「조세특례제한법」제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 양도소득세 감면적용 대상인지 여부

「조세특례제한법」제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면적용 대상이 아님

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.1.17. OOO 대지 56.0㎡, 건물 26.40㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 주택재개발사업에 조합원으로 참여하여 OOO원을 추가부담하였으며, 2004.12.24. 같은 동 1354 OOO호 대지 43.31㎡, 건물 84.89㎡(2002.8.31. 사용승인, 이하 “신축주택”이라 한다)를 소유권보존 등기 후 2007.6.14. OOO원에 양도하고「조세특례제한법」제99조의3제3항 제2호에 근거하여 신축주택 감면대상에 해당되는 것으로 보아 양도소득세 OOO원을 전액 감면하고 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택은 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우에 해당되어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는「조세특례제한법」제99조의3양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2013.4.12. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정·고지하면서 농어촌특별세 과다납부액 OOO원을 환급 결정하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.19. 이의신청을 거쳐 2013.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「조세특례제한법」제99조의3의 입법취지는 극심한 부동산경기 침체를 타개하고, 부동산경기 활성화를 위해서 신축주택 취득기간에 취득한주택에 대해 양도소득세를 100% 감면해 주겠다는 정부 발표 및 홍보와 같고 이에 따라서 재개발에 동참하였으나 현재의 과세관청의 과세 논리대로라면 이는 허구에 지나지 않는다.

(2)「조세특례제한법」제99조의3이 입법화된 이후 신축주택 취득기간에 취득하여 2003년∼2009년까지 양도한 후 양도소득세를 신고할 때에는 종전주택에 대하여 감면신고한 내용을 모두 인정해 주었고, 국세청고객만족센터 및 일선세무서에 직접 찾아가 문의를 하면 ‘100% 감면대상’이라는 상담내용만을 들었을 뿐, 종전주택에 대해 양도소득세가 과세된다(혹은 감면배제된다)라는 답변을 한번도 들을 수가 없었는데 2009년 국세청예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에따라 2007년 발생한 양도소득에 대해 감면을 배제하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「조세특례제한법」제99조의3제1항 본문에 “다음 각 호에 따른 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다.”라고 명문으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵다.

(2)「조세특례제한법」제99조의3제1항의 양도소득세 감면대상은 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다.”고 하는 바, 이는 확대·유추해석이 아니며(2011구단27636, OOO행정법원 2012.3.9.), 또한 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서도 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 사실이 없으므로 소급과세에 해당하지 않는다.

따라서, 신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있어 이들과의 과세형평에 비추어 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용 대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)「조세특례제한법」제99조의3제1항 제2호에 의하면 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 신축주택 등의 경우, 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.1)청구인은 1997.1.17. OOO 대지 56.0㎡, 건물 26.40㎡의 종전주택을 OOO원에 취득하였음이 청구인이 제시한 부동산매매계약서 및 등기부등본에 의하여 확인된다.

2) 청구인은 OOO 제1구역 제2지구 주택재개발사업에 조합원으로 참여하여 부담금 OOO원을 추가부담하고, 2004.12.24. OOO소재 신축주택(2002.8.31. 사용승인)을 소유권보존 등기하였음이 청구인이 제시한 OOO 제1구역 제2지구 OOO아파트공급계약서 및 등기부등본에 의하여 확인된다.

3) 청구인은 2007.6.30. 청구인의 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서(예정 신고분)의 신고를 통하여 신축주택을 OOO원에 양도하는 아파트 매매 계약서를 제출하면서 구조조정 대상 부동산 등 세액감면신청서를 첨부하여 양도소득세 OOO원의 세액감면을 신청하였다.

4) 처분청은 2013.4.1. 양도소득세 결정(경정)결의서에 의하여 다음과 같이 감면세액을 계산하였음이 확인된다.가) {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) /(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}의 산식으로 양도소득금액 OOO원, 분자의 취득일부터 5년이 되는날의 기준시가(취득일로부터 5년 경과하지 않은 경우 양도일 기준시가) OOO원, 취득당시의 기준시가(신축주택 취득당시 기준시가) OOO원, 분모의 양도당시 기준시가 OOO원, 취득당시의 기준시가(종전주택기준시가) OOO원을 적용하여 감면소득금액을 OOO원으로 계산하였다.나) 감면세액은 산출세액 OOO ×(감면소득금액 OOO원 -기본공제 OOO원)/양도소득 과세표준 OOO원으로 하여 OOO원으로 계산하였다.

5) 처분청은「조세특례제한법」 제99조의3제1항 규정은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」 제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 주장한다.또한, 이 경우 감면대상에서 제외할 세액의 계산은「조세특례제한법 시행령」 제40조제1항의 산식을 적용하는 것으로, 이는「조세특례제한법」 제99조의3제1항과 그 수임규정인「조세특례제한법 시행령」 제99조의3제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(OOO행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17.,부동산거래관리과-127, 2011.2.10. 외 다수 같은 뜻임), 청구인의 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는「조세특례제한법」제99조의3양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보고 양도소득세를 과세한 이 건 부과 처분은 정당하다는 의견이다.

(3) 청구인은「조세특례제한법」제99조의3이 입법화된 이후 신축주택 취득기간에 취득하여 2003년∼2009년까지 양도한 후 양도소득세를 신고할 때에는 종전주택에 대하여 감면신고한 내용을 모두 인정해 주었고, 국세청고객만족센터 및 일선세무서에서도 감면대상인 것으로 답변하는 등 종전주택에 대해 양도소득세가 과세된다는 답변을 듣지 못하였는 바,처분청이종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득에 대해 감면을 배제하는 것은 부당하다고 주장하면서 이를뒷받침하는 내용의 관련 판결문(서울고등법원 2012누8931, 2013.5.31.) 및 질의회신 등을 제출하고 있다.

(4) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 그 감면대상은 해당 규정에 명시된 바와 같이 “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”으로서, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로보아야 하므로(조심 2013서3328, 2013.10.4. 외 다수 같은 뜻임), 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전부(종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 포함)에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.