주식매수선택권 행사비용을 자회사가 보전하는 경우 손금여부

법인세법 시행령 부칙 제6조에 의하면 개정법령 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다고 명시하고 있으므로, 09.2.4. 이전 주식매수선택권 행사비용 보전분은 손금산입대상에 해당하지 아니한다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1986.12.19. OOO에 주식을 상장하였으나, 2004.12.23. 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다)의 완전자회사로 편입하기 위한 포괄적 주식교환으로 인하여 2005.1.5. 청구법인의 주식은 상장이 폐지되고, OOO의 주권이 신규상장되었다. 청구법인이 상장 폐지 이전에 임직원들에게 부여한 주식매수선택권(차액보상형)은 상장 폐지 후 OOO 주식에 대한 주식매수선택권으로 대체되었는바, 청구법인은상장 폐지 전·후 OOO의 주식에 대한 주식매수선택권을 부여받은 임직원들이 2008년도 중 OOO의 주식매수선택권을 행사하여 청구법인이 지급한행사비용 OOO원(행사가격과 시가와의 차액을 말함, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금에 계상하지 아니하였다가, 2012.6.28. 처분청에 쟁점금액이「법인세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 이전의 것, 이하 “구 법인세법 시행령”이라 한다) 제19조 제18호에 규정된 “그 밖의 손비로써 그 법인에게 귀속되거나 귀속할 금액”에 해당한다고 보아 2008사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 「법인세법 시행령」(이하 “법인세법 시행령”이라 한다) 제19조(손비의 범위) 제19호 및부칙 제6조(주식매수선택권 행사에 따른 보전비용의 손금산입에 관한 적용례)에 따라 2009.2.4. 이후 행사비용 보전분부터 손금으로 인정하므로 청구법인의 경우는 그 이전 행사비용 보전분에 해당하여 손금부인된다고 하여 2012.8.24. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2012.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 임직원의 모회사 주식에 대한 주식매수선택권 행사비용을 보전한 것에 대해 2009.2.4. 이전에 보전한 행사비용에 대해서는 손금으로 인정하지 않는다는 처분청의 해석은「법인세법」 제19조(손금의 범위)의 규정을 오해한 것이다. (가)「법인세법」 제19조는 제1항 및 제2항에서 손금을 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로, 손비를 “이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”고 하면서, 제3항에서 그 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 이에 근거한 구법인세법 시행령 제19조는 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 하면서, 제3호에서 "인건비"를, 제18호에서 "그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액"을 규정하고 있다.

(나) 주식매수선택권은 회사경영과 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사 임직원들에게 미리 정한 가액으로 신주를 인수하거나 자기 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리로서, 장래의 주식매수로 인한 이득을 유인으로 삼아 업무성과를 극대화하기 위해 마련된 제도로서, 구「소득세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제17호도 "법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과법인세법 시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인으로부터 부여 받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익"을 근로소득의 하나로 규정하고 있듯이 주식매수선택권은 그 임직원들에게 근로 제공에 대한 대가의 일환으로서 청구법인의 부담으로 지급되었다. (다)법인세법 시행령 제19조제19호에서 "임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액"을 손금으로 보는 명문의 규정이 생겼으나, 이는 자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용에 대하여 손비가 인정됨을 명확히 하기 위한 주의적 규정으로, 이는 기획재정부에서 발간한 "2008 간추린개정세법"에서 위 규정의 개정이유를 통해 확인할 수 있다. (라) 이상을 종합하면, 청구법인의 임직원들이 주식매수선택권을 행사함에 따라 청구법인이 부담하게 된 비용은 사업상 수익활동을 하기 위하여 업무와 관련하여 지출한 인건비로 볼 수 있고, 설사 그렇지 않더라도 최소한 구법인세법 시행령 제19조제18호의 "그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액"으로 볼 수 있어 손금에 해당한다고 할 것이므로, 그와 반대되는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 법인세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면,납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의관념에도 부합된다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 외 다수).이 사건 주식매수선택권은 청구법인의 임직원에게 부여하고 행사 시 청구법인이모회사 주식에 대한 보전비용이라며 손금으로 주장하고 있으나 이를증명할 근거서류의 제출이 없으므로, 쟁점금액을손금으로 인정해 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2)일반적으로 법률조문의 해석에 있어 문언에 따른 문리해석, 법률의체계에 따른 논리적·체계적 해석, 법률의 목적에 따른 목적론적 해석,입법자의 의사에 따른 역사적 해석 등이 가능한바, 법률해석은 원칙적으로문리해석에 의하되 그 외의 다른 방법에 의한 해석을 할 것인지는 해당 법률 조문이 수익적인지 침익적인지 등 그 성격과문리해석 외의 해석을 하는 것이 전체 법질서에 있어서 조화를 이룰 수있는지 등에 의하여 가려질 것이다.그런데 조세법규의 해석에 있어서는 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 법의 흠결을유추해석으로 메우거나 행정편의적인 확장해석을 하는 것이 허용되지않는다(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결).

