매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인 신청 거부처분의 당부

청구법인은 실제 거래사실이 있었음에도 책임시공자가 세금계산서 교부를 기피하여 세금계산서를 제 시기에 교부받지 못하였고, 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인 신청을 위한 요건을 모두 갖추고 있음에도 처분청이 거래사실 확인 불가통지한 것은 잘못된 것임

1. 처분개요

가. 청구법인은 국방부에서 발주한 육군 김화관사 및 병영시설 민간투자시설사업 건설공사의 공동도급공사(이하 “쟁점도급공사”라 한다)를 위한 공동수급체 구성원으로서 2011년 1월부터 6월까지 쟁점도급공사중 병영B지역의 책임시공사인 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 공동원가 분담분에 대한 매입세금계산서를 2011.6.30. 교부 받지 못하였다는 이유로 공급가액 OOO원(이하 “공사원가”라 한다)에 대한 매입자발행세금계산서의 발행을 위하여 2011.9.27. 처분청에 거래사실 확인 신청을 하였다.

나. 처분청은 위 거래사실 확인 신청에 대하여 OOO이 2011.7.21.과 2011.7.22.에 이미 세금계산서를 발행하여 거래사실 신청대상에 해당되지 않는다는 이유로 2011.10.27. 청구법인에게 거래사실 확인 불가 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.19. 이의신청을 거쳐 2012.3.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

실지 거래사실이 있었으나 책임시공사인 OOO이 세금계산서 교부를 기피하여 세금계산서를 제 시기에 교부 받지 못한 것이므로 거래사실 확인 불가 통지를 한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

매입자발행세금계산서는 세금계산서 교부의무가 있는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 공급받은 사업자가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있는 것으로서 청구법인의 경우 공급자가 이미 세금계산서를 교부하여 거래사실 확인 신청 대상에 해당하지 않으므로 거래사실 확인 불가 통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인신청 거부처분의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제126조의4【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】①「부가가치세법」제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

(2)조세특례제한법시행령 제121조의4【매입자발행세금계산서의발행대상사업자및매입세액공제절차등】

① 법 제126조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(괄호 생략)를 말한다.

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

(3)부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

(4)부가가치세법 시행규칙 제18조【공동매입등에 대한 세금계산서 발급】

① 「전기사업법」에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 당해명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 때(제17조제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 발급이 면제된 경우에 이를 발급한 때를 포함한다)에는 당해전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 의한 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국방부에서 발주한 쟁점도급공사 제4차 도급계약서(2010.11.16)에 따르면, 청구법인은 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다), 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다), 주식회사 OOO”이라 한다), 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다), OOO 등 5개 법인과 공동으로 쟁점도급공사를 도급받아 수행한 것으로 나타난다.

(2) 국방부의 육군 김화관사 및 병영시설 민간투자시설사업 출자 및 시공지분 변경 승인 문서(OOO, 2011.6.1.) 등 심리자료에 따르면, OOO이 2011.4.1. 법정관리 신청으로 사업추진이 불가능해짐에 따라 2011.6.1. 공동수급체의 시공지분을 다음과 같이 변경한 것으로 나타난다.

(3) OOO 관할 세무서인OOO세무서 담당공무원의 2011년 제1기 확정 부가가치세 일반환급 현지확인 보고서(2011년 8월)에 쟁점도급공사와 관련된 내용으로 다음 <표>와 같은 사항이 나타난다.

(4)청구법인과 처분청 사이에 공사원가의 공급시기가 2011년 제1기이고, 공급가액이 OOO원이라는 점에 대하여 서로 다툼이 없다.

(5) 청구법인은 공사원가에 대하여 2011.6.30. 세금계산서를 교부받지 못함에 따라 거래사실 확인 신청하였고, 처분청은 공급자 관할세무서인 OOO세무서에 2011.9.29. 위 신청서를 송부하여 그 결과를 회신 받아 2011.10.27. 거래사실 확인 불가 통지한 것으로 나타나며, 청구법인이 2011.9.27. 매입자발행세금계산서의 발행을 위한 거래사실 확인 신청서, 처분청 담당공무원의 매입자발행 세금계산서 검토 보고서(2011년 9월), OOO 관할 세무서인 OOO세무서 담당공무원의 매입자발행 세금계산서 거래사실확인 보고서(2011년 10월)의 주요내용은 다음 <표 1, 2, 3>과 같다.OOOOO OOOOO OOOO OO OOO OO OO

(6) 심리자료에 따르면,공사원가에 대하여 공급자인 OOO이 공급받는 자를 청구법인으로 하여 전송한 전자세금계산서는 다음과 같이 나타난다.

(7) 청구법인은 선량한 공동수급자가 매입세액을 공제받을 수 있도록 처분청은 거래사실을 확인해 주어야 한다면서 다음과 같이 주장하고 있다.(가) 청구법인은 공사원가에 대하여 2011.6.30.자로 세금계산서를 교부하여 줄 것을 요청하였으나 OOO은 공동수급체 대표사인 OOO의 기업회생절차에 따른 채권채무가 정리되지 않아 다소 늦어지고 있으니 기다려달라고 하면서 세금계산서를 교부하지 않다가 2011.7.21.과 2011.7.22. 전자세금계산서를 교부하였다.(나) 이에 청구법인은 2011년 6월 거래분을 7월 거래분으로 세금계산서를 교부하는 것은 부당하다고 이의를 제기하자 OOO은 이미 시한이 지나 전자세금계산서를 2011.6.30.자로 발행하는 것은 불가능할 뿐만 아니라 대가를 수령하지 않은 상태에서 세금계산서를 교부하면 부가가치세를 납부해야 하는 자금 부담이 있다는 이유를 들어 2011.6.30.자로 세금계산서를 교부하지 않았고 청구법인은 선량한 매입자로서 매입자발행세금계산서의 발행을 위하여「조세특례제한법」제126조의 4규정에 의하여 2011.9.27. 처분청에 거래사실 확인을 신청한 것이다.(다) 이와 같이 실지 거래사실이 있으나 책임시공사가 세금계산서 교부를 기피하여 세금계산서를 제 시기에 교부 받지 못한 것이므로 처분청은 선량한 공동수급자가 매입세액을 공제받을 수 있도록 거래사실을 확인해 주어야 한다.

(8) 살피건대, 매입자 발행 세금계산서 제도를 도입한「조세특례제한법」제126조의4의 입법취지가 매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화·용역의 매출자가 과세표준 노출 등을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하는 동시에 매입자의 세액공제 허용에 있는 점, 처분청 담당공무원의 매입자발행 세금계산서 검토 보고서(2011년 9월)에 따르면, 공급시기 3개월 이내에 거래사실 확인 신청을 하였고, 실지거래사실이 확인되며, 공급자가 법인과세사업자에 해당되고, 공급자 및 공급받는 자 모두 정상사업자에 해당하여 거래사실확인 신청요건을 모두 갖추고 있어 거래사실확인 신청 거부사유가 없는 것으로 본 점, OOO이 청구법인에게 공사원가에 대하여 2011.7.21.과 2011.7.22.에 전자세금계산서를 교부한 사실이 있으나 2011.9.1. 수정세금계산서를 발행하여 이를 취소한 것으로 나타나는 점, OOO은「부가가치세법 시행규칙」제18조제2항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자로 볼 수 있는 점, 실지 거래사실은 있으나 OOO이 세금계산서 교부를 기피하여 청구법인이 세금계산서를 제 시기에 교부 받지 못하여 매입세액공제를 받지 못한 것으로 나타나는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구법인에게 거래사실 확인 불가 통지를 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.