청구법인이 신고·납부한 법인세를 청구법인의 1인 주주의 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 청구법인의 법인세 환급을 거부한 처분의 당부

청구법인의 이자소득에 대한 실질귀속자가 밝혀짐에 따라 청구법인이 납부한 법인세의 환급이 문제되는 이 건에서는 국세기본법 제51조 제11항이 적용되어야 할 것인 점, 청구법인은 201

ㅇ사업연도 자본금이 일부 잠식된 상황에서 이후 법인세를 신고·납부한 내역이 없어 기한 후 납부된 이 건 201

ㅇ사업연도 법인세는 이자소득의 실질귀속자인 송한광이 부담하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 법인세를 실질귀속자인 송한광의 기납부세액으로 공제하고 청구법인에게 환급하지 아니한 것은 정당하다고 보임

1. 처분개요

가. 청구법인(변경전 상호 주식회사 A)은 서울특별시 성북구에서 부동산컨설팅 및 대부업 등을 영위하는 법인이고, B은 청구법인의 주식 100%를 소유한 1인 주주로서, 청구법인은 2011.3.23. 유한회사 C(이하 “C”이라 한다)에게 OOO원을 대여하고 수령한 관련 이자소득 OOO원에 대하여 2016.8.26. 2012사업연도 법인세 OOO원을 기한 후 신고납부하였다.

나. 처분청은 2017.7.31.～2017.10.27. B에 대하여 실시한 개인사업자 통합조사 결과, 청구법인이 C로부터 지급받고 신고한 이자소득 등 OOO원의 실질 귀속자를 B으로 보아 B의 각 과세연도의 총수입금액 및 소득금액에 산입하면서 청구법인이 기납부한 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 B이 납부할 세액에서 기납부 세액공제하여 2017.12.1. B에게 2012년 귀속 종합소득세를 결정·고지하였고, 이에 대하여 B은 불복하여 심판청구(조심 2018서3445, 2018.12.20.) 및 행정소송(서울행정법원 2019구합OOO, 서울고등법원 2020누OOO)을 제기하였으나, 모두 기각되었다.

다. 청구법인은 2021.12.13. 처분청에 「국세기본법」 제45조의2 , 같은 법 시행령 제25조의3을 근거로 청구법인이 신고한 2012사업연도 법인세를 환급해 달라고 경정청구하였으나, 처분청은 B에 대한 조사결정 당시 B이 납부할 세액에서 기납부 세액공제하였으므로 2022.2.15. 청구법인에게 환급할 세액이 없다고 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 「국세기본법」 제51조 , 같은 법 시행령 제31조의 절차를 준수하지 않았고, 청구법인에 대한 국세환급금으로 충당해야 할 국세도 없었으므로 위법한 것이므로 이를 취소하고, 2016.8.26. 청구법인이 신고·납부한 법인세 OOO원을 즉시 환급하여야 한다.

(1) 「국세기본법 시행령」 제31조 제1항은 세무서장이 법 제51조 제2항 및 제8항에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 다른 국세 또는 강제징수비에 충당한 경우에는 그 뜻을 적은 문서로 해당 납세자에게 통지해야 한다고 규정하고 있는데, 처분청은 청구법인에게 위와 같은 통지를 하지 않았고, 청구법인이 경정 및 환급요구를 하자 2022.2.15.자로 이 건 처분을 하면서 비로소 국세환급금이 다른 국세에 충당되어 반환해야 할 세액이 없다고 통지한 것이며, 만약 처분청이 충당하였다고 하는 국세가 「국세기본법」 제51조 제1항 제1호의 ‘납부고지에 의하여 납부하는 국세’ 및 제3호의 ‘세법에 따라 자진 납부하는 국세’에 해당한다면, 단서에 따라 납세자인 청구법인의 동의를 얻어야 하는바, 처분청은 청구법인의 동의를 받지도 않았다.

(2) 처분청은 「국세기본법」 제51조 에 따라 환급할 세액이 없다고 하였을 뿐, 「국세기본법」 제51조 제2항 각 호의 ‘

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세,

2. 체납된 국세 및 강제징수비,

3. 세법에 따라 자진 납부하는 국세’ 중 어느 항목에 해당하는 국세에 충당하였다는 것인지 밝히지 않았고, 청구법인은 국세를 체납하지 않았으므로 처분청이 국세환급금으로 충당해야 할 국세는 없다.

나. 처분청 의견

대여이자의 실제 귀속자가 B(청구법인의 100% 주식을 소유한 1인 주주)임이 확인되어 「국세기본법」제14조 의 규정에 의하여 실지소득자에게 소득세를 과세함에 있어 당초 청구법인 명의로 신고한 소득금액을 결정 취소함에 따라 발생되는 환급세액은 실지소득자의 기납부세액으로 공제하고 잔여 환급액이 있는 경우 「국세기본법」제51조 및 제52조의 규정에 의하여 실지소득자에게 환급하는 것으로, 명의상 사업자인 청구법인의 2012사업연도 법인세 환급신청에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 신고·납부한 법인세를 청구법인의 1인 주주의 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 청구법인의 법인세 환급을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 청구법인은 2006.3.8. 설립되었다가 2010.5.31. 처분청에 폐업일을 2009.12.31.로 하여 폐업신고를 하였고, 2011.12.6. 「상법」 제520조의2 에 따라 해산간주되었으며, 이후 2012.11.16. 회사계속등기를 하였고, 2013.2.8. 상호를 ‘주식회사 A대부’로 변경하였으며, B이 청구법인의 주식 100%를 보유하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 2011.3.23. C에게 OOO원을 대여하고 수령한 관련 이자소득 OOO원에 대해 2016.8.26. 2012사업연도 법인세 OOO원을 기한 후 신고납부하였으나, 처분청은 이자소득의 실지귀속자를 B으로 보고 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같이 청구법인이 신고한 이자소득에 대한 법인세를 취소하고 B에게 동 이자소득 등에 대하여 종합소득세를 경정 고지하면서, 청구법인이 납부한 OOO원을 기납부세액으로 공제하였다. ＜표1＞ 청구법인 법인세 경정내역 ＜표2＞ B 종합소득세 경정내역

