신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우의 감면소득은 소득금액 차감방식으로 산정할 수 있는지 여부 등

「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있으므로, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도한 이 건 양도소득세 과세처분은 감면대상 소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.7.31. OOO 소재 주택(대 245㎡, 건물 103.73㎡로, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 2001.9.11. 이를 철거하여 멸실하고, 같은 지번상에 다세대주택(12세대)을 신축(사용승인일: 2002.1.4.)하여 보유하던 중 2007.2.2.에 2세대(201호, 203호), 2007.2.5.에 2세대(202호 및 303호), 2007.9.6.에 1세대(302호) 등 합계 5세대(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 총 OOO원에 양도하고 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 규정을 적용하여 2007.4.27.(2007년 2월 양도분) 및 2007.11.27.(2007년 9월 양도분)에 쟁점신축주택에 대한 총산출세액 OOO원 중 OOO원을 감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2012.8.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.18. 이의신청을 거쳐 2013.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

종전주택을 당초부터 철거목적으로 취득하였고, 취득 직후 철거·멸실하고 쟁점신축주택을 신축하였으므로 종전주택의 보유로 인하여 발생한 이익이 없음에도 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 계산하여 감면배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조특법상 신축주택취득자에 대한 양도소득세감면은 신축주택의 취득일부터 5년 이내 양도한 때까지 발생한 소득으로 한정하고 있으므로조특법 시행령 제99조의 3항 및 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 쟁점신축주택의 감면소득금액으로 보아 청구인이 과다신고한 감면소득금액을 부인한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종전주택을 취득하였다가 이를 멸실하고 신축한 쟁점신축주택을 양도한 경우 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부

② (직권심리) 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도한쟁점신축주택에 대한 양도소득세를 소득금액 차감방식이 아닌 세액감면 방식으로 계산한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.제40조 (구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도

소득

금액

×

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 기준시가

양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가

(3) 소득세법제90조 (양도소득세액의 감면) 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고서 및 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 쟁점신축주택은 청구인 소유의 구주택을 철거하고 자기가건설하여조특법 제99조의3의 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’에 사용승인(2002.1.4.)받은 사실이 집합건축물대장 등에 의하여 확인되므로 ‘양도소득세 과세특례’적용을 받는 신축주택에 해당된다.(나) 청구인은 자기가 건설한 다세대주택 중 5세대{(2007.2.2.에 2세대(201호, 203호), 2007.2.5.에 2세대(202호 및 303호), 2007.9.6.에 1세대(302호)}를 양도(총양도가액 OOO원)하고 실지거래가액에 의하여양도차익(OOO원)을 계산하고 장기보유특별공제액(OOO원)을차감한 OOO원을 양도소득금액으로 산정한 후조특법 제99조의3에 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 이유로 OOO원을 감면소득으로 신고하였고, 처분청은 쟁점신축주택이조특법 제99조의3에 규정한 신축주택취득기간에 사용승인받은 주택에해당되어 신축주택 감면요건은 충족하나, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 청구인이 신고한 감면소득금액 중조특법 시행령 제40조제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 감면소득금액 OOO원을 초과한OOO,OOO,OOO원에 대하여는 감면부인하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다.거주자가 자기가 건설하여 취득한 신축주택(2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지 기간 중에 사용승인 또는 사용 검사를 받은 신축주택을 말한다)을 양도하는 경우조특법 제99조의3규정에 따른 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은조특법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바,조특법 시행령 제40조제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득 당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘쟁점종전주택의 취득 당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻).

따라서, 청구인이 신고한 쟁점신축주택의 양도에 대한 감면대상소득 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상소득에서 배제한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다.청구인은 쟁점신축주택을 2002.1.4. 취득하여 5년이 경과된 2007.2.2.과 2207.2.5. 및 2007.9.6.에 각각 양도하였고, 처분청은 쟁점신축주택의 사용승인일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만을 감면소득금액으로 계산(OOO원)하여 동 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득세과세표준에서 차지하는 비율을 양도소득세 과세표준에 따른 산출세액에 곱하여 계산한 금액을 감면세액으로 계산하여 이 건 부과처분하였음이 처분청의 심리자료에 의해 확인되고 있다.그런데,조특법 제99조의3제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도한 이 건의 감면방식은 감면소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 하여야 할 것이다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참조).

따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상양도소득금액 OOO원을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이결정한다.