청구법인이 「조세특례제한법」에 따른 소기업으로서 중소기업특별세액 감면 대상인지

개정규정은 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용되는 것이고,20**.20**사업연도의 법인세 신고기한인 20**.3.31. 및 20**.3.31.에는 20**.20**사업연도의 매출액 등을 기준으로 종전규정 또는 개정규정에 따른 소기업 해당여부를 판단할 수 있는데, 청구법인은 20**.20**사업연도 매출액이 OO억원 이상으로, 종전규정 및 개정규정의 소기업 기준을 모두 충족하지 못하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인에게 중소기업특별세액감면 규정의 소기업 감면율을 적용할 수 없다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.1.26. 개업하여 OOO에서 토양오염 진단 및 정밀조사업(2016·2017사업연도 법인세 신고서상 하수 및 폐기물 처리업)을 영위하는 법인으로, 2016·2017사업연도 법인세를 신고하면서 「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제7조의 중소기업특별세액감면 규정에 따른 소기업 감면율인 100분의 30을 적용하여 감면세액을 산정하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인이 2016·2017사업연도에 「조세특례제한법 시행령」(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제6조 제5항(이하 “개정규정”이라 한다)에 따른 소기업에 해당하지 아니함에도 중소기업특별세액감면 규정에 따른 감면세액을 계산할 때 소기업 감면율을 적용하여 법인세를 과소신고한 것으로 보아, 청구법인의 2016·2017사업연도 법인세 산정시 중기업 감면율을 적용하여 중소기업특별세액감면 규정에 따른 감면세액을 계산하도록 처분청에 지시하였고,처분청은 이에 따라 2019.1.9. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원, 2017사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2015사업연도말 상시 종업원수가 8.6명이고, 매출액이 OOO원이어서 「조세특례제한법 시행령」(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것) 제6조 제5항(이하 “종전규정”이라 한다)에 따른 소기업에 해당하고, 개정규정의 부칙(제26959호, 2016.2.5.)에서 개정규정 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당하던 기업이 개정규정의 시행으로 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 위 시행령 개정에도 불구하고 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지는 소기업으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인은 개정규정의 시행 당시인 2016.1.1. 기준 종전규정에 따라 소기업에 해당하므로「조세특례제한법」 제7조의 중소기업특별세액감면 규정을 적용할 때 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2016사업연도의 매출액이 OOO원, 2017사업연도의 매출액이 OOO원으로 개정규정에 따른 소기업 규모 매출액 기준(「중소기업기본법 시행령」 별지3에 따른 하수·폐기물 처리업 : OOO원 이하)을 초과할 뿐 아니라 종전규정에 따른 소기업 기준(매출액 OOO원 이하)을 충족하지 못하고 있고, 개정규정 부칙 제22조에서 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업”이 이후 「조세특례제한법」의 개정으로 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 종전규정에 의하더라도 소기업 기준을 충족하지 못하는 이상 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 소기업에 해당하지 않는 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 「조세특례제한법」에 따른 소기업으로서 중소기업특별세액감면 대상인지

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2005.1.26. 개업하여 OOO에서 토양오염 진단 및 정밀조사업(2016∼2017사업연도 법인세 신고서상 하수 및 폐기물 처리업)을 영위하는 법인으로, 법인세 신고서 등에 나타나는 2015∼2017사업연도의 매출액 등은 아래 ＜표＞와 같고, 2016·2017사업연도 법인세를 신고하면서「조세특례제한법」 제7조의 중소기업특별세액감면 규정의 소기업 감면율인 100분의 30을 적용하여 감면세액을 산정하였다.＜표＞ 청구법인의 매출액 등(나) 처분청은 청구법인의 매출액이 2016사업연도에 OOO원, 2017사업연도에 OOO원으로 종전규정 또는 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 2019.1.9. 청구법인에게 중기업의 감면율을 적용하여 이 건 법인세를 부과하였다.

