청구법인의 1999∼2003사업연도 법인세에 대한 대법원 판결이 2004∼2008사업연도 법인세의 환급을 구하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부 등

세무조사 후 과세관청의 결정을 신뢰하지 않았으므로 불복을 제기한 것이며, 이는 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰한 것으로 볼 수 없는 점 등으로 볼 때 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어렵고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것이므로, 쟁점판결과 다른 과세기간에 대하여 제기한 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가.청구법인은 1998년부터 OOO으로부터 위탁을 받아 OOO을 해왔던바, OOO은 고용안정채권 발행, 정부 특별회계자금 차입, OOO으로부터 OOO 등의 방법으로 사업자금을 조성하여 금융기관에 예탁·운용하면서 은행을 통하여 실업자에게 생활안정자금 등을 대부하고 소정의 이자를 수입하는 간접대부사업과 창업희망자에게 점포를 임차하여 제공하고 임차보증금에 대한 소정의 이자를 지급받는 직접대부사업으로 구분되며 청구법인은 간접대부사업을 통한 이자수입은 수익사업 회계에 계상하고 직접대부사업을 통한 이자수입, OOO의 외화환산 차손·차익, OOO 전체의 비용은 비수익사업회계에 계상하였다.

나. 처분청은 2005년 2월부터 2005년 3월까지 청구법인의 1999～2003사업연도의 법인세에 대하여 세무조사를 실시한 결과, OOO 중 비수익사업으로 계상된 직접대부사업의 이자수입이나 OOO의 외화환산 차손·차익을 금융 및 보험관련 서비스업으로서의 수익사업으로 판단하여 익금산입하고 비용은 전체비용에서 직접대부사업과 관련된 일부분만을 손금산입하여 청구법인에게 1999～2003사업연도 법인세 OOO을 고지하였다.

다. 청구법인은 처분청의 과세처분에 불복을 진행하면서 동시에 조사대상 사업연도 이후인 2004사업연도부터는 처분청의 과세처분과 동일한 방법으로 회계처리 및 법인세 신고를 하여 왔다.

라. 청구법인의 불복에 대하여 2013.1.24. OOO은 OOO 수익이나 비용 전부는 수익사업에 해당하고, 따라서 전체 수익과 비용 전부를 통산하여 법인세를 계산하여야 하나 처분청은 일부만을 반영하여 과세하였고 판결선고일 현재까지 수익·비용 전부를 통산하여 법인세를 계산한 증거자료가 없으므로 부과처분 전부를 취소할 수 밖에 없다고 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)하였으며, 이에 처분청은 당초 과세된 1999～2003사업연도 법인세 전부를 취소하였다.

마. 한편, 청구법인은 2013.3.25. OOO 판결의 취지에 따라 전체 수익과 비용 전부를 통산하여 법인세를 계산하는 경우 결손금이 발생한다 하여 2004～2008사업연도에 대한 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 2013.5.3. 처분청은 경정청구기한이 도과하였고, 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다는 이유로 거부통지를 하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.26. 이의신청을 거쳐 2013.11.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1999～2003사업연도의 법인세에 대하여 처분청으로부터 세무조사를 받았고 이에 따른 법인세를 납부하고 과세관청의 공적견해표명(경정처분)에 따라 성실하게 회계처리를 해오고 있었던바, 청구법인이 귀책사유 없이 이와 같은 견해가 정당한 것으로 신뢰하고 회계처리한 결과가 과세관청의 공적견해표명이 잘못된 경우로 인하여 발생한 것으로써 처분청이 청구법인에게 불이익처분(환급거부 및 결손금 불인정)을 하는 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없는 것이다.처분청은 청구법인이 1999～2003사업연도의 세무조사에 따른 결정처분에 따라 2004～2008사업연도 회계처리를 해온 부분에 대하여 신의성실원칙에 적용되지 아니하여 신의성실원칙의 위반이라 할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 세무조사 결정통지에 따라 법인세 부과세액을 전액 납부하였고, 2004～2008사업연도를 이에 따라 회계처리를 하였는바, 신의성실원칙의 4가지 요건을 모두 충족하였다.