(3) B은 위 사건 대여 약정의 주체가 개인이 아니라 청구법인이라고 주장하면서 조세심판(조심 2018서3445, 2018.12.20.) 및 행정소송(서울행정법원 2020.5.20. 선고 2019구합OOO 및 서울고등법원 2021.11.12. 선고 2020누OOO)을 제기하였으나, 모두 기각되었다.

(4) 청구법인은 이자소득의 귀속이 B 개인으로 확정되자2016.8.26. 납부한 2012사업연도 법인세 OOO원은 과오납한 것으로 보아 2021.12.13. 처분청에 청구법인이 기납부한 법인세의 환급결정을 구하는 경정청구서를 제출하였다.

(5) 처분청은 2022.2.15. 청구법인에게 ‘귀하가 경정청구한 과세기간에 대하여 국세기본법 제51조 (국세환급금의 충당과 환급)에 따라 환급할 세액이 없어 경정청구를 기각합니다’는 내용으로 경정청구 처리 결과를 통지하였다.

(6) 청구법인은 자신이 법인세를 납부하였다는 증빙으로 청구법인 명의 D은행 계좌(272=***004-78604)에서 2016.8.26. 법인세 명목으로 OOO원이 출금된 것으로 나타나는 거래내역확인증을 제출하였다.

(7) 청구법인은 2012사업연도 자본금과 적립금 조정명세서(갑)상으로 자본금 및 이익잉여금의 합계 잔액을 기초 OOO원(자본금 OOO원, 이익잉여금 OOO원)에서 기말 OOO원으로 증가한 것으로 신고하였으나, 처분청의 이자소득 감액 경정 결과 기말 잔액은 OOO원으로 기초와 동일한 것으로 나타나고 이후 법인세를 신고ㆍ납부한 내역은 나타나지 아니한다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 「국세기본법」 제51조 및 같은 법 시행령 제31조 등에 따른 환급금의 충당에 필요한 통지나 동의 등의 절차를 거치지 아니하였고 청구법인에게 체납한 국세가 없으므로 청구법인이 법인세를 환급받아야 한다고 주장하나, 2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 「국세기본법」 제51조 제11항에서는 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액에 대하여 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우 실질귀속자에게 환급하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 이자소득에 대한 실질귀속자가 밝혀짐에 따라 청구법인이 납부한 법인세의 환급이 문제되는 이 건에서는 위 「국세기본법」제51조 제11항이 적용되어야 할 것인 점, 처분청은 이자소득의 실질귀속자를 청구법인이 아닌 B으로 보아 그에게 종합소득세를 부과하였고 이에 대한 불복 결과 B에 대한 부과처분이 유지되어 실질귀속자는 B으로 확정된바, B은 청구법인의 1인 주주이고, 한편 청구법인은 2012사업연도 자본금이 일부 잠식된 상황에서 이후 법인세를 신고.납부한 내역이 없어 2016.8.26. 기한 후 납부된 이 건 2012사업연도 법인세는 이자소득의 실질귀속자인 B이 부담하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 법인세를 실질귀속자인 B의 기납부세액으로 공제하고 청구법인에게 환급하지 아니한 것은 정당하다고 보인다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 데에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제3항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】①과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ②세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제51조【국세환급금의 충당과 환급】①세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(괄호 생략)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호( 「국세징수법」 제9조 에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다. ＜개정 2010. 12. 27., 2018. 12. 31., 2020. 12. 22., 2020. 12. 29.＞

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세 ⑪과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(이하 이 항에서 "실질귀속자"라 한다)가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 하여 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다. ＜신설 2019.12.31.＞ ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제9911호 국세기본법 일부개정법률 제21조 제2항제11호의 개정규정은 법률 제9346호 교통ㆍ에너지ㆍ환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. 제9조(국세환급금의 충당과 환급에 관한 적용례) 제51조제11항의 개정규정은 이 법 시행 이후 국세를 환급하는 분부터 적용한다.

(2) 국세기본법 시행령 제31조(국세환급금의 충당)

① 세무서장은 법 제51조제2항 및 제8항에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 다른 국세 또는 강제징수비에 충당한 경우에는 그 뜻을 적은 문서로 해당 납세자에게 통지해야 한다. ＜개정 2018. 2. 13., 2019. 2. 12., 2021. 2. 17.＞

② 법 제51조제2항에 따라 국세환급금을 충당할 경우에는 같은 항 제2호의 체납된 국세 및 강제징수비에 우선 충당해야 한다. 다만, 납세자가 같은 항 제1호의 납부고지에 따라 납부하는 국세에 충당하는 것을 동의하거나 신청한 경우에는 납부고지에 따라 납부하는 국세에 우선 충당해야 한다. ＜신설 2018. 2. 13., 2019. 2. 12., 2021. 2. 17.＞

③ 법 제51조제8항에 따른 국세환급금은 국세환급금이 발생한 세목과 같은 세목이 있는 경우 같은 세목에 우선 충당한다. ＜신설 2018. 2. 13.＞

④ 법 제51조제2항 및 제8항에 따라 충당할 국세환급금이 2건 이상인 경우에는 소멸시효가 먼저 도래하는 것부터 충당하여야 한다.