2008.5.21. 소유권이전등기한 쟁점토지에 대하여 부당이득금 반환조정신청을 제기하여 2014.10.28. 보상금을 수령한 경우, 위 보상금에 대하여 양도시기를 조정확정일(2014.10.17.)이 속한 2014년으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인과 과천시가 강제조정 결정을 수용함으로써 쟁점토지에 관하여 새로운 매매계약이 체결된 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점토지에 관한 과천시 명의의 소유권이전등기는 당초 협의매매계약의 취소로 인하여 소급적으로 무효로 되었으나, 강제조정결정이 확정된 2014.10.17.부터 유효한 등기가 되었다 할 것임 따라서, 쟁점토지의 양도시기는 소유권이전등기가 완료된 2014.10.17.로 봄이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 경기도 과천시 OOO 전 177㎡, 407-2 전 12㎡, 406-3 전 13㎡ 합계 202㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.5.21. 경기도 과천시에 공공용지의 협의취득(이하 “이 사건 협의취득”이라 한다)을 원인으로 하여 소유권이전등기하고 보상금 OOO원을 수령한 후, 2008.7.1. 양도시기를 소유권이전등기일인 2008.5.21.로 하여 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 토지수용 보상금액의 증액을 위하여 2014.4.28. 과천시장을 상대로 수원지방법원 안양지원에 부당이득금 반환 소송(2014머10218, 이하 “1심소송”이라 한다)을 제기하여 2014.10.28. 과천시로부터 증액보상금 OOO원을 지급받았으며, 증액보상금의 양도소득세 부과제척기간이 경과되어 소멸되었다는 국세청장의 질의회신에 따라 양도소득세를 신고·납부하지 않았다.

다. 처분청은 증액보상금의 양도시기를 부당이득금 조정신청의 강제조정결정이 확정된 2014.10.17.로 보아 2019.1.9. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2014.10.28. 수령한 증액보상금에 대한 양도소득세 납세의무는 국세부과제척기간이 경과되었다.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다)이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 취득 또는 양도의 시기인바, 쟁점토지는 2008.5.21. 과천시로부터 수용보상금을 수령하고 소유권이전등기를 경료하였고, 2014.10.28. 수령한 증액보상금은 쟁점토지가 그린벨트가 해제되기 전의 토지로 감정평가된 부당한 보상가액과 그린벨트가 해제된 토지로 적법하게 감정된 평가가액과의 차액을 추가로 보상한 가액이므로 쟁점토지의 양도시기는 대금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 날 인 소유권이전등기일이 양도시기가 된다. 따라서 증액보상금을 수령한 2014.10.28.은 쟁점토지의 양도에 대한 국세부과제척기간(5년)이 경과되어 납세의무가 소멸되었다고 할 것이다.

(2) 과천시가 청구인에게 지급한 증액보상금은 소유권이전등기일의 시가로 평가하여 지급되었으므로 증액보상금의 양도시기는 2008.5.21.로 보아야 한다.1심소송은 청구인이 협의매매계약의 보상가액 산정방법에 오류가 있었음을 인지하고 과천시를 상대로 증액보상금을 요구한 것으로 처음부터 “협의매매계약의 전부취소”를 주장하지 아니하고 당초 소유권이전에 대한 효력을 유지하면서 보상가액 부분에 대한 증액만을 요구하였다. 과천시와 담당재판부도 보상가액 산정방법에 오류가 있었음을 인정하여 당초 소유권이전등기의 효력은 유지하면서 보상가액을 소유권이전등기일 기준으로 다시 감정평가하여 증액보상금을 지급하도록 판결하였으므로 증액보상금 양도시기는 소유권이전등기일인 2008.5.21.로 보아야 한다.

(3) 국세청 세법해석 사전답변에서는 “증액보상금의 양도소득세 납세의무는 국세부과제척기간이 경과되어 소멸되었다”고 답변하였다.청구인의 사전답변 신청에 대하여 국세청장은 “국세부과제척기간이 경과되어 납세의무가 소멸되었다”고 답변(법규과-1331, 2014.12.17.)한바, 과세관청은 위 질의회신에 반하는 경정 또는 결정을 할 수 없으므로 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 양도시기는 강제조정결정이 확정된 2014.10.17.로 보아야 한다.청구인의 취소 의사표시가 담긴 부당이득금 조정신청서가 과천시에 송달된 2014.5.1. 당초 청구인과 과천시 사이의 기존 협의취득 자체가 취소된 것으로 보아야 하고, 강제조정결정이 확정된 2014.10.17. 청구인과 과천시 사이에 묵시적 의사표시로써 새로운 매매계약이 체결되었다고 봄이 타당하므로 쟁점토지의 양도시기는 2014.10.17.로 보아야 한다. 또한, 청구인은 2008.5.21.을 기준으로 감정평가를 하였고, 그 가액을 기준으로 증액보상금을 지급받았으므로 2008.5.21.을 양도시기로 보아야 한다고 주장하지만 이는 양도시기와는 독립적으로 양도가액을 산정했던 시점에 해당할 뿐이다.