(2)「국세기본법」제45조의2제2항에 따르면 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 결과(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’ 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.청구법인은 OOO과 관련하여 비수익사업으로 회계처리를 해오다가 처분청이 세무조사시 1999～2003사업연도 OOO 중 일부를 수익사업으로 과세함에 따라 2004사업연도 이후로는 처분청의 과세방법과 같이 일부 수익사업으로 회계처리를 함으로써 OOO 전체를 수익사업으로 회계처리할 수 없었으나 OOO은 전체 수익사업이 맞고 비용도 통산하라고 판결하였다. 따라서, 전체 수익사업으로 경정청구를 해올 수 없었던 부분이기 때문에 OOO 판결에 따라 후발적 사유에 의한 경정청구를 하였다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 1999～2003사업연도 세무조사에 따른 경정처분(과세관청의 공적인 견해표명)에 따라 2004～2008사업연도 회계처리를 해왔기에, 공적인 견해표명이 잘못된 것일 경우 청구법인에게 불이익처분(환급거부 및 결손금 불인정)을 하는 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다고 주장하나,일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실원칙이 적용되기 위해서는

① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것,

② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없을 것,

③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 행위를 하였을 것,

④ 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 하는바, 청구법인은 1999～2003사업연도에 대한 세무조사 후 과세관청의 결정을 신뢰하지 않았기에 불복을 제기한 것이며, 이는 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰한 것으로 볼 수 없고 청구법인의 OOO에 대한 세무처리 방법은 쟁점판결(OOO 판결)에 의해 과세관청의 견해와 달라진 것으로 과세관청 스스로 과세관청의 처분에 반대하는 처분을 한 사실 또한 없기에 신의성실원칙의 위반이라 할 수 없다.

(2)경정청구는「국세기본법」제45조의2제1항에 따라 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정을 청구할 수 있는 것으로 청구법인은 2004～2008사업연도에 대한 법인세에 대하여 2013.3.25. 경정을 청구하였으나, 법에서 정한 3년의 경정청구기간을 도과하였으므로 경정청구 대상이 될 수 없다.또한, 청구법인은 OOO과 관련하여 2013.1.24.에 OOO 판결이 있었기에 2004～2008사업연도분에 대한 법인세 경정청구를 정해진 기한 내에 할 수 없었다고 주장하나, 청구법인의 주장은「국세기본법」제6조제1항에 정한 청구기한을 연장할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다.법정신고기한이 지난 후 3년이 경과한 사업연도에 대해서는「국세기본법」제45조의2제2항 각 호의 사유(거래 또는 행위가 판결에 의해 다른 것으로 확정된 때, 귀속을 제3자로 변경시키는 결정이 있는 때 등)가 있는 경우 후발적 사유에 의한 경정을 청구할 수 있으나, 당해 부과처분을 취소하라는 판결이 있었더라도 이를 이유로 다른 과세기간에 대한 경정청구를 후발적 사유에 의한 경정청구로 볼 수 없는 것OOO이고, 납세의무 성립 당시 이미 존재한 사실관계에 대하여 과세관청과 법적 판단을 달리한 판결 역시 후발적 경정청구 사유로 볼 수 없는 것OOO인 바, 쟁점판결 내용은 당초 비수익사업을 수익사업으로 보고 관련비용도 인정한 판결로서 당해 과세기간에만 영향을 미치는 판단일 뿐이지「국세기본법」제45조의2제2항 각 호의 후발적 사유에 해당되는 사항이 아니므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ처분청의 경정청구 거부처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

② 청구법인의 1999～2003사업연도 법인세에 대한 OOO 판결이 2004～2008사업연도 법인세의 환급을 구하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1)국세기본법제6조 [천재 등으로 인한 기한의 연장]①천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.

② 제1항에 따라 납부기한을 연장하는 경우 관할 세무서장은 납부할 금액에 상당하는 담보의 제공을 요구할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 이 법 또는 세법에서 정한 납부기한 만료일 10일 전에 제1항에 따른 납세자의 납부기한 연장 신청에 대하여 세무서장이 신청일로부터 10일 이내에 승인여부를 통지하지 아니한 때에는 그 10일이 되는 날에 납부기한의 연장을 승인한 것으로 본다.제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.제45조의2 [경정 등의 청구]

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때4.결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령제2조 [기한연장 및 담보제공]①법 제6조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1.납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 위중하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우

3. 납세자가 그 사업에서 심각한 손해를 입거나, 그 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우만 해당한다)

4. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우

5. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무, 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우

6. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우

7. 납세자의 형편, 경제적 사정 등을 고려하여 기한의 연장이 필요하다고 인정되는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우(납부의 경우만 해당한다)

8. 제1호, 제2호 또는 제6호에 준하는 사유가 있는 경우

② 법 제6조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 제1항제1호·제4호 및 제5호에 해당하는 경우와 그 밖에 이에 준하는 사유를 말한다.제25조의2 [후발적 사유]법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 이의신청결정서, OOO 판결서 등 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가)청구법인은 1999～2003사업연도에 대한 처분청의 세무조사시 법인세 부과처분에 대하여 조세불복 소송을 제기한 결과, OOO에서 처분청의 부과처분 전부를 취소하도록 하는 인용판결을 받았고 처분청은 그 판결에 불복하여 항소 및 상고를 하였으나, OOO은 최종적으로 국가패소를 확정하였다.

