거주자 여부는 다음 ＜표1＞과 같이 1992.5.14. 출국하여 2011.3.16. 국적상실 말소신고를 하였다가 2016.5.24. 국내에 거소를 등록함에 따라 쟁점주택의 보유기간(2010.1.27.～2019.10.28.) 중 비거주자인 기간은 2010.1.27.～2016.5.23. 기간 동안이라는 점에 대해서는 당사자 간 이견이 없다.

＜표1＞ 청구인의 쟁점주택 보유기간 및 거주자 여부 OOO (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 거주자로서 보유한 기간이 3년이므로 쟁점주택의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제율 적용시 우대공제율 중 3년에 해당하는 100분의 24와 일반공제율 중 9년에 해당하는 100분의 18 중 큰 공제율인 100분의 24를 적용하여야 한다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 축소해석할 수 없는바(OOO), 「소득세법」제95조 제4항은 ‘장기보유특별공제를 적용하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일로부터 양도일까지로 한다’고 규정하고 있을 뿐 비거주자로서 보유한 기간을 제외한다는 별도의 규정이 없는 점, 청구인은 거주자인 상태로 양도하였으므로, 비거주자의 주택 양도시 1세대1주택 비과세 적용 및 장기보유특별공제 시 우대공제율 적용을 배제하도록 하고 있는 「소득세법」제121조 제2항 단서조항을 적용할 여지가 없는 점, 1세대1주택자가 비거주자로서 양도하는 경우 거주자로서 보유한 기간을 고려하지 않고 전체 기간에 대하여 일반공제율을 적용하도록 하고 있는 점을 고려하면, 거주자로 양도하는 경우 또한 비거주자로서 보유한 기간을 고려하지 않고 전체 기간에 대하여 우대공제율을 적용하는 것이 법해석 형평상 맞는 것으로 보이는 점, 다주택을 보유하던 거주자가 양도시에만 1세대1주택인 경우에도 장기보유특별공제율 적용시 다주택 보유기간을 제외하지 않고 전체 기간에 대해 1세대1주택 우대공제율을 적용하고 있는 점에 비추어도, 비거주자로서 보유기간을 제외하지 않고 총 기간을 대상으로 우대공제율을 산정하는 것이 법해석상 일관성이 있는

것으로 보이는 점, 위와 같은 점들을 고려하여 우리원에서도 거주자가 1세대1주택 양도시 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 총 보유기간 중 비거주자로서의 보유기간이 있더라도 이를 배제하지 않고 전체 보유기간에 대하여 우대공제율을 적용하도록 결정(조심 2021중2959, 2022.1.7.)한 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 양도소득 계산시 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 비거주자로서 보유한 기간을 제외한 후 거주자로서 보유한 기간인 3년에 대하여만 우대공제율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제1조의2【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “거주자”란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.

2. “비거주자”란 거주자가 아닌 개인을 말한다. 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표 1

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 6

4년 이상 5년 미만

100분의 8

5년 이상 6년 미만

100분의 10

6년 이상 7년 미만

100분의 12

7년 이상 8년 미만

100분의 14

8년 이상 9년 미만

100분의 16

9년 이상 10년 미만

100분의 18

10년 이상 11년 미만

100분의 20

11년 이상 12년 미만

100분의 22

12년 이상 13년 미만

100분의 24

13년 이상 14년 미만

100분의 26

14년 이상 15년 미만

100분의 28

15년 이상

100분의 30

표 2

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상 11년 미만

100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 소득세법 시행령 (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

(3) 소득세법 시행령 (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것) 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. ＜부칙＞ (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제3조【장기보유특별공제에 관한 적용례】제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간