(다) 중소기업특별세액감면 대상에 대하여 종전규정은 중소기업 중 상시 근로자수가 100명 미만(제조업)이고, 매출액이 OOO원 미만인 경우를 소기업으로 규정하고 있었으나, 2016.2.2. 대통령령 제26959호로 일부개정된 개정규정은 상시 근로자수 기준을 삭제하고 매출액 기준을 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업으로 규정하고 있고, 그 부칙(제26959호, 2016.2.5.) 제22조에서 소기업의 범위에 관한 경과조치로 “법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”고 규정하고 있으며, 기획재정부에서 발간한 ‘2015년 개정세법 해설’ 자료에 의하면, 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 소기업 기준을 개선하기 위하여「조세특례제한법 시행령」 제6조를 개정한다고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2015사업연도말 현재 상시 종업원수가 8.6명이고, 매출액이 OOO원이어서 소기업의 기준에 해당하였으므로 개정규정의 유예기준에 따라 2016·2017사업연도에 소기업으로 보아야 한다고 주장하나,「조세특례제한법 시행령」 부칙(제26959호, 2016.2.5.) 제22조에서 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정법령 시행 이후 개정규정에 따른 소기업이 해당하지 아니하게 된 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과규정을 두고 있고, 개정규정은 부칙 제2조에 따라 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용되는 것이어서, 위에서 말하는 “종전규정에 따라 소기업에 해당하는 기업”이라 함은 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도의 매출액 및 상시종업원수가 종전규정(매출액 OOO원 미만, 상시종업원 수 50명 미만)을 적용할 때 소기업에 해당하는 기업을 의미하는 것이라 보아야 할 것인 점, 개정규정은 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용되는 것이고, 2016·2017사업연도의 법인세 신고기한인 2017.3.31. 및 2018.3.31.에는 2016·2017사업연도의 매출액 등을 기준으로 종전규정 또는 개정규정에 따른 소기업 해당여부를 판단할 수 있는데, 청구법인은 2016·2017사업연도 매출액이 OOO원 이상으로, 종전규정 및 개정규정의 소기업 기준을 모두 충족하지 못하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어,처분청에서 청구법인이 종전규정 또는 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하여 중소기업특별세액감면 규정의 소기업 감면율을 적용할 수 없다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종사. 건설업

2. 감면 비율가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)제6조(중소기업에 대한 특별세액감면)

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제478호로 일부개정된 것)제5조(상시 사용하는 종업원 수)

① 영 제6조 제5항에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자(이하 이 조에서 "상시 사용하는 종업원"이라 한다)를 말한다.

1. 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자 중 주주인 임원2.「소득세법 시행령」 제20조에 따른 일용근로자

3. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원4.「근로기준법」 제2조제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 조에서 "단시간근로자"라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자

② 제1항에 따른 상시 사용하는 종업원의 수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재 제1항 각 호에 해당하는 자의 수를 합하여 해당 과세연도의 월수로 나누어 계산한다. 이 경우 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.

(4) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것)제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종사. 건설업

2. 감면 비율가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15부칙 ＜제13560호, 2015.12.15.＞제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의5, 제126조의2 및 제127조 제2항ㆍ제3항의 개정규정과 제132조 제1항 제3호ㆍ제2항 제3호의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다) 및 제144조 제1항ㆍ제2항의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다)은 2015년 12월 31일부터 시행하고, 제104의26 제1항 제1호의 개정규정은 2016년 3월 2일부터 시행하며, 제107조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9(같은 조 제6항 중 가산세의 세율에 관한 부분은 제외한다), 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2016년 10월 1일부터 시행하며, 제5장의9(제121조의25)의 개정규정은 2016년 10월 4일부터 시행한다.제2조(일반적 적용례)

① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것)제6조(중소기업에 대한 특별세액감면)

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.부칙 ＜제26959호, 2016.2.5＞제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.제2조(일반적 적용례)

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(6) 중소기업기본법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26356호로 개정된 것)[별표 3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련)

33. 하수·폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업

E

평균매출액등

30억원 이하

34. 부동산업 및 임대업

L

35. 전문·과학 및 기술 서비스업

M

36. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업

N

37. 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업

R