따라서, 금융업을 영위하는 청구법인이 2008.4.1∼2009.3.31 사업연도에지출한 주식보상비용은법인세법 시행령 제19조제19호 및 부칙 제6조에의하여 2009.2.4 이전 행사된 비용에 해당하여 위 규정을 적용받을 수 없으므로 손금불산입이 타당하다.

(3) 상기 내용과 같이 청구법인의 경정청구는법인세법 시행령 제19조개정 이전에 지급된 주식보상비용으로 손금불산입대상에 해당되므로 경정청구 거부처분이 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

금융지주회사가 비상장자회사 임직원에게 부여한 주식매수선택권 행사비용을 비상장자회사가 2009.2.4. 이전 모회사인 금융지주회사에 그 행사비용을 보전한 경우손비인정여부

나. 관련 법령

(1)법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령제19조【손비의 범위】<2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 이전의 것> 법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

18. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액제19조【손비의 범위】<2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것> 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

19. 「상법」 제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액

20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액부칙 <제21302호, 2009.2.4.>제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조 제1항 제3호 전단 및 제2장의3(제120조의12부터 제120조의25까지)의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.제2조(일반적 적용례) 이 영은 법률 제9267호 법인세법 일부개정법률 시행 후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.제6조(주식매수선택권 행사에 따른 보전비용의 손금산입에 관한 적용례)제19조 제19호및 제129조 제1항 제7호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다.

(3)상법 제542조의3【주식매수선택권】

① 상장회사는 제340조의2제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8 제2항 제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

② 상장회사는 제340조의2 제3항에도 불구하고 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 주식매수선택권을 부여할 수 있다.

③ 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 이사회가 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 결의함으로써 해당 회사의 집행임원·감사 또는 피용자 및 제1항에 따른 관계 회사의 이사·집행임원·감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다.

④ 상장회사의 주식매수선택권을 부여받은 자는 제340조의4 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로 한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 상장회사의 주식매수선택권 부여, 취소, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 아래 [표]와 같이 임직원들에게 주식매수선택권을 부여할 당시 장래 예상되는 주식보상비용을 손금불산입 유보처리하였고, 주식매수선택권을 보유한 청구법인의 임직원들은 2008년도 중 주식매수선택권을 행사하였으며, 청구법인은 차액정산방식에 따라 임직원들에게 쟁점금액(OOO원)을 현금으로 지급하였으나, 법인세 신고 시 이를 손금에 산입하지 아니하였다는 주장이며, 청구법인이 제출한 분개장, 전표, 품의서, 임직원들의 주식매수선택권 행사 청구서 등에 의하면 청구법인은 2008년도 중 청구법인의 임직원들이 신한금융지주에 대하여 주식매수선택권을 행사함에 따른 행사비용으로 쟁점금액을 지출한 것으로 나타난다.[표] 청구법인 주장 주식매수선택권 회계처리 및 세무조정 내역OOO

(2) 살피건대, 청구법인은법인세법 시행령 제19조제19호는 자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용에 대해 손비인정됨을 명문화한 것으로 주의적 규정이라는 주장이나, 법인세법 시행령 부칙 제6조에 의하면 법인세법 시행령 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다고 명시하고 있으므로, 2009.2.4. 이전 주식매수선택권 행사비용 보전분은 손금산입대상에 해당하지 아니한다고 판단된다(조심 2010서299, 2010.11.18. 참조). 따라서 처분청이 이 건 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.