청구법인의 OOO이 과세대상 수입사업에 해당한다고 본 이유 및 부과처분이 취소될 수밖에 없는 이유 등의 쟁점판결(OOO 판결)의 주요내용을 살펴보면 다음과 같다.1)“원고(청구법인)가 그의 명의로 OOO을 발행하고 정부로부터 OOO을 차입하며 OOO으로부터 OOO의 OOO을 재차입하는 등의 방법으로 이 사건 사업자금을 조달하고 그 자금을 독자적으로 관리·운용하여 온 점, 원고가 이 사건 사업자금을 이용하여 직접 및 간접 대부사업의 방식으로 실업자에게 금원을 대부하면서 그에 대한 이자를 지급받았고, 이 사건 사업자금 중 상당 부분을 차지하는 여유자금을 금융기관에 예탁·운용하여 이자 등을 지급받은 점, 원고가 직접 및 간접 대부사업을 실시함에 있어서 대부대상자의 자격요건 등을 독자적으로 결정하고 이 사건 사업자금의 차입금리 등을 고려하여 직접 및 간접 대부사업의 대부이자율을 결정하였던 점 등 여러 사정을 종합하면, 원고의 이 사건 사업은 구「법인세법」제3조제2항 제1호 및 구「법인세법 시행령」제2조제1항 소정의 한국표준산업분류에 의한 ‘금융 및 보험 관련 서비스업’에 해당한다.”2) “원고의 이 사건 사업은 사업자금을 이용하여 실업자에게 일정한 이자율로 금원을 대부하고 그로부터 대부금에 대한 이자를 지급받는 수익사업이라는 경제적 실질을 가지는 것으로…(중략) 그 과정에서 발생한 원고의 이자 등 수입은 이 사건 사업활동과 관련하여 발생한 소득인 점, 이 사건 사업비용은 이 사건 사업자금의 조달을 위하여 차입되어 사업자금으로 실제 사용 중이거나 사용을 위하여 보관 중인 차입금에 대한 지급이자 및 이 사건 사업활동 과정에서 지출된 인건비 등의 비용으로서 그 전부가 이 사건 사업활동과 관련하여 지출된 것인 점, 국제부흥개발은행 차관자금 재차입금 외화환산손익은 이 사건 사업자금의 조달을 위하여

차입된 외화채무와 관련하여 발생한 것으로서 이 사건 사업활동과 직접 관련이 있는 손익인 점 등을 종합하면, 원고에 대한 1999사업연도 내지 2003사업연도 법인세를 산정함에 있어서 각 사업연도에 이 사건 사업에서 발생한 이자 등 수입과 이 사건 사업비용 및 외화환산손익 전부를 각 사업연도의 익금 및 손금에 산입·통산하여 원고의 각 사업연도 소득을 계산하여야 한다.”3) “과세처분취소소송에 있어서…(중략) 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수 밖에 없으며, 이와 같은 경우에 법원이 직권에 의하여 적극적으로 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다. 이 사건의 경우 원·피고가 제출한 증거나 법원의 증거조사에 의하여 나타난 모든 증거자료에 의하더라도 원고에 대한 1999～2003사업연도의 정당한 법인세액을 산출하기에 부족하므로, 이 법원으로서는 위법한 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.”(나) 청구법인은 2013.3.25. 2004～2008사업연도에 대하여〈표〉와 같이 ‘OOO 확정판결(OOO : 수익사업)로 인한 과세표준 감소’를 경정청구 이유로 하여 처분청에 경정청구서를 제출하였으며, 처분청은 2013.5.3. 2004～2008사업연도에 대하여 ‘경정할 이유가 없음’을 들어 청구법인에게 법인세 경정청구 거부통지를 하였다.〈표〉

(2) 쟁점에 대해서 살펴본다. (가)쟁점ⓛ에 대하여 보면,청구법인은 1999～2003사업연도 세무조사에 따른 경정처분(과세관청의 공적인 견해표명)에 따라 2004～2008사업연도 회계처리를 해왔기에, 공적인 견해표명이 잘못된 것일 경우 청구법인에게 불이익처분(환급거부 및 결손금 불인정)을 하는 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다는 의견이나, 청구법인은 1999～2003사업연도에 대한 세무조사 후 과세관청의 결정을 신뢰하지 않았으므로 불복을 제기한 것이며, 이는 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰한 것으로 볼 수 없고, 청구법인의 OOO에 대한 세무처리 방법은 쟁점판결(OOO 판결)에 의해 과세관청의 견해와 달라진 것으로 과세관청 스스로 과세관청의 처분에 반대하는 처분을 한 사실 또한 없으므로 신의성실원칙의 위반이라 할 수 없는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②에 대하여 보면, 쟁점판결이 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 의견이나,「국세기본법」제45조의2제2항 제1호에 의하여 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 그 확정된 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 ‘판결’이라 함은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 해당 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 해당 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것이므로OOO, 쟁점판결과 다른 사업연도에 대하여 제기한 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.