쟁점주택 보유기간 기산일을 상속주택의 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 기산하여 과세한 처분의 당부

청구인은 이 건 상속주택을 먼저 취득한 후 쟁점주택을 취득하여 쟁점주택은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 규정하고 있는 ‘상속개시 당시 보유한 주택’에 해당하지 아니하고 그렇다면 이 건 상속주택은「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서에서 규정한 일시적 2주택에 해당하지 않으므로 이 건 상속주택을 처분한 날부터 쟁점주택의 보유기간을 기산하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.11.10. 배우자와 공동으로 소유하던 서울특별시 중구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO원에 양도한 후, 쟁점주택이 1세대1주택 고가주택에 해당하는 것으로 보아 OOO원 초과 양도차익에 대하여 2022.1.22. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 1세대1주택 적정여부 등에 대한 확인을 위해 2024.5.2.부터 2024.5.21.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인 세대가 보유하였던 다른 주택(상속주택)을 양도한 후 2년이 경과하지 않고 양도한 쟁점주택이 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서에 따른 보유기간을 미충족하여 1세대1주택에 해당하지 않은 것으로 보아, 2024.7.3. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.16. 이의신청을 거쳐, 2024.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 배우자 a(이하 “청구인 배우자”라 한다)는 2017.6.3. 주택 1채를 모친으로부터, 2017.6.5. 주택 2채를 부친으로부터 각각 상속받아 총 3채를 보유하게 되었고, 청구인과 청구인 배우자는 본래의 주택구매 계획에 따라 쟁점주택을 2017.8.28. 공동명의(각각 소유지분 50%)로 취득하였으며, 이후 상속받은 주택 중 1채를 제외한 2채를 양도한 후 나머지 주택(경기도 양주시 OOO, 이하 “이 건 상속주택”이라 한다)을 2021.8.23. 양도하고 이어 2021.11.10. 쟁점주택을 양도한바, 그 상세내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구인 등 부동산 취득·양도 내역청구인은 쟁점주택이 1세대1주택 고가주택에 해당하여 9억원 초과 양도차익에 대하여 2022.1.22. 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 쟁점주택의 보유기간이 이 건 상속주택의 처분으로 1주택이 된 2021.8.23.부터 기산하여 2년 미만이므로 1세대1주택 요건을 충족하지 않는다고 보아 이 건 과세처분을 하였다.관련 예규(기획재정부 재산세제과-895, 2022.8.5.)에서 상속주택과 일반주택을 각각 1채씩 보유하고 있는 상태에서 상속주택을 먼저 양도하는 경우, 남은 일반주택의 비과세 판단은 보유기간 재기산 규정과 상관없이 일반주택의 원래 취득일로 보아야 한다고 해석하고 있다.또한, 관련 조세심판 결정례(조심 2022서6842, 2022.12.13.)에서도 1세대가 상속주택과 일반주택을 보유한 경우 상속주택을 양도하여 과세로 신고한 이후 남은 일반주택을 양도할 경우 비과세 보유기간 기산일을 일반주택의 취득일로 보아야 한다고 결정하였다.다만, 청구인은 위 예규 및 심판례와는 다르게 주택을 상속받은 이후 일반주택을 취득하였지만, 해당 예규와 심판례의 취지는 상속주택 취득에 따른 억울함이 없게 하기 위해 (납세자의 일반주택에 대한 보유기간) 기산일을 취득일로 보아야 한다는 것으로, 쟁점주택 보유기간 기산일을 이 건 상속주택 양도일이 아니라 쟁점주택의 당초 취득일로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 제시한 예규(기획재정부 재산세제과-895, 2022.8.5.)는 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따른 상속주택(특례주택)을 일반주택보다 먼저 양도할 경우 일반주택의 비과세 보유기간 기산일을 당초 일반주택의 취득일로 해석하고 있다. 하지만, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따라 위 예규의 일반주택은 상속개시 당시 보유한 주택에 한하는 것인바, 청구인은 일반주택 취득 후 상속주택을 취득한 것이 아니라 청구인 배우자가 상속주택을 먼저 취득한 후 부부공동으로 일반주택(쟁점주택)을 취득하여 예규와 일반주택의 취득 순서가 정반대인 경우이므로 예규와 동일하게 해석할 수는 없다.

