쟁점학술연구비의 비과세 여부

소득세법상 비과세로 열거하고 있지 아니한 쟁점근무처의 전문의가 지급받는 연구활동비는 과세대상 급여로 봄이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 2006년 ～ 2009년 중 근무처인 OOO병원(이하 “쟁점근무처”라 한다)으로부터 학술지원비 명목으로 OOO원(이하 “쟁점학술연구비”라 한다)을 지급받았고, 쟁점근무처는 쟁점학술연구비를 교육훈련비로 회계처리하고 비과세 근로소득으로 보아 원천징수하지 않았다.

나. 서울지방국세청장은 쟁점근무처에 대한 세무조사 결과 쟁점근무처가 2006년 ～ 2010년 중 전문의들에게 지급한 학술지원비를 실비변상적인 급여로 보아 근로소득원천징수를 이행하지 아니한 사실을 확인하고 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 2012.4.12. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 OOO원, 2012.6.18. 종합소득세 2007년 귀속 OOO원, 2008년 귀속 OOO원, 2009년 귀속 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.30. 이의신청을 거쳐 2012.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점근무처에서 매월 OOO원의 학술지원비를 지급받았으나 근로계약 체결시 쟁점근무처는 쟁점학술지원비를 비과세 대상으로 고지하였고, 원천징수의무는 청구인이 아닌 쟁점근무처에 있는 것임에도 6년 전의 세금을 퇴사한 개인에게 책임을 전가하는 것은 부당하므로 청구인에 대한 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「소득세법」 제12조및 같은 법 시행령 제12조는 비과세 소득인 실비변상적인 급여를 교원, 연구기관 등에서 연구활동에 직접 종사하는 자 및 직접적으로 연구활동을 지원하는 자가 받는 월 20만원 이내의 연구보조비 또는 연구활동비로 규정하고 있어 전문의에게 지급한 금액을 무조건 비과세로 할 수 없다.서울지방국세청장의 조사검토서에 의하면, 쟁점근무처는 교육훈련비 지급시 전문의가 청구한 해당 경비가 학술지원비 지급요건에 해당하는지 여부를 심사하는 절차 없이 지급청구액 전액을 분기별로 지급하였던바, 실비변상적 급여가 아닌「소득세법」 제20조및 같은 법 시행령 제38조의 근로소득에 해당하므로 청구인에게 종합소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

학술지원비 명목으로 전문의들에게 지급한 쟁점학술연구비를 근로소득으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)「소득세법」 제12조제3호 자목은 대통령령으로 정하는 실비변상적 성질의 급여를 비과세 소득으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조 제12호는 실비변상적 급여의 범위에 아래에 해당하는 자가 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액을 포함하였으며, 같은 호 나목은 “「특정연구기관육성법」의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관, 「지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 지방자치단체출연연구원에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다) 및 직접적으로 연구활동을 지원하는 자로서 기획재정부령으로 정하는 자”라고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 8호는 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 하고, 근로소득에는 기술수당·보건수당 및 연구수당이 포함된다고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 2006년 ～ 2009년 중 쟁점근무처(대전병원 이비인후과)에 근무하면서 월 20만원의 쟁점학술연구비를 지급받았던바, 쟁점근무처의 학술지원비지급지침(기획343-2816, 1997.3.)에는 학술연구비를 서울병원의 경우 병원장 60만원, 부장 65만원, 과장 43만원, 5년 이상 33만원, 3년 이상 28만원, 3년 미만 23만원, 지방병원의 경우 부장 이상 30만원, 과장 이하 20만원의 지급기준을 정하여 병원별·직급별로 매월 정액을 지급하되 지급금액은 해당 연도 예산범위 내에서 지급하며, 지급요건은 전문의 학술향상을 위한 간담회·회의비, 학술향상을 위한 도서구입비, 논문작성을 위한 경비 등으로 규정되어 있다.

(3) 서울지방국세청장의 조사검토서에는 “쟁점근무처의 전국 5개 병원(서울, 부산, 광주, 대구, 대전)의 전문의들의 보수가 일반종합병원 및 대학병원 등에 비하여 낮아 임상연구비, 학술지원비 등의 항목으로 낮은 급여보전차원에서 지급할 수밖에 없다고 하더라도, 관련 근로소득세는 적법하게 원천징수하는 것이 타당하며, 「소득세법」상 학술연구비 또는 연구활동비, 연구보조비, 연구수당 등 실비변상적인 비과세 규정은 같은 법 시행령 제12조에 의한 연구활동에 직접 종사하는 자 및 직접적으로 연구활동을 지원하는 자로 규정되어 있으며, 이는 전문의를 대상으로 무조건 비과세로 적용하는 규정은 아니다. 병원별, 진료과별, 개인별 청구 및 지급과정과 그 지급내용 등을 보면, 형식상 간담회비, 학술회참가비 등으로 청구명세에 기재되어 있으나, 각 영수증을 전산 입력하여 검토한바, 개인적인 식사대, 개인사용 도서구입비, 개인여행교통비, 개인생활비 등이며 업무와 관련한 실비변상 비용에 해당하지 아니한다고 조사되었다.

(4) 위 사실관계, 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점근무처가 고용한 의사 등 직원에게 연구풍토 조성 등을 위하여 연구비를 지원하는 경우, 연구원이나 연구보조원 등으로 참여함으로써 지급받는 대가는 근로소득에 해당하고, 복리후생비, 여비교통비, 임상연구비 등 유사항목으로 실비를 지급하고 있음에도 근로를 제공하는 전문의들에게 학술지원비 명목으로 지급한 쟁점학술연구비는 일반 종합병원 의사들에 비하여 상대적으로 낮은 급여를 보전하는 차원에서 병원별·직급별로 매월 정액으로 지급하였으며, 간담회비, 도서구입비, 학술참가비 등으로 기재하였으나 실질적으로 식대, 도서구입비, 백화점 쇼핑 등 개인적 용도로 사용되어 업무와 관련하여 사용된 사실이 확인되지 아니하므로, 쟁점학술연구비는「소득세법」 제12조의 실비변상적인 급여가 아닌 같은 법 제38조의 근로소득에 해당한다 할 것이다.

따라서, 쟁점학술연구비를 근로소득으로 보아 과세한 이 건 처분청의 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.