신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

관련 법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1989.5.24. OOO 317-4 연립주택 102호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 분담금 OOO원을 부담하는 조건으로 종전주택을 재건축하여 2002.6.27. OOO 317-4 OOO아파트 302호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인은 2006.12.19. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 양도소득금액 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원이「조세특례제한법」(2006.12.30 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 전액 감면되는 것으로 보아 양도소득세 감면에 따른 농어촌특별세 OOO원을 2007.5.31. 신고 납부하였다.

다. 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 감면 소득은 쟁점주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당됨에도 청구인이 쟁점주택의 양도소득 전액을 감면 대상으로 보아 양도소득세를 납부하지 않았다고 보아 쟁점주택의 양도소득세 감면소득을 재산정하여 산출한 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 포함)을 2012.4.13. 청구인에게 결정 고지하였다.

라. 그 후 청구인이 위 양도소득세 결정고지에 대하여 이의를 제기함에 따라 처분청은 종전주택의 취득가액을 당초 OOO원(기준시가로 산출)에서 OOO원(실제 취득가액)으로 변경하여 양도소득금액을 재산정하고 양도소득세도 OOO원으로 경정하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2006.12.19. 양도한 쟁점주택에 대하여 과세관청의 종전예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 양도소득세를 적법하게 신고납부하였음에도 처분청이 쟁점주택에 변경된 예규를 적용하여 양도소득세를 과세한 것은 신의성실의 원칙을 위배한 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3의 입법 취지는 신규주택의 수요를촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을취득 후양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니므로 처분청이 쟁점주택에 대하여 양도소득세를 결정(경정)고지한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점「조세특례제한법」제99조의3제1항의 규정 및 국세청예규에 따라산출한 양도소득세를 성실히 납부하였음에도 과세관청이예규를 변경하여 양도소득세를 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.(가) 종전주택과 쟁점주택의 기준시가 내역은 아래와 같다.

기준일

종전주택 취득시

쟁점주택 신축시

쟁점주택 취득 후 5년이 되는 날

쟁점주택 양도시

기준시가(원)

OOO

OOO

OOO

OOO

(나) 쟁점주택의 양도소득금액은 OOO원이고, 양도소득세 과세표준은 OOO원이며, 그 산출세액은 OOO원이라는 점은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.(다) 청구인은 쟁점주택을 신축한 날(2002.6.27.)부터 5년 이내인2006.12.19. 양도하였으므로「조세특례제한법」제99조의3제1항에 따라양도소득금액 OOO원1)이 감면된다고 보아 양도소득세를 신고 납부하지 않았다.(다) 반면 처분청은 청구인이 쟁점주택을 취득(신축)한 날부터 5년 이내에 양도하였다고 하더라도 종전주택의 양도에 따른 양도소득은감면되지 않는다고 보아「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식에따라쟁점주택의 양도소득 중 감면되는 소득의 비율(1.47%)을 구한 후,위 비율을 양도소득금액에 적용하여 감면 소득을 OOO원으로 산출하고「소득세법」제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 산출하였다.처분청은 산출세액OOO에서 감면세액OOO을 차감한OO,OOO,OOO원에 납부불성실가산세를 더하고 과납한 농어촌특별세를 차감하여 산출한 양도소득세 OOO원을 청구인에게 부과하였다.

(2) 쟁점에 대하여 살펴본다.(가)「국세기본법」제18조제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은「조세특례제한법」제99조의3과 과세관청의 예규에따라양도소득세 납세의무를 이행하였음에도 처분청이 예규를 변경하여양도소득세를 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나,(다) 과세관청의 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)에서 종전 주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게규정하고 있지 않은 점, 종전 예규만으로 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 될 만한 공적인 견해 표명을 하였다고 보기도 어렵고 청구인이과세관청의 세법해석을 신뢰하고 양도소득세를 신고하였다는 사실만으로 청구인에게 양도소득세 과소 납부의 귀책이 없다고 볼 수 없는 점,「조세특례제한법」제99조의3의 입법 취지가 신규주택의 수요를촉진하여주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을취득 후양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아닌 점 등을 종합하여 볼 때,처분청이「국세기본법」제18조제3항을 위배하여 양도소득세를 소급과세하였다고 보기는 어렵다고 할 것인바, 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.