따라서, 이 건 상속주택은 일반주택 취득 전에 상속받은 것으로 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따른 특례주택에 해당되지 아니하다.「소득세법 시행령」 제154조 제5항은 1세대1주택의 보유기간 계산은 원칙적으로 주택의 취득일부터 양도일까지 계산하는 것이나, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하면서 다만, 「소득세법 시행령」제155조 등에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 보유기간 재기산을 적용하지 않는다고 규정하고 있다.그러나, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 일반주택(그 밖의 주택)이란 상속개시 당시 보유한 주택을 의미하는 것으로 명확히 규정하고 있는바, 쟁점주택은 상속개시 당시 보유하고 있던 주택이 아니므로 동 보유기간 재기산 제외규정이 적용되지 않는다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택 보유기간 기산일을 상속주택의 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 기산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 이 건 상속주택 및 쟁점주택 양도 흐름은 아래 ＜그림＞과 같다.

＜그림＞

청구인의 이 건 상속주택 및 쟁점주택 양도 흐름

(2) 청구인은 쟁점주택을 2021.11.10. OOO원에 양도한 후 2022.1.22. 이에 대한 양도소득세를 신고하였고, 그 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같으며, 처분청은 쟁점주택의 보유기간을 상속주택의 처분일부터 기산하여 1세대1주택(고가주택) 비과세 양도차익을 부인하고 관련 가산세를 적용하여 2024.7.3. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지한바, 그 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표2＞

양도소득 과세표준 신고서 주요 내용＜표3＞ 처분청은 청구인에게 부과한 내역(단위: 원)

(3) 청구인이 제시한 기획재정부 예규는 아래와 같다.

(4) 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 개정연혁은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞

「소득세법 시행령」 제154조 제5항 개정연혁

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 같은 뜻임). 쟁점주택 양도 당시 1세대1주택 비과세 요건 중 보유기간 판정에 있어「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서에서 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하되, 같은 법 시행령 제155조 등에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제155조 제2항에서 상속받은 주택과 그 밖의 주택을 상속개시 당시 보유한 경우로 규정하면서 그 밖의 주택은 상속개시 당시 보유한 주택 등으로 한정하고 있다.

청구인은 쟁점주택의 취득일인 2017.8.28.부터 보유기간을 계산하여 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 이 건 상속주택을 2017.6.5. 먼저 취득한 후 쟁점주택을 취득(2017.8.28.)하여 쟁점주택은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 규정하고 있는 ‘상속개시 당시 보유한 주택’에 해당하지 아니하고 그렇다면 이 건 상속주택은「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서에서 규정한 일시적 2주택에 해당하지 않으므로 이 건 상속주택을 처분한 날부터 쟁점주택의 보유기간을 기산하는 것이 타당해 보이는 점(보유기간 미충족으로 1세세1주택 비과세 요건 충족하지 못함),청구인이 제시한 선결정례(조심 2022서6842, 2022.12.13.)와 기획재정부 예규(재산세제과-895, 2022.8.5.)는 일반주택을 먼저 취득한 상태에서 상속주택을 취득한 경우로서 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서에서 규정하고 있는 보유기간 재기산에서 제외되는 일시적 2주택에 해당하여 일반주택 양도시 그 취득일부터 보유기간을 기산토록 해석한 것으로 이 건과 사실관계가 다른 점(이는 상속으로 인한 취득은 그 취득시기를 납세자가 특정할 수 없으므로 일반주택을 먼저 취득한 상태에서 상속주택을 취득하는 것은 달리 보는 것이 타당하기 때문이다) 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 보유기간을 미충족한 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것)제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 소득세법 시행령(가) 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부 개정된 것제154조【1세대 1주택의 범위】

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.(단서 규정 신설)

⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.제155조【1세대1주택의 특례】

② 상속받은 주택[법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항 제1호 및 제156조의2제7항 제1호에서 같다)부칙 ＜대통령령 제29523호, 2019.2.12.＞제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일제2조(일반적 적용례)

① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.(나) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정된 것제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.제155조【1세대1주택의 특례】

② 상속받은 주택[조합원입주권 또는 분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(이하 “재개발사업”이라 한다), 재건축사업(이하 “재건축사업”이라 한다) 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업(이하 “소규모재건축사업”이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항 제1호, 제156조의2 제7항 제1호 및 제156조의3 제5항 제1호에서 같다).

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)부칙 ＜대통령령 제31442호, 2021.2.17.＞제9조 (1세대 1주택의 범위에 관한 적용례) 제154조 제5항 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 2주택 이상을 보유한 1세대가 증여 또는 용도변경하는 경우부터 적용한다.(다) 2022.5.31. 대통령령 제32654호로 일부 개정된 것제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. ＜개정 2022.5.31.＞부칙 ＜대통령령 제32654호, 2022.5.31.＞제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.제2조(주택 보유기간 계산에 관한 적용례 등)

① 제154조 제5항의 개정규정은 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다.

② 2022년 5월 10일 전에 주택을 양도한 경우의 보유기간 계산에 관하여는 제154조 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.