신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액ㆍ경정하는 것이 타당함

1.

1. 처분개요

가. 청구인은 1992.7.11. 취득한 서울OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2001.12.27. 서울 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득(사용승인)하였으며, 2006.10.20. 신축주택을 신청외 정OOO에게 양도하고 2007.1.15.「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의해 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 양도소득세OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고 및 납부하였 다.

나. 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득이므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 완공일 전일까지의 양도소득에 대해서는 감면배제하여, 2012.3.19. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 과다납부 환급세액OOO원)을 경정·고지하였 다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.23. 이의신청을 거쳐 2012.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법 제99조의3 등을 적용함에 있어서 신축주택 취득 전 양도소득에 대한 양도차익을 감면 배제한다는 명확한 규정이 없고, 감면을 묵시적으로 용인하고 있다가 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 따라 청구인이 2006.12.29. 신고한 신축주택취득 전 양도소득에 대한 감면을 배제하는 것은 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 반하는 위법한 처분이며, 동법 시행령 제40조 제1항에 따른 산식은 취득당시의 기준시가로만 되어 있으므로 엄격해석원칙에 따라 그래도 적용하여야 하는 바, 처분청은 동일한 문구로 되어 있음에도 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 것을, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 기준시가를 적용하여 감면혜택을 축소하는 것은 유추·확장해석이므로 부당 하다.

(2) 신축주택 취득 전 양도소득에 대하여 과세관청의 산식대로 감면부인함은 일반분양의 경우 분양권 프리미엄에 대하여는 전부 신축주택취득가액에 포함하여 계산되는 것과 형평성이 맞지 않고, 재건축의 경우 종전부동산은 사업계획승인일(또는 관리처분인가일)로 권리변환이 일어나 입주권으로 바뀌며, 종전부동산을 평가하여 분양가액에서 차감하여 납부할 분담금이 결정되므로 이는 사업계획승인일 이후로는 입주권이나 분양권이나 그 실질적인 내용이 차이가 없음에도 달리 취급하는 것으로 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는,

① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고,

② 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며,

③ 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고,

④ 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것임 청구인은 쟁점주택 양도소득세 신고에 대하여 과세관청이 묵시적으로 용인하고 있다가 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 따라 감면을 배제하였다고 주장하나, 예규는 과세관청 내부의 세법해석 기준 및 집행기준을시달한 행정규칙으로서 과세관청의 공적인 견해 표명에 해당하지 않고, 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 경우에 부과제척 기간 내에 다시 경정할 수 있는 것으로 이를 묵시적 용인이라 볼 수 없고, 신청인이 신축주택의 양도소득세 신고시 조특법 제99조의3 의 입법취지에 반하여 해석 및 적용에 대한 오류를 범한 것이므로 처분청이 양도소득세 감면을 배제하여 고지한 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없 다.

(2) 조특법 제99조의3 규정은 신축주택 취득자에 대한 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이고, 전체 양도소득금액에 대하여 신축주택 취득일로부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대해 100% 감면하고, 종전주택에 해당하는 양도소득금액에 대하여 감면 배제하여 과세한 처분은 정당하고, 조특법 시행령 제40조 의 규정을 준용하여 감면소득금액을 계산함에 있어, 분자, 분모 모두 종전주택의 기준시가, 신축주택의 기준시가, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 시점의 기준시가 등 기준시가를 이용하여 감면소득금액을 안분 계산하므로 일반분양권과 재건축 입주권의 경우 감면소득금액 계산에 있어 달리 해석·적용됨이 없어 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 과세처분이 신의성실원칙 등에 위배되는지 여부

② 재개발로 신축한 쟁점주택에 대하여 양도소득세를 전액 감면신청한데 대하여 완공일로부터 양도일까지의 양도소득에 대하여만 감면하고 과세한 처분의 당부

③ 납부불성실가산세 부과처분의 당부(직권심리)

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 양도하고 조특법 제99조의3 에 의하여 양도소득세가 전부 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하여 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 OOO원(그에 따른 적정 감면세액은OOO원)으로 하고 납부불성실가산세 OOO원을 부과하여 양도소득세를 과세하였다.

(2) 쟁점①에 대해 본다. 청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 등에도 반하는 처분이라고 주장하는바, 「국세기본법」제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(청구인은 서면4팀-2109, 2005.11.8. 등을 제시하였다)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 등을 위배하였다고 볼 수도 없다(조심 2012광3450, 2012.10.5. 외 다수 같은 뜻임).

(3) 쟁점②에 대해 본다. 청구인은 신축주택 취득 전 양도소득에 대하여 감면부인하는 것은 일반분양의 경우 분양권 프리미엄에 대하여는 전부 신축주택취득가액에 포함하여 계산되는 것과 형평성이 맞지 아니하는 등 부당하다고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3 제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있으며, 위 조특법 제99조의3 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 외 다수 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 정당하게 계산한 감면소득을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이므로 청구인의 주장은 법령에 반하는 주장으로서 받아들일 수 없다고 할 것이다.

(4) 쟁점③에 대해 본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이며(대법원 2007.4.26.선고 2005두10545 판결 참조), 납부불성실가산세는 세법상 의무를 준수하도록 하는 의미도 있으나, 법정납부기한과 납부일과의 기간에 대한 이자의 성질로 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는바(조심 2012서1827, 2012.6.28. 같은 뜻임), 청구인에게 미납세액에 대한 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고 판단된다.

(나) 다만, 「농어촌특별세법」제5조 제1항 및 제7조 제1항에서 「조세특례제한법」에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고·납부하는 때에 함께 신고·납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인이 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액·경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심2011전565, 2011.5.11. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.