종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은 1992.9.15. 취득한 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOOO OO OOOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(사용승인일: 2003.5.10.)됨으로써 취득한 서울특별시 OOO OOOOOOOOOOOOOOO OOOO OOOOO(이하“신축주택”이라 한다)를 2006.5.26.김OOO에게 OOO원에 양도하고 2006.6.14.「조세특례제한법」제99조의3의 규정을 적용하여 고가주택인 1세대 1주택으로 보아산출세액OOO,OOO,OOO원 전액을 감면하는 것으로 하여 양도소득세를 예정신고 하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는「조세특례제한법」제99조의3의 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니한다 하여 청구인이 감면신고한OOO,OOO,OOOO O OOO,OOO,OOO원을 부인하고 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여2012.4.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.12. 이의신청을 거쳐 2012.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 양도소득세 과세결정을 하면서 감면소득금액을계산할 때 “{양도소득금액×(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”로 계산하였는데,「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 의하면 2001.5.23.～2003.6.30.기간 중신축하여 최초로 취득한 주택을 취득일로부터5년이내에양도할 경우에는 발생한 소득에 대해서 양도소득세를 면제하고 5년이경과한 후에양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 제외한다고 되어 있으므로「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항에서 감면 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있고,동 규정에는 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가)- 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 되어 있어 취득당시 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가로 해석할 수 밖에 없으며,법령은 엄격히 법령에 충실하도록 해석하여야 하며 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니하고, 또한 납세자에게 불리하게 해석되지 않아야 하며, 예규 등이 소급적용되지 않아야 하며, 세액감면신청서도 전체 양도소득금액을 5년 이내 발생한 양도소득금액으로 전액 인정하고 이에 대하여 100% 감면하도록 하고 있는 바,종전주택을 신축주택 취득기간 중 재건축하여양도할 경우 위 법령의규정에 따라 종전주택 양도와 신축주택양도를 구분하여신축주택감면 양도소득은 {신축주택 양도소득×(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택양도당시의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가)}로 계산하여야하며, 감면세액은 이렇게 계산된 감면대상 양도소득금액을

과세표준으로 나누어 산출세액을 곱하여 계산하여야 할 것이므로,처분청의 처분은「조세특례제한법」제99조의3의 “신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도할 경우 발생하는 양도소득은 면제한다.”라는 법 규정에 위반된 처분이고,국세청에서는 분모의 취득당시 기준시가를종전주택 취득당시 기준시가로 새로이 해석한 국세청 부동산관리과-127(2011.2.10.) 예규를 적용하였는데,양도소득세는 양도당시법령과 예규를 적용하도록 되어 있음에도 2006년 양도 건에 대해 4년이지난 2011년 2월 생산한 예규를 적용한 것은 소급과세의 금지원칙에 위배되는 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 종전주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은「조세특례제한법」제99조의3및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/ (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득 당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법으로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(「조세특례제한법」제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은「조세특례제한법」제99조의3및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하고, 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니하며, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처부분이 정당하다면서, 양도소득세 결정결의서 등을 제시하였다.

(2)「조세특례제한법」제99조의3제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.

(3) 살피건대,「조세특례제한법」제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」제99조의3제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17. 같은 뜻), 처분청이신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.