(2) 과세관청은 사실관계가 변경되거나 새로운 사실이 발생한 경우 세법해석 사전답변에 반하는 처분을 할 수 있다.국세청장은 질의회신에서 “실제 거래에 있어서 사실관계가 변경되거나 새로운 사실이 발생한 경우에는 답변내용과 다른 과세관계가 발생할 수 있다”고 적시한바, 쟁점토지와 사실관계가 유사한 대법원 판결(대법원 2018.3.15. 선고 2017두73396 판결)로 소유권이전 시기에 대한 쟁점이 발생하여 동 답변에 반하는 경정을 하였다 하더라도 신의성실 원칙에 위배된다고 볼 수 없을 뿐 아니라 위 질의회신에 따라 양도소득세를 무신고한 것을 가산세 감면의 정당한 사유로 보고 신고 및 납부불성실가산세를 부과하지 아니하였으므로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2008.5.21. 소유권이전등기한 쟁점토지에 대하여 부당이득금 반환 조정신청을 제기하여 2014.10.28. 보상금을 수령한 경우, 위 보상금에 대하여 양도시기를 조정확정일(2014.10.17.)이 속한 2014년으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(2) 소득세법 시행령제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

(3) 국세기본법제26조의2【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(4) 국세기본법 시행령제12조의3【국세 부과 제척기간의 기산일】

① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」제16조제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

(5) 민법제109조【착오로 인한 의사표시】

① 의사표시는 법률행위의 내용의 중요부분에 착오가 있는 때에는 취소할 수 있다. 그러나 그 착오가 표의자의 중대한 과실로 인한 때에는 취소하지 못한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실관계가 나타난다.(가) 청구인은 쟁점토지를 2008.5.21. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 소유권이전등기한 후, 보상금 OOO원을 양도가액으로 하여 2008.7.1. 양도소득세를 신고하였고, 청구인이 과천시와 2008.5.21. 작성한 손실보상협의계약서의 주요내용은 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

손실보상협의계약서 주요내용(단위 : ㎡, 원)(나) 청구인은 쟁점토지와 동일한 공공사업목적으로 편입된 토지소유자들 중 과천시의 보상협의에 불응하였던 일부 소유자들이 토지수용위원회의 수용재결 절차에서 “과천시가 제시한 감정평가가액은 대상토지들이 그린벨트구역에서 해제되어 단독주택지역에 해당함에도 여전히 그린벨트구역에 소재한 토지로 보아 평가한 위법한 감정평가액”이라는 지적에 따라 당초 보상금의 3배에 달하는 보상금을 지급받은 사실을 확인하고, 2014.4.28. 1심 소송을 제기하여 2014.10.28. 강제조정결정을 통해 증액보상금 OOO원을 지급받았다.

1) 1심 소송 사건진행내역 및 청구인이 제출한 조정신청서의 주요내용은 아래 ＜표2＞, ＜표3＞과 같다.

＜표2＞

1심 소송 사건진행내역＜표3＞ 조정신청서 주요내용2) 2014.5.21. 청구인은 1심 소송 법원에 쟁점토지를 2008.5.21. 현재의 시가로 감정해달라며 감정신청서를 제출하였고, 재판부가 지정한 감정인은 2008.5.21. 현재 쟁점토지의 감정평가액을 OOO원으로 평가하였다.

3) 2014.10.2. 1심 소송 법원은 2008.5.21. 기준으로 감정평가한 감정가액 OOO원과 과천시가 지급한 OOO원과의 차액 OOO원을 지급하도록 판결하였고, 2014.10.28. 청구인은 과천시로부터 증액보상금 OOO원을 수령하고 소송을 종결하였다.(다) 청구인은 2014.12.5. 증액보상금의 양도소득세 납세의무에 대하여 세법해석 사전답변신청을 하였으며, 국세청장(법규과-1331, 2014.12.17.)은 “민사소송의 판결은「국세기본법」제26조의2제2항 제1호 사유에 해당되지 아니하는 것이며,「국세기본법」제26조의2제1항 제3호에 따라 부과제척기간 경과 시에는 이에 대한 경정을 할 수 없다.”고 답변하였다.(라) 처분청은 서울고등법원 2017.11.15. 선고 2017누43083 판결이 쟁점토지와 사실관계가 유사한 것으로 보고, 쟁점토지의 양도시기를 강제조정결정이 확정된 2014.10.17.로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 사건 협의취득 중 가액 부분만 취소하였고, 새로운 매매계약이 체결되지 않아 쟁점토지의 양도시기는 소유권이전등기일인 2008.5.21.이므로 국세부과제척기간이 경과되었다고 주장하나, 기존 협의 계약시 보상가액은 위법한 감정평가로 인한 보상액이고, 보상액은 협의 계약에서 가장 중요한 부분에 해당하므로 청구인이 중요한 부분의 착오를 이유로 취소의 의사표시가 담긴 부당이득금 조정신청서가 과천시에 송달된 2014.5.1.에 이 사건 협의취득이 취소된 것으로 보이는 점, 청구인은 소송을 통하여 대금 액수의 증액을 의도하였을 뿐 쟁점토지의 원상회복을 원한 것은 아닌 것으로 보이는 점, 청구인과 과천시가 강제조정결정을 수용함으로써 쟁점토지에 관하여 새로운 매매계약이 체결된 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 쟁점토지에 관한 과천시 명의의 소유권이전등기는 당초 협의매매계약의 취소로 인하여 소급적으로 무효로 되었으나, 강제조정결정이 확정된 2014.10.17.부터 유효한 등기가 되었다 할 것이다. 결국 새로운 매매계약에 따른 대금청산은 강제조정결정에 의해 증액보상금이 지급된 2014.10.28.이며, 쟁점토지에 관한 과천시 명의의 소유권이전등기는 2014.10.17.부터 유효한 등기가 됨으로써 결과적으로 대금을 청산하기 전에 이루어진 것으로 보아야 하므로 쟁점토지의 양도시기는 소유권이전등기가 완료된 2014.10.17.로 봄이 타당하다.

따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2014.10.17.로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.